2pkg

Structure of a complex between the A subunit of protein phosphatase 2A and the small t antigen of SV40

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 10–589	未记录	Small T antigen × 1 （P03081） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.2 M MgCl2, 4.5% PEG10000 (w/v), 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 10–589	未记录	Small T antigen × 1 （P03081） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.2 M MgCl2, 4.5% PEG10000 (w/v), 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PKG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3U CRYSTAL STRUCTURE OF CONSTANT REGULATORY DOMAIN OF HUMAN PP2A, PR65ALPHA 提交 1998-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–588（588 aa）片段：65 KD REGULATORY SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1B3U CRYSTAL STRUCTURE OF CONSTANT REGULATORY DOMAIN OF HUMAN PP2A, PR65ALPHA 提交 1998-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链未唯一映射参考区间未声明片段：65 KD REGULATORY SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
3C5W Complex between PP2A-specific methylesterase PME-1 and PP2A core enzyme 提交 2008-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–46（38 aa）链 A 400–589（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% w/v PEG3350, 100 mM ammonium citrate, and 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
3DW8 Structure of a Protein Phosphatase 2A Holoenzyme with B55 subunit 提交 2008-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：A delta 8: Residues 9-589	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.85 Å R-free 0.285
3DW8 Structure of a Protein Phosphatase 2A Holoenzyme with B55 subunit 提交 2008-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 9–589（581 aa）片段：A delta 8: Residues 9-589	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；7-10% PEG 35000, 0.10-0.15 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.85 Å R-free 0.285
3K7V Protein phosphatase 2A core complex bound to dinophysistoxin-1 提交 2009-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 XT1 (2R)-3-[(2S,5R,6R,8S)-8-{(1R,2E)-3-[(2R,4a'R,5R,6'S,8'R,8a'S)-6'-{(1S,3S)-3-[(2S,3R,6R,11R)-3,11-dimethyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl]-1-hydroxybutyl}-8'-hydroxy-7'-methylideneoctahydro-3H,3'H-spiro[furan-2,2'-pyrano[3,2-b]pyran]-5-yl]-1-methylprop-2-en-1-yl}-5-hydroxy-10-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-10-en-2-yl]-2-hydroxy-2-methylpropanoic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M LITHIUM SULFATE, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-CL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.262
3K7W Protein phosphatase 2A core complex bound to dinophysistoxin-2 提交 2009-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 XT2 (2R)-2-hydroxy-3-[(2S,5R,6R,8S)-5-hydroxy-8-{(1R,2E)-3-[(2R,4a'R,5R,6'S,8'R,8a'S)-8'-hydroxy-6'-{(1S,3S)-1-hydroxy-3-[( 2S,6R,11S)-11-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl]butyl}-7'-methylideneoctahydro-3H,3'H-spiro[furan-2,2'-pyrano[3,2-b]p yran]-5-yl]-1-methylprop-2-en-1-yl}-10-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-10-en-2-yl]-2-methylpropanoic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M LITHIUM SULFATE, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-CL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.96 Å R-free 0.263
4I5L Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：PP2A A alpha subunit (9-589)	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.1M Na Malonate, 12% PEG 3350 + 6.2mg/mL protein in buffer Tris, 150mM NaCl , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.43 Å R-free 0.228
4I5L Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 9–589（581 aa）片段：PP2A A alpha subunit (9-589)	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.1M Na Malonate, 12% PEG 3350 + 6.2mg/mL protein in buffer Tris, 150mM NaCl , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.43 Å R-free 0.228
4I5N Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：PP2A A alpha subunit (9-589)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；296 K；0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4I5N Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 9–589（581 aa）片段：PP2A A alpha subunit (9-589)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；296 K；0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
5W0W Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL 提交 2017-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–589（581 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；292 K；0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.80 Å R-free 0.246
5W0W Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL 提交 2017-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 9–589（581 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；292 K；0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.80 Å R-free 0.246
5W0W Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL 提交 2017-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 9–589（581 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；292 K；0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.80 Å R-free 0.246
5W0W Crystal structure of Protein Phosphatase 2A bound to TIPRL 提交 2017-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 9–589（581 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；292 K；0.1M citric acid pH 5.2, 9% PEG4000, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.80 Å R-free 0.246
6IUR A phosphatase complex STRN3-PP2Aa 提交 2018-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 8–589（582 aa）片段：UNP residues 8-589 链 B 8–589（582 aa）片段：UNP residues 8-589	未记录	TME PROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 8.5% PEG20000	分辨率 3.33 Å R-free 0.249
6IUR A phosphatase complex STRN3-PP2Aa 提交 2018-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 8–589（582 aa）片段：UNP residues 8-589 链 F 8–589（582 aa）片段：UNP residues 8-589	未记录	TME PROPANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 8.5% PEG20000	分辨率 3.33 Å R-free 0.249
6NTS Protein Phosphatase 2A (Aalpha-B56alpha-Calpha) holoenzyme in complex with a Small Molecule Activator of PP2A (SMAP) 提交 2019-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	L2J N-[(1R,2R,3S)-2-hydroxy-3-(10H-phenoxazin-10-yl)cyclohexyl]-4-(trifluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.02 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
7CUN The structure of human Integrator-PP2A complex 提交 2020-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 P 1–589（589 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7K36 Cryo-EM structure of STRIPAK complex 提交 2020-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric	链 p 1–589（589 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7SOY The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex 提交 2021-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 P 1–589（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric	链 p 1–589（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 p 1–589（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 p 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8SO0 Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CHAPSO was added only immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8TTB Cryo-EM structure of the PP2A:B55-ARPP19 complex 提交 2023-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CHAPSO was added only immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å
8TWE Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex, B55 body 提交 2023-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CHAPSO was added only immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
8TWI Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex, PP2Ac body 提交 2023-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–589（581 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CHAPSO was added only immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8U1X The structure of the PP2A-B56Delta holoenzyme mutant - E197K 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8U89 The structure of the PP2A-B56Delta holoenzyme mutant - E197K 提交 2023-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8UO5 Protein Phosphatase 2A B55 subunit in complex with IER5 提交 2023-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
8UWB Crystal structure of PP2A PPP2R1A-PPP2CA-PPP2R5E phosphatase. 提交 2023-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）链 D 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.77；297 K；23% (w/v) PEG 20k, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.77	分辨率 3.15 Å R-free 0.263
8UWB Crystal structure of PP2A PPP2R1A-PPP2CA-PPP2R5E phosphatase. 提交 2023-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）链 D 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.77；297 K；23% (w/v) PEG 20k, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.77	分辨率 3.15 Å R-free 0.263
8YJB Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex 提交 2024-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 P 1–589（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9C6B PP2A:B55-p107 substrate complex 提交 2024-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：residues 9-589	未记录	FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9C7T PP2A:B55-Eya3 substrate complex 提交 2024-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：residues 9-589	未记录	FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9MIP CryoEM structure of the Protein Phasphatase 2A (Aalpha-B56gamma-Calpha) holoenzyme complex 提交 2024-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–589（589 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9MZW PP2A-B55 holoenzyme 提交 2025-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–589（581 aa）片段：residues 9-589	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9N0Y PP2A-B55 Holoenzyme with Eya3 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：residues 9-589	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9N0Z PP2A-B55 Holoenzyme with B55i 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–589（581 aa）片段：residues 9-589	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9VD9 Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex 提交 2025-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric	链 P 1–589（589 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 34 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2AAA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–580； UniProt 10–589 作者链 B； PDB构建体 1–580； UniProt 10–589

