2prl

The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q02127

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–395 突变:N-terminus truncated SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ORO OROTIC ACID × 1 R2C 5-METHOXY-2-[(4-PHENOXYPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.8;293 K;DROPS WERE FORMED BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF 18-24 MG/ML PROTEIN IN 100 MM HEPES PH 7.0, 400 MM NACL, 30% GLYCEROL, 1 MM EDTA AND 10 MM N,N- DIMETHYLUNDECYLAMIN-N-OXIDE (C11DAO) WITH A PRECIPITANT SOLUTION OF 0.1 M ACETATE PH 4.8 40 MM C11DAO, 20.8 MM N,-DIMETHYLDECYLAMINE-N-OXIDE (DDAO), 2 MM DIHYDROOROTATE (DHO) THE HANGING DROPS WERE INCUBATED AGAINST 0.5 ML RESERVOIR OF 0.1 M ACETATE PH 4.8, 1.6-2.2 M AMMONIUM SULFATE AND 30% GLYCEROL., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 104 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–367; UniProt 29–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2prl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2prl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2prl
沉积日期 deposition_date2007-05-04
结构标题 titleThe structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
关键词 keywordsprotein inhibitor complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.15
零角强度 I(0) i029202300.00
分子量 molecular_weight41170.0 kDa
排除体积 excluded_volume51514 ų
包络体积 envelope_volume57407 ų
水化壳体积 shell_volume23859 ų
包络直径 envelope_diameter61.1
壳层 Rg shell_rg26.69
包络 Rg envelope_rg19.54
形状 Rg shape_rg19.12
总 Rg total_rg20.18
总原子数 total_atoms2899
残基数 n_residues367
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.3
Rg (实空间) rg_real20.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19
I(0) (实空间) i0_real2.9200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.7
偏度 Skewness skewness0.064
峰度 Kurtosis kurtosis-0.488
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9064000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.911

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2prla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2prlA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)