3bg0

Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 220.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein SEC13 homolog

Homo sapiens

UniProt P55735

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–316 链 D; UniProt 1–316 链 E; UniProt 1–316 链 H; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 4 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–316 链 D; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 2 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–316 链 H; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 2 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 1 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 1 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 1 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–316 未记录 Nucleoporin NUP145 × 1 (P49687) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEC13_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316 作者链 D; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316 作者链 E; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316 作者链 H; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316

Nucleoporin NUP145

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P49687

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 731–1158 链 C; UniProt 731–1158 链 F; UniProt 731–1158 链 G; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 4 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 731–1158 链 C; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 731–1158 链 G; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 1 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 1 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 1 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 731–1158 片段:Nucleoporin NUP145C Protein SEC13 homolog × 1 (P55735) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.7;294 K;16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 3.15 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU145_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 15–442; UniProt 731–1158 作者链 C; PDB构建体 15–442; UniProt 731–1158 作者链 F; PDB构建体 15–442; UniProt 731–1158 作者链 G; PDB构建体 15–442; UniProt 731–1158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bg0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bg0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bg0
沉积日期 deposition_date2007-11-23
结构标题 titleArchitecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane
关键词 keywords;NPC, Transport, WD repeat, Autocatalytic cleavage, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Phosphoprotein, RNA-binding, Translocation, PROTEIN TRANSPORT, HYDROLASE ;; PROTEIN TRANSPORT, HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier79.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron81.80
零角强度 I(0) i01441910000.00
分子量 molecular_weight319910.0 kDa
排除体积 excluded_volume400900 ų
包络体积 envelope_volume641110 ų
水化壳体积 shell_volume81323 ų
包络直径 envelope_diameter295.6
壳层 Rg shell_rg54.31
包络 Rg envelope_rg82.56
形状 Rg shape_rg81.82
总 Rg total_rg81.10
总原子数 total_atoms22562
残基数 n_residues2814
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax220.9
Rg (实空间) rg_real73.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.61
I(0) (实空间) i0_real1.3880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal74.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1420000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8667
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.2
偏度 Skewness skewness0.428
峰度 Kurtosis kurtosis-0.694
角度范围 angular_range— – 0.1000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0924
最高正则化参数 α highest_alpha26720000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.005; Oscil: 0.846; Stabil: 0.975; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.050

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3bg0A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3bg0B01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id3bg0B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690
结构域编号 domain_id3bg0C01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id3bg0C03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690
结构域编号 domain_id3bg0D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3bg0E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3bg0F01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id3bg0F03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690
结构域编号 domain_id3bg0G01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id3bg0G03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690
结构域编号 domain_id3bg0H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)