3e83

Crystal Structure of the the open NaK channel pore

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–110 片段:transmembrane domain, residues 19-110 CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;100mM Hepes, 55-70% (4S)-2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 500mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–110 片段:transmembrane domain, residues 19-110 CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;100mM Hepes, 55-70% (4S)-2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 500mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–92; UniProt 19–110 作者链 B; PDB构建体 1–92; UniProt 19–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3e83

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3e83
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3e83
沉积日期 deposition_date2008-08-19
结构标题 titleCrystal Structure of the the open NaK channel pore
关键词 keywordsnon-selective cation channel, membrane protein, tetrameric cation channel family, 2-transmembrane helix channels, Ionic channel; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.86
零角强度 I(0) i05396710.00
分子量 molecular_weight20868.0 kDa
排除体积 excluded_volume27462 ų
包络体积 envelope_volume37655 ų
水化壳体积 shell_volume12791 ų
包络直径 envelope_diameter113.8
壳层 Rg shell_rg30.40
包络 Rg envelope_rg29.63
形状 Rg shape_rg28.85
总 Rg total_rg29.15
总原子数 total_atoms1465
残基数 n_residues187
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.3
Rg (实空间) rg_real28.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42
I(0) (实空间) i0_real5.3970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5640e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5396000.0000
解质量估计 total_estimate0.6865
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.8
偏度 Skewness skewness0.700
峰度 Kurtosis kurtosis-0.165
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha269600.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.305; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.049; Smooth: 0.955

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3e83A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id3e83B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)