Small T antigen

Simian virus 40

UniProt P03081

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 87–174	片段：residues 87-174	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （P30153） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.2 M MgCl2, 4.5% PEG10000 (w/v), 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 87–174	片段：residues 87-174	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 （P30153） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；0.2 M MgCl2, 4.5% PEG10000 (w/v), 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TASM_SV40
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–88； UniProt 87–174 作者链 D； PDB构建体 1–88； UniProt 87–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pkg
沉积日期 deposition_date	2007-04-17
结构标题 title	Structure of a complex between the A subunit of protein phosphatase 2A and the small t antigen of SV40
关键词 keywords	Protein phosphatase 2A, small t antigen, SV40, regulation, Hydrolase REGULATOR-VIRAL PROTEIN COMPLEX; Hydrolase REGULATOR/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.00 Å
零角强度 I(0) i0	319511000.00
分子量 molecular_weight	148100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186750 Å³
包络体积 envelope_volume	261500 Å³
水化壳体积 shell_volume	57094 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.19 Å
包络 Rg envelope_rg	38.26 Å
形状 Rg shape_rg	39.01 Å
总 Rg total_rg	39.28 Å
总原子数 total_atoms	10358
残基数 n_residues	1318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	319500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.879

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
分子量 formula_weight	64544.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10358

LYPIAVLIDELRNEDVQLRLNSIKKLSTIALALGVERTRSELLPFLTDTIYDEDEVLLALAEQLGTFTTLVGGPEYVHCLLPPLESLATVEETVVRDKAVESLRAISHEHSPSDLEAHFVPLVKRLAGGDWFTSRTSACGLFSVCYPRVSSAVKAELRQYFRNLCSDDTPMVRRAAASKLGEFAKVLELDNVKSEIIPMFSNLASDEQDSVRLLAVEACVNIAQLLPQEDLEALVMPTLRQAAEDKSWRVRYMVADKFTELQKAVGPEITKTDLVPAFQNLMKDCEAEVRAAASHKVKEFCENLSADCRENVIMSQILPCIKELVSDANQHVKSALASVIMGLSPILGKDNTIEHLLPLFLAQLKDECPEVRLNIISNLDCVNEVIGIRQLSQSLLPAIVELAEDAKWRVRLAIIEYMPLLAGQLGVEFFDEKLNSLCMAWLVDHVYAIREAATSNLKKLVEKFGKEWAHATIIPKVLAMSGDPNYLHRMTTLFCINVLSEVCGQDITTKHMLPTVLRMAGDPVANVRFNVAKSLQKIGPILDNSTLQSEVKPILEKLTQDQDVDVKYFAQEALTVLSLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small T antigen
分子量 formula_weight	10464.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SLNPGVDAMYCKQWPECAKKMSANCICLLCLLRMKHENRKLYRKDPLVWVDCYCFDCFRMWFGLDLCEGTLLLWCDIIGQTTYRDLKL

来源 Source

来源生物 organism	Simian virus 40
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pkga1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pkgb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2pkgc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.92 — T-antigen specific domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.92.1 — T-antigen specific domain-like
家族 Family family	g.92.1.1 — T-antigen specific domain-like

结构域编号 domain_id	d2pkgd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.92 — T-antigen specific domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.92.1 — T-antigen specific domain-like
家族 Family family	g.92.1.1 — T-antigen specific domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2pkgA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2pkgB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	137.700 Å
晶胞边长 b length_b	147.790 Å
晶胞边长 c length_c	209.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	60.400 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.3120

fit	/app/data/saxs_computation/pk/2pkg/2pkg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/2pkg/2pkg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/2pkg/2pkg.dat

Structure of a complex between the A subunit of protein phosphatase 2A and the small t antigen of SV40

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)