2v64

Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MBP1 × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MBP1 × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	MBP1 × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–213； UniProt 2–205 作者链 C； PDB构建体 10–213； UniProt 2–205 作者链 F； PDB构建体 10–213； UniProt 2–205 作者链 D； PDB构建体 10–116； UniProt 2–108 作者链 D； PDB构建体 120–207； UniProt 118–205 作者链 E； PDB构建体 10–116； UniProt 2–108 作者链 E； PDB构建体 120–207； UniProt 118–205 作者链 H； PDB构建体 10–116； UniProt 2–108 作者链 H； PDB构建体 120–207； UniProt 118–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2v64
沉积日期 deposition_date	2007-07-13
结构标题 title	Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2.
关键词 keywords	SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT, MAD2, NUCLEUS, MITOSIS, APOPTOSIS, CELL CYCLE, CELL DIVISION, PHOSPHORYLATION, CONFORMATIONAL DIMER; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2v64__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2v64__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2v64__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.35 Å
Rg（电子密度）	23.20 Å
总 Rg	24.11 Å
原子数	3215
残基数	398
排除体积	57655 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2v64__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2v64__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2v64__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A
分子量 formula_weight	24506.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,F
原子数 atom_count	9648

MHHHHHHGSALQLSREQGITLRGSAEIVAEFFSFGINSILYQRGIYPSETFTRVQKYGLTLLVTTDLELIKYLNNVVEQLKDWLYKCSVQKLVVVISNIESGEVLERWQFDIECDKTAKDDSAPREKSQKAIQDEIRSVIRQITATVTFLPLLEVSCSFDLLIYTDKDLVVPEKWEESGPQFITNSEEVRLRSFTTTIHKVNSMVAYKIPVND

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MBP1
分子量 formula_weight	1451.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,I

SWYSYPPPQRAV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A
分子量 formula_weight	23764.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,H

MHHHHHHGSALQLSREQGITLRGSAEIVAEFFSFGINSILYQRGIYPSETFTRVQKYGLTLLVTTDLELIKYLNNVVEQLKDWLYKCSVQKLVVVISNIESGEVLERWQFDIECDKGSGEKSQKAIQDEIRSVIRQITATVTFLPLLEVSCSFDLLIYTDKDLVVPEKWEESGPQFITNSEEVRLRSFTTTIHKVNSMVAYKIPVND

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2v64a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2v64a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2v64c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2v64c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2v64d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2v64e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2v64f2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2v64f3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2v64h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2v64A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2v64C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2v64D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2v64E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2v64F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2v64H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

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晶胞边长 a length_a	112.580 Å
晶胞边长 b length_b	111.880 Å
晶胞边长 c length_c	131.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.440 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2730

Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2v64__assembly_1__model_1

2v64__assembly_1__model_1 | I(q)

2v64__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2v64__assembly_1__model_1

2v64__assembly_1__model_1 | I(q)

2v64__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)