3gmh

Crystal Structure of the Mad2 Dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 B； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 C； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 D； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 E； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 F； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 G； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 H； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 I； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 J； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 K； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205 作者链 L； PDB构建体 13–207； UniProt 11–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gmh
沉积日期 deposition_date	2009-03-13
结构标题 title	Crystal Structure of the Mad2 Dimer
关键词 keywords	CELL CYCLE, MITOTIC SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT, Cell division, Mitosis, Nucleus; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gmh__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gmh__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gmh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.25 Å
Rg（电子密度）	23.36 Å
总 Rg	24.32 Å
原子数	3033
残基数	373
排除体积	54691 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gmh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gmh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gmh__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gmh__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3gmh__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3gmh__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3gmhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	3gmhL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

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晶胞边长 a length_a	124.829 Å
晶胞边长 b length_b	104.918 Å
晶胞边长 c length_c	157.746 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.950 Å
最低分辨率 resolution_low	49.735 Å
R 因子 r_factor	0.2199
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2505

描述 description	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
分子量 formula_weight	23824.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	18301

Crystal Structure of the Mad2 Dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gmh__assembly_4__model_1

3gmh__assembly_4__model_1 | I(q)

3gmh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Crystal Structure of the Mad2 Dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gmh__assembly_4__model_1

3gmh__assembly_4__model_1 | I(q)

3gmh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)