2r1g

Coordinates of the thermus thermophilus 30S components neighboring RbfA as obtained by fitting into the CRYO-EM map of A 30S-RBFA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S9

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 7	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 1 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 18 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 27 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 28 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 45 × 1 30S ribosomal protein S12 × 1 （P17293） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P62655）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS9_THET2
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–127； UniProt 2–128

30S ribosomal protein S12

Thermus thermophilus

UniProt P17293

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 7	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 1 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 18 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 27 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 28 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 45 × 1 30S ribosomal protein S9 × 1 （P62669） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P62655）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS12_THETH
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–124； UniProt 2–125

30S ribosomal protein S13

Thermus thermophilus

UniProt P62655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 7	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 1 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 18 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 27 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 28 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44 × 1 16S RIBOSOMAL RNA HELIX 45 × 1 30S ribosomal protein S9 × 1 （P62669） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P17293）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS13_THET2
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r1g
沉积日期 deposition_date	2007-08-22
结构标题 title	Coordinates of the thermus thermophilus 30S components neighboring RbfA as obtained by fitting into the CRYO-EM map of A 30S-RBFA complex
关键词 keywords	;30S RIBOSOME MATURATION PROTEIN RbfA, COLD SHOCK RESPONSE PROTEIN RbfA, 30S-RbfA COMPLEX, RbfA BINDING SITE ON THE 30S, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, Antibiotic resistance, RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX ;; RIBOSOMAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r1g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r1g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r1g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.21 Å
Rg（电子密度）	55.86 Å
总 Rg	55.70 Å
原子数	180
残基数	180
排除体积	53201 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r1g__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 1
分子量 formula_weight	7781.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	556

GGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 18
分子量 formula_weight	15544.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 27
分子量 formula_weight	9440.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 28
分子量 formula_weight	8969.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AAUUGACGGGGGCCGCCUUGUACACACC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44
分子量 formula_weight	3457.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CGCCCGUCACG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 44
分子量 formula_weight	3530.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CGAAGUCGUAA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA HELIX 45
分子量 formula_weight	9434.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14298.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLGIARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	13804.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	14207.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRLMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2r1gg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d2r1gh1
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

结构域编号 domain_id	d2r1gi1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.1 — Ribosomal protein S13

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分辨率 resolution	12.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND 3D IMAGE PROCESSING
颗粒数 num_particles	61207

Coordinates of the thermus thermophilus 30S components neighboring RbfA as obtained by fitting into the CRYO-EM map of A 30S-RBFA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r1g__assembly_1__model_1

2r1g__assembly_1__model_1 | I(q)

2r1g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (2)