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2vfx

Structure of the Symmetric Mad2 Dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT PROTEIN MAD2A

HOMO SAPIENS

UniProt Q13257

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 CHLORIDE ION × 5 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 4 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 CHLORIDE ION × 5 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 5 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 CHLORIDE ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1duj 1s2h 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx 2vfx

共 14 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
3gmh 3gmh 3gmh 3gmh 3gmh 3gmh

共 6 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1go4 1klq 2qyf 2qyf 2v64 2v64 2v64 5khu 5lcw 6f0x 6tlj

共 11 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MD2L1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 B； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 C； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 D； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 E； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 F； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 G； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 H； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 I； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 J； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 K； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205 作者链 L； PDB构建体 2–206； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vfx
沉积日期 deposition_date2007-11-05
结构标题 titleStructure of the Symmetric Mad2 Dimer
关键词 keywordsMAD2, MAD1, CDC2, NUCLEUS, MITOSIS, ANAPHASE, CELL CYCLE, CELL DIVISION, SPINDLE CHECKPOINT, ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vfx__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vfx__assembly_6__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vfx__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）19.47 Å
Rg（电子密度）18.20 Å
总 Rg19.44 Å
原子数1645
残基数203
排除体积29600 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2vfx__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2vfx__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2vfx__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2vfx__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2vfx__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2vfx__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 2vfx__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 2vfx__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 2vfx__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 2vfx__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 2vfx__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 2vfx__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd2vfxa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd2vfxl_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id2vfxA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id2vfxL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
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7. 引用文献 (1)