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2m8l

HIV capsid dimer structure

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

Human immunodeficiency virus type 1

UniProt P12497

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1b92 1b9d 1b9f 2gol 2gon 2gon 2gon 2gon 2h3f 2h3i 2h3q 2h3v

共 39 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1a43 1a8o 1aum 1b92 1b9d 1b9f 1baj 1bhl 1bis 1biu 1biu 1itg

共 67 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
4ipy 8a1p 8a1q 8buv 8cbr 8cbs 8cbt 8cbu 8cbv 8t5b 8v9c

共 11 个 assembly

其他同源多聚体
1bi4 1bl3 3h47 3h4e 3h4e 3mge 4qnb 8f22 8f22 8vc0 8vc0 8vxv

共 22 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物
1afv 1ak4 1ak4 2b4j 2b4j 2xv6 2xv6 2xxm 3av9 3ava 3avb 3avc

共 73 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POL_HV1N5
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m8l
沉积日期 deposition_date2013-05-23
结构标题 titleHIV capsid dimer structure
关键词 keywordscapsid, HIV, dimer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2m8l__assembly_1__model_50

Assembly 1 · Model 50 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2m8l__assembly_1__model_50 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2m8l__assembly_1__model_50 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）35.20 Å
Rg（电子密度）35.31 Å
总 Rg35.31 Å
原子数6914
残基数442
排除体积61502 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2m8l__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2m8l__assembly_1__model_2 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2m8l__assembly_1__model_3 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2m8l__assembly_1__model_4 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2m8l__assembly_1__model_5 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2m8l__assembly_1__model_6 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2m8l__assembly_1__model_7 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2m8l__assembly_1__model_8 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2m8l__assembly_1__model_9 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2m8l__assembly_1__model_10 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 2m8l__assembly_1__model_11 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 2m8l__assembly_1__model_12 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 2m8l__assembly_1__model_13 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 2m8l__assembly_1__model_14 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 2m8l__assembly_1__model_15 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 2m8l__assembly_1__model_16 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 17 2m8l__assembly_1__model_17 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 18 2m8l__assembly_1__model_18 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 19 2m8l__assembly_1__model_19 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 20 2m8l__assembly_1__model_20 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 21 2m8l__assembly_1__model_21 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 22 2m8l__assembly_1__model_22 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 23 2m8l__assembly_1__model_23 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 24 2m8l__assembly_1__model_24 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 25 2m8l__assembly_1__model_25 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 26 2m8l__assembly_1__model_26 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 27 2m8l__assembly_1__model_27 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 28 2m8l__assembly_1__model_28 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 29 2m8l__assembly_1__model_29 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 30 2m8l__assembly_1__model_30 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 31 2m8l__assembly_1__model_31 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 32 2m8l__assembly_1__model_32 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 33 2m8l__assembly_1__model_33 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 34 2m8l__assembly_1__model_34 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 35 2m8l__assembly_1__model_35 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 36 2m8l__assembly_1__model_36 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 37 2m8l__assembly_1__model_37 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 38 2m8l__assembly_1__model_38 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 39 2m8l__assembly_1__model_39 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 40 2m8l__assembly_1__model_40 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 41 2m8l__assembly_1__model_41 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 42 2m8l__assembly_1__model_42 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 43 2m8l__assembly_1__model_43 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 44 2m8l__assembly_1__model_44 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 45 2m8l__assembly_1__model_45 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 46 2m8l__assembly_1__model_46 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 47 2m8l__assembly_1__model_47 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 48 2m8l__assembly_1__model_48 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 49 2m8l__assembly_1__model_49 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 50 2m8l__assembly_1__model_50 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 51 2m8l__assembly_1__model_51 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 52 2m8l__assembly_1__model_52 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 53 2m8l__assembly_1__model_53 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 54 2m8l__assembly_1__model_54 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 55 2m8l__assembly_1__model_55 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 56 2m8l__assembly_1__model_56 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 57 2m8l__assembly_1__model_57 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 58 2m8l__assembly_1__model_58 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 59 2m8l__assembly_1__model_59 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 60 2m8l__assembly_1__model_60 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 61 2m8l__assembly_1__model_61 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 62 2m8l__assembly_1__model_62 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 63 2m8l__assembly_1__model_63 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 64 2m8l__assembly_1__model_64 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 65 2m8l__assembly_1__model_65 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 66 2m8l__assembly_1__model_66 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 67 2m8l__assembly_1__model_67 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 68 2m8l__assembly_1__model_68 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 69 2m8l__assembly_1__model_69 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 70 2m8l__assembly_1__model_70 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 71 2m8l__assembly_1__model_71 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 72 2m8l__assembly_1__model_72 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 73 2m8l__assembly_1__model_73 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 74 2m8l__assembly_1__model_74 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 75 2m8l__assembly_1__model_75 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 76 2m8l__assembly_1__model_76 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 77 2m8l__assembly_1__model_77 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 78 2m8l__assembly_1__model_78 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 79 2m8l__assembly_1__model_79 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 80 2m8l__assembly_1__model_80 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 81 2m8l__assembly_1__model_81 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 82 2m8l__assembly_1__model_82 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 83 2m8l__assembly_1__model_83 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 84 2m8l__assembly_1__model_84 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 85 2m8l__assembly_1__model_85 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 86 2m8l__assembly_1__model_86 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 87 2m8l__assembly_1__model_87 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 88 2m8l__assembly_1__model_88 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 89 2m8l__assembly_1__model_89 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 90 2m8l__assembly_1__model_90 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 91 2m8l__assembly_1__model_91 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 92 2m8l__assembly_1__model_92 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 93 2m8l__assembly_1__model_93 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 94 2m8l__assembly_1__model_94 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 95 2m8l__assembly_1__model_95 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 96 2m8l__assembly_1__model_96 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 97 2m8l__assembly_1__model_97 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 98 2m8l__assembly_1__model_98 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 99 2m8l__assembly_1__model_99 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 100 2m8l__assembly_1__model_100 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2m8la1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamilya.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family familya.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
结构域编号 domain_idd2m8la2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family familya.28.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2m8lb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamilya.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family familya.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
结构域编号 domain_idd2m8lb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family familya.28.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2m8lA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id2m8lA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Retrovirus capsid C-terminal domain
结构域编号 domain_id2m8lB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
结构域编号 domain_id2m8lB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Retrovirus capsid C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)