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2k7z

Solution Structure of the Catalytic Domain of Procaspase-8

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-8

Homo sapiens

UniProt Q14790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 217–479 片段：UNP residues 213-479 突变：C360A 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K7Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 222–374（153 aa）
链 B 390–478（89 aa）
链 C 222–374（153 aa）
链 D 390–478（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 222–374（153 aa）
链 F 390–478（89 aa）
链 G 222–374（153 aa）
链 H 390–478（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 222–374（153 aa）
链 J 390–478（89 aa）
链 K 222–374（153 aa）
链 L 390–478（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 222–479（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 222–479（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 222–374（153 aa）
链 B 390–477（88 aa）
链 C 222–374（153 aa）
链 D 390–477（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 222–374（153 aa）
链 F 390–477（88 aa）
链 G 222–374（153 aa）
链 H 390–477（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 222–374（153 aa）
链 J 390–477（88 aa）
链 K 222–374（153 aa）
链 L 390–477（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QTN CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TETRAPEPTIDE INHIBITOR ACE-IETD-ALDEHYDE 提交 1999-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 223–374（152 aa） 片段：P18 FRAGMENT
链 B 390–479（90 aa） 片段：P11 FRAGMENT
未记录 DTD DITHIANE DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；282 K；3 MICROLITERS PROTEIN (8.4 MG/ ML IN 20 MM TRISHCL, 100MM DTT AT PH 8.0) MIXED WITH 3 MICROLITERS WELL BUFFER (1.4 SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES, AT PH 8.0) AT 4 DEG. C, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K
分辨率 1.20 Å R-free 0.188
2C2Z Crystal structure of caspase-8 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitor 提交 2005-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 218–374（157 aa） 片段：ALPHA SUB-UNIT, RESIDUES 218-374
链 B 376–479（104 aa） 片段：BETA-SUBUNIT, RESIDUES 376-479
未记录 DTD DITHIANE DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1.4M SODIUM CITRATE, 100MM HEPES PH 8.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.187
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 222–479（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 222–479（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2Y1L Caspase-8 in Complex with DARPin-8.4 提交 2010-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 A 217–374（158 aa） 片段：P18 SUBUNIT, RESIDUES 218-374
链 B 376–479（104 aa） 片段：P10 SUBUNIT, RESIDUES 376-479
链 C 217–374（158 aa） 片段：P18 SUBUNIT, RESIDUES 218-374
链 D 376–479（104 aa） 片段：P10 SUBUNIT, RESIDUES 376-479
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；100 MM CITRIC ACID PH 4.9 (RT), 200 MM LI2SO4, 22.5% PEG 4K.
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3H11 Zymogen caspase-8:c-FLIPL protease domain complex 提交 2009-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 217–479（263 aa）
突变：D359A, D369A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3KJN Caspase 8 bound to a covalent inhibitor 提交 2009-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 211–374（164 aa） 片段：residues 211-374
链 B 385–479（95 aa） 片段：residues 385-479
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 B93 (3S)-3-({[(5S)-2-{2-[(1H-benzimidazol-5-ylcarbonyl)amino]ethyl}-7-(cyclohexylmethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well solution (1.0-1.1 M Citrate, 50 mM HEPES or PIPES pH 6.5, 25 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.202
3KJQ Caspase 8 with covalent inhibitor 提交 2009-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 211–374（164 aa）
链 B 385–479（95 aa）
未记录 B94 (3S)-3-({[(5S,8R)-2-(3-carboxypropyl)-8-(2-{[(4-chlorophenyl)acetyl]amino}ethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；277 K；2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well solution (1.0-1.1 M Citrate, 50 mM HEPES or PIPES pH 6.5, 25 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.207
4JJ7 Caspase-3 specific unnatural amino acid-based peptides 提交 2013-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 217–479（263 aa）
未记录 DTD DITHIANE DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1 M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.18 Å R-free 0.157
4PRZ Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 217–479（263 aa） 片段：UNP RESIDUES 217-479
未记录 DTD DITHIANE DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.12 Å R-free 0.218
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 217–479（263 aa） 片段：UNP RESIDUES 217-479
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 217–479（263 aa） 片段：UNP RESIDUES 217-479
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 217–479（263 aa） 片段：UNP RESIDUES 217-479
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 217–479（263 aa） 片段：UNP RESIDUES 217-479
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4ZBW Crystal structure of death effector domain of Caspase8 in Homo Sapiens 提交 2015-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 61–247（187 aa）
链 B 61–247（187 aa）
突变：F122A, I128D 突变：F122A, I128D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.2M sodium chloride, 25% PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
5H31 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–188（188 aa） 片段：UNP residues 1-188
链 B 1–188（188 aa） 片段：UNP residues 1-188
突变：F122A 突变：F122A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris, 21% PEG3350, 10 mM Sarcosine,
分辨率 3.17 Å R-free 0.268
5H31 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–188（188 aa） 片段：UNP residues 1-188
链 D 1–188（188 aa） 片段：UNP residues 1-188
