2vlp

R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E9 IMMUNITY PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86	未记录	COLICIN E9 × 1 （P09883） MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VLP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1E0H Inhibitor Protein Im9 bound to its partner E9 DNase 提交 2000-03-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；295 K；压力 1 NMR样品组成 10% WATER/90% D2O	分辨率未提供
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：E41A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1IMP COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, 21 STRUCTURES 提交 1996-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1IMQ COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-05-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y54F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：V34A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271

共 19 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

COLICIN E9

ESCHERICHIA COLI

UniProt P09883

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 450–582	片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582 突变：YES	COLICIN-E9 IMMUNITY PROTEIN × 1 （P13479） MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2VLP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 449–582（134 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-581	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1V13 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT HIS103ALA OF THE COLICIN E9 DNASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ZN+2 (2.0 ANGSTROMS) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 450–582（133 aa）链 B 450–582（133 aa）	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.80	分辨率 2.00 Å R-free 0.307
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：UNP residues 450-582	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
2WPT The crystal structure of Im2 in complex with colicin E9 DNase 提交 2009-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 N 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 P 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 O 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 Q 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
4JML Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex. 提交 2013-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 32–47（16 aa）片段：T-domain, Residues 32-47	突变：A33C	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；80mM calcium chloride, 24% PEG 5000MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–314（314 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 3.70 Å
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–582（582 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 4.70 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–134； UniProt 450–582

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vlp
沉积日期 deposition_date	2008-01-15
结构标题 title	R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9
关键词 keywords	;PROTEIN-BINDING, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION, METAL-BINDING, ANTIMICROBIAL, BACTERIOCIN IMMUNITY, HYDROLASE, ANTIBIOTIC, BACTERIOCIN, ENDONUCLEASE, ZINC, COLICIN, PLASMID, NUCLEASE, HTH MOTIF, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.82 Å
零角强度 I(0) i0	11504300.00
分子量 molecular_weight	24312.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30030 Å³
包络体积 envelope_volume	35538 Å³
水化壳体积 shell_volume	16487 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.26 Å
包络 Rg envelope_rg	19.17 Å
形状 Rg shape_rg	18.79 Å
总 Rg total_rg	19.72 Å
总原子数 total_atoms	1714
残基数 n_residues	216
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7302
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.275
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2163000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.424; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.896

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COLICIN-E9 IMMUNITY PROTEIN
分子量 formula_weight	9592.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1936

MELKHSISDYTEAEFLQLVTTICNADTSSEEELVKLVTHFEEMTEHPSGSDLIYYPKEGDDDSPSGIVNTVKQWRAANGKSGFKQG

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COLICIN E9
分子量 formula_weight	15033.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MESKRNKPGKATGKGKPVGDKWLDDAGKDSGAPIPDRIADKLRDKEFKSFDDFAKAVWEEVSKDPELSKNLNPSNKSSVSKGYSPFTPKNQQVGGRKVYELHHDKPISQGGEVYDMDNIRVTTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vlpa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d2vlpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vlpA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	2vlpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.285 Å
晶胞边长 b length_b	77.920 Å
晶胞边长 c length_c	41.402 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.820 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1660
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/vl/2vlp/2vlp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vl/2vlp/2vlp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vl/2vlp/2vlp.dat

R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E9 IMMUNITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

COLICIN E9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)