3c98

Revised structure of the munc18a-syntaxin1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 1

Rattus norvegicus

UniProt P61765

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–594 未记录 Syntaxin-1A × 1 (P32851) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;294 K;PEG400, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, EDTA, 2-mercaptoethanol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 2.60 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STXB1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–606; UniProt 1–594

Syntaxin-1A

Rattus norvegicus

UniProt P32851

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–267 未记录 Syntaxin-binding protein 1 × 1 (P61765) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;294 K;PEG400, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, EDTA, 2-mercaptoethanol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 2.60 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、72 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STX1A_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 13–279; UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3c98

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3c98
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3c98
沉积日期 deposition_date2008-02-15
结构标题 titleRevised structure of the munc18a-syntaxin1 complex
关键词 keywords;protein complex, Alternative splicing, Cytoplasm, Membrane, Phosphoprotein, Protein transport, Transport, Coiled coil, Neurotransmitter transport, Transmembrane, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX ;; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.98
零角强度 I(0) i0131362000.00
分子量 molecular_weight90254.0 kDa
排除体积 excluded_volume113000 ų
包络体积 envelope_volume149830 ų
水化壳体积 shell_volume40255 ų
包络直径 envelope_diameter110.7
壳层 Rg shell_rg37.93
包络 Rg envelope_rg31.07
形状 Rg shape_rg30.97
总 Rg total_rg31.64
总原子数 total_atoms6327
残基数 n_residues786
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.8
Rg (实空间) rg_real31.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real1.3140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal131400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9006
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.0
偏度 Skewness skewness0.268
峰度 Kurtosis kurtosis-0.457
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha43300000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.938

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3c98a_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.25 — Sec1/munc18-like (SM) proteins
超家族 Superfamily superfamilye.25.1 — Sec1/munc18-like (SM) proteins
家族 Family familye.25.1.1 — Sec1/munc18-like (SM) proteins
结构域编号 domain_idd3c98b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.47 — STAT-like
超家族 Superfamily superfamilya.47.2 — t-snare proteins
家族 Family familya.47.2.1 — t-snare proteins

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3c98A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1
结构域编号 domain_id3c98A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2
结构域编号 domain_id3c98A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a
结构域编号 domain_id3c98A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60
结构域编号 domain_id3c98B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)