突变：F122A 突变：F122A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris, 21% PEG3350, 10 mM Sarcosine,
分辨率 3.17 Å R-free 0.268
5H33 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–188（188 aa）
链 B 1–188（188 aa）
突变：F122A 突变：F122A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；50mM sodium chloride, 100mM Tris pH 8.5, 22.5% PEG3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.313
5JQE Crystal structure of caspase8 tDED 提交 2016-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–186（186 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；0.1M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG 1500
分辨率 3.16 Å R-free 0.274
5L08 Cryo-EM structure of Casp-8 tDED filament 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 60–243（184 aa）
链 B 60–243（184 aa）
链 C 60–243（184 aa）
链 D 60–243（184 aa）
链 E 60–243（184 aa）
链 F 60–243（184 aa）
链 G 60–243（184 aa）
链 H 60–243（184 aa）
链 I 60–243（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6AGW Pro-domain of Caspase-8 提交 2018-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–180（180 aa） 片段：UNP residues 1-180
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；(NH4)2SO4, Cacodylate, NaCl
分辨率 2.09 Å R-free 0.269
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
链 B 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S 63R N-{(3R)-1-[4-(morpholin-4-yl)benzene-1-carbonyl]piperidin-3-yl}-N-phenylacetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate
分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
链 D 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate
分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
链 F 276–538（263 aa） 片段：UNP residues 276-538
突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate
分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6X8H Caspase-8 in complex with AOMK inhibitor, Ac-DW3-KE, forms tetrahedral adduct 提交 2020-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 276–443（168 aa） 片段：p18 (UNP residues 276-443)
链 B 444–538（95 aa） 片段：p10 (UNP residues 444-538)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；295 K；1:1 protein : 0.10 M HEPES, 1.0 M sodium citrate
分辨率 1.48 Å R-free 0.167
7LVM CASP8 isoform B DED domain 提交 2021-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–188（187 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；100mM Hepes pH 7.5, 20% Ethylene Glycol, 18% PEG 3350, 200mM Sodium Chloride
分辨率 1.47 Å R-free 0.233
8YBX Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
8YD7 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–185（185 aa）
链 B 1–185（185 aa）
链 C 1–185（185 aa）
链 D 1–185（185 aa）
链 E 1–185（185 aa）
突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SE SELENIUM ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, TBG, PEG8000, TCEP, sodium chloride
分辨率 3.32 Å R-free 0.231
8YD8 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–185（185 aa）
链 B 1–185（185 aa）
链 C 1–185（185 aa）
链 D 1–185（185 aa）
链 E 1–185（185 aa）
突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, PEG 8000, TBG, TCEP, sodium chloride
分辨率 3.11 Å R-free 0.241
8YM4 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–185（185 aa）
链 B 1–185（185 aa）
链 C 1–185（185 aa）
链 D 1–185（185 aa）
突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SE SELENIUM ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP
分辨率 2.34 Å R-free 0.253
8YM5 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–185（185 aa）
链 B 1–185（185 aa）
链 C 1–185（185 aa）
链 D 1–185（185 aa）
突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP
分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8YM6 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–185（185 aa）
链 B 1–185（185 aa）
链 C 1–185（185 aa）
链 D 1–185（185 aa）
突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M Lithium chloride, 20 % PEG 400, 0.1 M TBG pH 9.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.264
8YNI Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
8YNK Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
8YNL Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YNM Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.49 Å
8YNN Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–479（479 aa）
链 B 1–479（479 aa）
链 C 1–479（479 aa）
突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å

共 33 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASP8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–266； UniProt 217–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k7z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k7z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k7z
沉积日期 deposition_date2008-08-28
结构标题 titleSolution Structure of the Catalytic Domain of Procaspase-8
关键词 keywordscaspase, apoptosis, initiator caspase, procaspase, Cytoplasm, Hydrolase, Protease, Thiol protease, Zymogen; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.82 Å
零角强度 I(0) i03728160000.00
分子量 molecular_weight520310.0 kDa
排除体积 excluded_volume650800 ų
包络体积 envelope_volume80385 ų
水化壳体积 shell_volume29182 ų
包络直径 envelope_diameter73.6 Å
壳层 Rg shell_rg30.55 Å
包络 Rg envelope_rg22.50 Å
形状 Rg shape_rg18.82 Å
总 Rg total_rg18.98 Å
总原子数 total_atoms72440
残基数 n_residues4580
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.6 Å
Rg (实空间) rg_real19.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3728000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8646
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.216
峰度 Kurtosis kurtosis-0.292
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4391000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.997
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2k7za_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.17.1 — Caspase-like
家族 Family familyc.17.1.1 — Caspase catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2k7zA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)