2vh5

CRYSTAL STRUCTURE OF HRAS(G12V) - ANTI-RAS FV (disulfide free mutant) COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPASE HRAS

HOMO SAPIENS

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–166 片段:RESIDUES 1-166 突变:YES ANTI-RAS FV HEAVY CHAIN × 1 ANTI-RAS FV LIGHT CHAIN × 1 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.8;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 17-18 % PEG3350, 320 MM ZINC ACETATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 5.8, 0.03 % DICHLOROMETHANE 分辨率 2.70 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vh5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vh5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vh5
沉积日期 deposition_date2007-11-19
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HRAS(G12V) - ANTI-RAS FV (disulfide free mutant) COMPLEX
关键词 keywords;IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, METHYLATION, PRENYLATION, LIPOPROTEIN, GTP-BINDING, SIGNAL TRANSDUCTION, NUCLEOTIDE- BINDING, DISEASE MUTATION, NUCLEOTIDE-BINDING, IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE, ONCOGENE, ANTIBODY, PALMITATE, INTRABODY, PROTO-ONCOGENE, CANCER THERAPY, GOLGI APPARATUS ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.74
零角强度 I(0) i033863300.00
分子量 molecular_weight43403.0 kDa
排除体积 excluded_volume53717 ų
包络体积 envelope_volume63142 ų
水化壳体积 shell_volume23537 ų
包络直径 envelope_diameter79.4
壳层 Rg shell_rg29.54
包络 Rg envelope_rg22.99
形状 Rg shape_rg22.71
总 Rg total_rg23.64
总原子数 total_atoms3039
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.5
Rg (实空间) rg_real23.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real3.3860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8110
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.0
偏度 Skewness skewness0.353
峰度 Kurtosis kurtosis-0.368
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7571000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2vh5h_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2vh5l_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2vh5r_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2vh5H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2vh5L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2vh5R00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)