3gqf

Structural and Biophysical Properties of the Pathogenic SOD1 Variant H46R/H48Q

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

Homo sapiens

UniProt P00441

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–154 链 B; UniProt 2–154 突变:H46R, H48Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;297 K;20% polyethylene glycol 1000, imidazole pH 8.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–154 链 D; UniProt 2–154 突变:H46R, H48Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;297 K;20% polyethylene glycol 1000, imidazole pH 8.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.20 Å R-free 0.242
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–154 链 F; UniProt 2–154 突变:H46R, H48Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;297 K;20% polyethylene glycol 1000, imidazole pH 8.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.20 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 153 个其他 PDB 条目、373 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SODC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 B; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 C; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 D; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 E; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 F; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3gqf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3gqf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3gqf
沉积日期 deposition_date2009-03-24
结构标题 titleStructural and Biophysical Properties of the Pathogenic SOD1 Variant H46R/H48Q
关键词 keywords;HUMAN CU-ZN SUPEROXIDE DISMUTASE, SUPEROXIDE ACCEPTOR, FAMILIAL AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS MUTANT, Acetylation, Amyotrophic lateral sclerosis, Antioxidant, Copper, Cytoplasm, Disease mutation, Disulfide bond, Metal-binding, Oxidoreductase, Phosphoprotein, Ubl conjugation, Zinc ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.29
零角强度 I(0) i0155395000.00
分子量 molecular_weight95450.0 kDa
排除体积 excluded_volume116800 ų
包络体积 envelope_volume180530 ų
水化壳体积 shell_volume34563 ų
包络直径 envelope_diameter156.3
壳层 Rg shell_rg47.07
包络 Rg envelope_rg44.72
形状 Rg shape_rg46.29
总 Rg total_rg46.32
总原子数 total_atoms6671
残基数 n_residues918
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.8
Rg (实空间) rg_real46.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54
I(0) (实空间) i0_real1.5540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal155300000.0000
解质量估计 total_estimate0.5032
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.941
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5738000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.472; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.378; Smooth: 0.397

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3gqfa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd3gqfb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd3gqfc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd3gqfd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd3gqfe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd3gqff_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3gqfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id3gqfB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id3gqfC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id3gqfD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id3gqfE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id3gqfF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)