2wz0

L38V SOD1 mutant complexed with aniline.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]

HOMO SAPIENS

UniProt P00441

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–154 链 F; UniProt 2–154 突变:YES CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 ZZT 2-METHOXY-5-METHYLANILINE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 DSN D-SERINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;150 MM NACL,3.0 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM TRIS-HCL PH 7.5 分辨率 1.72 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 153 个其他 PDB 条目、375 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SODC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 F; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wz0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wz0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wz0
沉积日期 deposition_date2009-11-20
结构标题 titleL38V SOD1 mutant complexed with aniline.
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, DISEASE MUTATION, AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS, ANTIOXIDANT; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.00
零角强度 I(0) i021387900.00
分子量 molecular_weight32477.0 kDa
排除体积 excluded_volume39524 ų
包络体积 envelope_volume47069 ų
水化壳体积 shell_volume19965 ų
包络直径 envelope_diameter72.2
壳层 Rg shell_rg26.23
包络 Rg envelope_rg20.30
形状 Rg shape_rg20.01
总 Rg total_rg20.77
总原子数 total_atoms2263
残基数 n_residues306
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.3
Rg (实空间) rg_real20.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real2.1390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21390000.0000
解质量估计 total_estimate0.6773
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.338
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha2347000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.095; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2wz0a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd2wz0f_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2wz0A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id2wz0F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)