2vfx

Structure of the Symmetric Mad2 Dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 183.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–205	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
11	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
12	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–205	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–205	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–205	突变：YES	PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–205	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 20 DEGREES C. 1 MICROLITER PROTEIN: 3 MG/ML IN 20 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM TCEP PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR: 19% PEG2000, 16% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 8.0, 0.3 M MGCL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VFX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DUJ SOLUTION STRUCTURE OF THE SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN HUMAN MAD2 提交 2000-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 11–195（185 aa）片段：FULL PROTEIN WITHOUT BOTH N- AND C-TERMINAL 10 RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM Mad2 protein U-15N,13C,2H; 50mM sodium phosphate (pH 6.8), 300mM KCl, 5mM DTT, 0.04% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.4mM Mad2 protein U-15N,13C; U-60% 2H; 50mM sodium phosphate (pH 6.8), 300mM KCl, 5mM DTT, 0.04% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM Mad2 protein U-15N; 50mM sodium phosphate (pH 6.8), 300mM KCl, 5mM DTT, 0.04% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.6mM Mad2 protein U-10% 13C; 50mM sodium phosphate (pH 6.8), 300mM KCl, 5mM DTT, 0.04% NaN3; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.7mM Mad2 protein U-15N,13C; 50mM sodium phosphate (pH 6.8), 300mM KCl, 5mM DTT, 0.04% NaN3; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
1GO4 Crystal structure of Mad1-Mad2 reveals a conserved Mad2 binding motif in Mad1 and Cdc20. 提交 2001-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	突变：R133A 突变：R133A 突变：R133A 突变：R133A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PROTEIN CONCENTRATION 7.5 MG/ML HANGING DROP METHOD, WELL=100 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM AMMONIUM CITRATE PH 5.2, 10 MM DTT	分辨率 2.05 Å R-free 0.268
1KLQ The Mad2 Spindle Checkpoint Protein Undergoes Similar Major Conformational Changes upon Binding to Either Mad1 or Cdc20 提交 2001-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–205（197 aa）片段：MISSING N-TERMINAL 10 RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N; 1mM MBP1 NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N, 13C, 2H; 1mM MBP1 NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N, 13C; 1mM MBP1 NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N, 13C, U-60% 2H; 1mM MBP1 NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM MBP1 U-15N; 1mM Mad2 protein NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM MBP1 U-15N, 13C; 1mM Mad2 protein NA; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1S2H The Mad2 spindle checkpoint protein possesses two distinct natively folded states 提交 2004-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	突变：R133A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3M KCl；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N,13C,2H \| 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N \| 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT NMR样品组成 0.8mM Mad2 protein U-15N,13C \| 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT	分辨率未提供
2QYF Crystal structure of the Mad2/p31(comet)/Mad2-binding peptide ternary complex 提交 2007-08-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–205（205 aa）	突变：L13A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；16% (w/v) PEG 3350, 16% (v/v) glycerol, 125 mM sodium phosphate (pH 5.0), 100 mM NaCl, 25 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2QYF Crystal structure of the Mad2/p31(comet)/Mad2-binding peptide ternary complex 提交 2007-08-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–205（205 aa）	突变：L13A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；16% (w/v) PEG 3350, 16% (v/v) glycerol, 125 mM sodium phosphate (pH 5.0), 100 mM NaCl, 25 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2V64 Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2. 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–205（204 aa）片段：RESIDUES 2-205 链 E 2–108（107 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205 链 E 118–205（88 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M NAACETATE PH 4.6, 3.5M NAFORMATE	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
2V64 Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2. 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–205（204 aa）片段：RESIDUES 2-205 链 D 2–108（107 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205 链 D 118–205（88 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M NAACETATE PH 4.6, 3.5M NAFORMATE	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
2V64 Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2. 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–205（204 aa）片段：RESIDUES 2-205 链 H 2–108（107 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205 链 H 118–205（88 aa）片段：RESIDUES 2-108,118-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M NAACETATE PH 4.6, 3.5M NAFORMATE	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–205（195 aa）链 B 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 11–205（195 aa）链 D 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 11–205（195 aa）链 F 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 11–205（195 aa）链 H 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 11–205（195 aa）链 J 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
3GMH Crystal Structure of the Mad2 Dimer 提交 2009-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 11–205（195 aa）链 L 11–205（195 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.95 Å R-free 0.251
5KHU Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC15 deletion mutant), in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-CDC20-MCC) based on cryo EM data at 4.8 Angstrom resolution 提交 2016-06-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 T 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
5LCW Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution 提交 2016-06-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Z 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6F0X Cryo-EM structure of TRIP13 in complex with ATP gamma S, p31comet, C-Mad2 and Cdc20 提交 2017-11-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 Z 1–205（205 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6TLJ Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution 提交 2019-12-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Z 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 B； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 C； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 D； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 E； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 F； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 G； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 H； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 I； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 J； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 K； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 L； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vfx
沉积日期 deposition_date	2007-11-05
结构标题 title	Structure of the Symmetric Mad2 Dimer
关键词 keywords	MAD2, MAD1, CDC2, NUCLEUS, MITOSIS, ANAPHASE, CELL CYCLE, CELL DIVISION, SPINDLE CHECKPOINT, ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.82 Å
零角强度 I(0) i0	1063130000.00
分子量 molecular_weight	281050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	355660 Å³
包络体积 envelope_volume	572130 Å³
水化壳体积 shell_volume	88686 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.70 Å
包络 Rg envelope_rg	52.50 Å
形状 Rg shape_rg	53.81 Å
总 Rg total_rg	53.95 Å
总原子数 total_atoms	19764
残基数 n_residues	2438
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	183.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1063000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.888

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A
分子量 formula_weight	23516.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	21651

GMALQLSREQGITARGSAEIVAEFFSFGINSILYQRGIYPSETFTRVQKYGLTLLVTTDLELIKYLNNVVEQLKDWLYKSSVQKLVVVISNIESGEVLERWQFDIESDKTAKDDSAPREKSQKAIQDEIRSVIRQITATVTFLPLLEVSCSFDLLIYTDKDLVVPEKWEESGPQFITNSEEVRLRSFTTTIHKVNSMVAYKIPVND

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	37

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL
分子量 formula_weight	634.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1591

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2vfxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

结构域编号 domain_id	d2vfxl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamily	d.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family family	d.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2vfxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	2vfxL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.337 Å
晶胞边长 b length_b	191.407 Å
晶胞边长 c length_c	154.307 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/vf/2vfx/2vfx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vf/2vfx/2vfx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vf/2vfx/2vfx.dat