3fds

Structural insight into recruitment of translesion DNA polymerase Dpo4 to sliding clamp PCNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） 1,2-ETHANEDIOL × 26 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 3 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO42_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

DNA polymerase sliding clamp B

Sulfolobus solfataricus

UniProt P57766

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase IV × 1 （Q97W02） DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） 1,2-ETHANEDIOL × 26 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 3 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA2_SULSO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

DNA polymerase sliding clamp C

Sulfolobus solfataricus

UniProt Q97Z84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase IV × 1 （Q97W02） DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） 1,2-ETHANEDIOL × 26 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 3 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA3_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–245； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fds
沉积日期 deposition_date	2008-11-26
结构标题 title	Structural insight into recruitment of translesion DNA polymerase Dpo4 to sliding clamp PCNA
关键词 keywords	;Protein-protein complex, DNA damage, DNA repair, DNA replication, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Magnesium, Metal-binding, Mutator protein, Nucleotidyltransferase, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fds__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fds__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fds__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.75 Å
Rg（电子密度）	35.32 Å
总 Rg	35.67 Å
原子数	6812
残基数	842
排除体积	123460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3fds__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase IV
分子量 formula_weight	40257.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7313

MIVLFVDFDYFYAQVEEVLNPSLKGKPVVVCVFSGRFEDSGAVATANYEARKFGVKAGIPIVEAKKILPNAVYLPMRKEVYQQVSSRIMNLLREYSEKIEIASIDEAYLDISDKVRDYREAYNLGLEIKNKILEKEKITVTVGISKNKVFAKIAADMAKPNGIKVIDDEEVKRLIRELDIADVPGIGNITAEKLKKLGINKLVDTLSIEFDKLKGMIGEAKAKYLISLARDEYNEPIRTRVRKSIGRIVTMKRNSRNLEEIKPYLFRAIEESYYKLDKRIPKAIHVVAVTEDLDIVSRGRTFPHGISKETAYSESVKLLQKILEEDERKIRRIGVRFSKFIEAIGLDKFFDT

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp B
分子量 formula_weight	27521.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVKIVYPNAKDFFSFINSITNVTDSIILNFTEDGIFSRHLTEDKVLMAIMRIPKDVLSEYSIDSPTSVKLDVSSVKKILSKASSKKATIELTETDSGLKIIIRDEKSGAKSTIYIKAEKGQVEQLTEPKVNLAVNFTTDESVLNVIAADVTLVGEEMRISTEEDKIKIEAGEEGKRYVAFLMKDKPLKELSIDTSASSSYSAEMFKDAVKGLRGFSAPTMVSFGENLPMKIDVEAVSGGHMIFWIAPRL

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp C
分子量 formula_weight	27477.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MMKAKVIDAVSFSYILRTVGDFLSEANFIVTKEGIRVSGIDPSRVVFLDIFLPSSYFEGFEVSQEKEIIGFKLEDVNDILKRVLKDDTLILSSNESKLTLTFDGEFTRSFELPLIQVESTQPPSVNLEFPFKAQLLTITFADIIDELSDLGEVLNIHSKENKLYFEVIGDLSTAKVELSTDNGTLLEASGADVSSSYGMEYVANTTKMRRASDSMELYFGSQIPLKLRFKLPQEGYGDFYIAPRA

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	317

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3fdsa1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.7 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3fdsa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.240 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
超家族 Superfamily superfamily	d.240.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
家族 Family family	d.240.1.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain

结构域编号 domain_id	d3fdsd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3fdsd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3fdsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	3fdsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3fdsA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3fdsA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

结构域编号 domain_id	3fdsC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3fdsD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	65.986 Å
晶胞边长 b length_b	86.414 Å
晶胞边长 c length_c	97.582 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.880 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2400

Structural insight into recruitment of translesion DNA polymerase Dpo4 to sliding clamp PCNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fds__assembly_1__model_1

3fds__assembly_1__model_1 | I(q)

3fds__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)