2xiw

Crystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-BINDING PROTEIN 7D

SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS

UniProt P13123

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–66 链 B; UniProt 2–66 突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:3.5 M (NH4)2SO4 分辨率 1.50 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN71_SULAC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–77; UniProt 2–66 作者链 B; PDB构建体 13–77; UniProt 2–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xiw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xiw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xiw
沉积日期 deposition_date2010-07-01
结构标题 titleCrystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S
关键词 keywordsDNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.42
零角强度 I(0) i04958060.00
分子量 molecular_weight15144.0 kDa
排除体积 excluded_volume18662 ų
包络体积 envelope_volume23073 ų
水化壳体积 shell_volume12919 ų
包络直径 envelope_diameter54.7
壳层 Rg shell_rg20.83
包络 Rg envelope_rg15.70
形状 Rg shape_rg15.37
总 Rg total_rg16.59
总原子数 total_atoms1053
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.9
Rg (实空间) rg_real16.39
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real4.9580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2990e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4958000.0000
解质量估计 total_estimate0.7734
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.6
偏度 Skewness skewness0.185
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1121000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.688; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2xiwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea
结构域编号 domain_idd2xiwb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea
结构域编号 domain_idd2xiwb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2xiwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id2xiwB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)