9g3s

LecB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thiofucoside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g3s
沉积日期 deposition_date	2024-07-12
结构标题 title	LecB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thiofucoside
关键词 keywords	lectin, cell adhesion, LecA, PA-IIL, fucose-binding, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.62 Å
零角强度 I(0) i0	177875000.00
分子量 molecular_weight	99218.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120850 Å³
包络体积 envelope_volume	147090 Å³
水化壳体积 shell_volume	38961 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.49 Å
包络 Rg envelope_rg	31.26 Å
形状 Rg shape_rg	31.56 Å
总 Rg total_rg	32.31 Å
总原子数 total_atoms	6908
残基数 n_residues	912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fucose-binding lectin PA-IIL
分子量 formula_weight	11734.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7177

ATQGVFTLPANTRFGVTAFANSSGTQTVNVLVNNETAATFSGQSTNNAVIGTQVLNSGSSGKVQVQVSVNGRPSDLVSAQVILTNELNFALVGSEDGTDNDYNDAVVVINWPLG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 branched

描述 description	1-thio-beta-D-galactopyranose-(1-1)-alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.488 Å
晶胞边长 b length_b	96.951 Å
晶胞边长 c length_c	128.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	48.690 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1854
R_free r_free	0.2194

fit	/app/data/saxs_computation/g3/9g3s/9g3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/9g3s/9g3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/9g3s/9g3s.dat