SAXSdb — 3hm5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA methyltransferase 1-associated protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 121–212	片段：SANT domain, UNP residues 121-212	CA CALCIUM ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；20% PEG3350, 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HM5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IEJ Crystal structure of a DNA methyltransferase 1 associated protein 1 (DMAP1) from Homo sapiens at 1.45 A resolution 提交 2012-12-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 121–212（92 aa）片段：SANT domain containing residues 121-212	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.20M calcium chloride 20.00% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.226
8QR1 Cryo-EM structure of the human Tip60 complex 提交 2023-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 F 1–467（467 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8X15 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the apo state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 V 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8X19 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 V 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8X1C Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-bound state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 V 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8XVG Structure of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 G 1–467（467 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.40 Å
8XVT The core subcomplex of human NuA4/TIP60 complex 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 G 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9C57 Reconstituted P400 Subcomplex of the human TIP60 complex 提交 2024-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 I 1–467（467 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
9C62 P400 subcomplex of the native human TIP60 complex 提交 2024-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 I 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.28 Å
9C6N ARP module of the human TIP60 complex 提交 2024-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 1–467（467 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9CAC Cryo-EM structure of the RuvBL lobe of the native human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 N 1–467（467 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
9CAE Cryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TIP60 complex (composite structure) 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 N 1–467（467 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 8 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–93； UniProt 121–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hm5
沉积日期 deposition_date	2009-05-28
结构标题 title	SANT domain of human DNA methyltransferase 1 associated protein 1
关键词 keywords	;DNA methylation, chromatin, Structural Genomics Consortium, SGC, Activator, Chromatin regulator, Coiled coil, Growth regulation, Nucleus, Phosphoprotein, Repressor, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA methyltransferase 1-associated protein 1
分子量 formula_weight	11216.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	687

GGKDYPFARFNKTVQVPVYSEQEYQLYLHDDAWTKAETDHLFDLSRRFDLRFVVIHDRYDHQQFKKRSVEDLKERYYHICAKLANVRAVPGTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3hm5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.523 Å
晶胞边长 b length_b	36.523 Å
晶胞边长 c length_c	230.506 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.905 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2750

SANT domain of human DNA methyltransferase 1 associated protein 1