2trc

PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSDUCIN

物种未注明

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 片段:LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68 TRANSDUCIN × 1 (P02698) PHOSDUCIN × 1 (P20942) GD GADOLINIUM ATOM × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;277 K;THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

TRANSDUCIN

物种未注明

UniProt P02698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–67 片段:LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68 TRANSDUCIN × 1 (P62871) PHOSDUCIN × 1 (P20942) GD GADOLINIUM ATOM × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;277 K;THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 2–68; UniProt 1–67

PHOSDUCIN

Rattus norvegicus

UniProt P20942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 14–230 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TRANSDUCIN × 1 (P62871) TRANSDUCIN × 1 (P02698) GD GADOLINIUM ATOM × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;277 K;THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHOS_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–217; UniProt 14–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2trc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2trc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2trc
沉积日期 deposition_date1997-01-06
结构标题 titlePHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA COMPLEX
关键词 keywords;PHOSDUCIN, TRANSDUCIN, BETA-GAMMA, SIGNAL TRANSDUCTION, REGULATION, PHOSPHORYLATION, G PROTEINS, THIOREDOXIN, VISION, MEKA, COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION), COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION) complex ;; COMPLEX (TRANSDUCER/TRANSDUCTION)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.64
零角强度 I(0) i089824200.00
分子量 molecular_weight69930.0 kDa
排除体积 excluded_volume85272 ų
包络体积 envelope_volume105830 ų
水化壳体积 shell_volume33664 ų
包络直径 envelope_diameter96.0
壳层 Rg shell_rg33.72
包络 Rg envelope_rg26.11
形状 Rg shape_rg25.60
总 Rg total_rg26.54
总原子数 total_atoms4833
残基数 n_residues620
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.8
Rg (实空间) rg_real26.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real8.9820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89830000.0000
解质量估计 total_estimate0.8677
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.1
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.312
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22190000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.972

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2trcb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd2trcg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
结构域编号 domain_idd2trcp_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.6 — Phosducin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2trcB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id2trcG00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
结构域编号 domain_id2trcP01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id2trcP02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology168 — Phosducin; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosducin, domain 2

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)