3j1o

Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 155.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–131	突变：T16G, M17S	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0D3YMY9_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32569

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 197–616 链 I； UniProt 669–687	片段：SEE REMARK 999	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 109–616（508 aa）链 B 669–687（19 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 I 109–616（508 aa）链 I 669–687（19 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 109–616（508 aa）链 P 669–687（19 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–687（687 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–687（687 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4H62 Structure of the Saccharomyces cerevisiae Mediator subcomplex Med17C/Med11C/Med22C 提交 2012-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 377–687（311 aa）片段：C-terminal region (Unp residues 377-687)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 4 M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 W 1–687（687 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 d 1–687（687 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 P 1–687（687 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 q 1–687（687 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 q 1–687（687 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 q 1–687（687 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 Aq 1–687（687 aa）链 Bq 1–687（687 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED17_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–420； UniProt 197–616 作者链 I； PDB构建体 466–484； UniProt 669–687

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38304

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–223	未记录	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 J 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 K 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 L 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 J 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 K 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 L 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 K 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 L 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209 链 L 189–209（21 aa）片段：C-terminal domain, residues 189-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–223（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 J 1–223（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 Q 1–223（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 U 2–223（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 b 1–223（223 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 N 1–223（223 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 h 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 h 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 h 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 Ah 1–223（223 aa）链 Bh 1–223（223 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

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UniProt名称	MED8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32570

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–121	未记录	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 D 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 H 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 L 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 P 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 17 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 T 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 18 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 X 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 19 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 D 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 F 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 H 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 J 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 L 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 N 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 P 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 R 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 T 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 V 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89 链 X 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–89（88 aa）片段：Residues 2-89	突变：M27I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–121（121 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–121（121 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 R 1–121（121 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4H62 Structure of the Saccharomyces cerevisiae Mediator subcomplex Med17C/Med11C/Med22C 提交 2012-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 96–121（26 aa）片段：C-terminal region (Unp residues 96-121)	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 4 M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 Z 2–121（120 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 g 1–121（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 S 1–121（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 v 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 v 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 v 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 Av 1–120（120 aa）链 Bv 1–120（120 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 g 1–121（121 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED22_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32585

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–108 链 L； UniProt 141–307	未记录	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 D 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 F 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 D 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 F 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 F 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–307（306 aa）片段：residues 2-307 链 H 2–307（306 aa）片段：residues 2-307	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–108（108 aa）链 E 141–307（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 1–108（108 aa）链 L 141–307（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 S 1–108（108 aa）链 S 141–307（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–307（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–307（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 X 1–307（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 e 1–307（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 Q 1–307（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 r 1–307（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 r 1–307（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 r 1–307（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 Ar 1–307（307 aa）链 Br 1–307（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 12 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED18_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 L； PDB构建体 109–275； UniProt 141–307

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P34162

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–210	未记录	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZM Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20 提交 2006-08-09	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris, 1.8 M Na/K phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–210（209 aa）链 C 2–210（209 aa）链 E 2–210（209 aa）链 G 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–210（209 aa）链 C 2–210（209 aa）链 E 2–210（209 aa）链 G 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–210（209 aa）链 E 2–210（209 aa）链 G 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2HZS Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 提交 2006-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 G 2–210（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–210（210 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 M 1–210（210 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 T 1–210（210 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 Y 2–210（209 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 f 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 R 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 t 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 t 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 t 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 At 1–210（210 aa）链 Bt 1–210（210 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 f 1–210（210 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38782

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 166–190	未记录	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3J1O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–295（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–295（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 U 1–295（295 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–295（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–295（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K	分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 S 1–295（295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 a 1–295（295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 M 1–295（295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 f 1–295（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 f 1–295（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 f 1–295（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 Af 1–295（295 aa）链 Bf 1–295（295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–25； UniProt 166–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j1o
沉积日期 deposition_date	2012-03-29
结构标题 title	Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module
关键词 keywords	RNA polymerase II, mediator head module, preinitiation complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.10 Å
零角强度 I(0) i0	137316000.00
分子量 molecular_weight	77763.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89544 Å³
包络体积 envelope_volume	201020 Å³
水化壳体积 shell_volume	39078 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.25 Å
包络 Rg envelope_rg	46.10 Å
形状 Rg shape_rg	48.09 Å
总 Rg total_rg	47.96 Å
总原子数 total_atoms	5560
残基数 n_residues	1120
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8320
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.776
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.440

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
分子量 formula_weight	15100.1 kDa
突变 mutation	T16G, M17S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	5560

MQVLNTKSETKQENEGSQPPYIQERLKSLNDIETQLCSMLQEASQVTFIFGELKRGNESVKPQFENHVKQFYERLDKSTTQLRKEIQLLDENVGTRLLPINVNKKALGQDTEKMEEQLDLLSAILDPSKSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
分子量 formula_weight	54893.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QEQFVKRRRDMLEHINLAMNESSLALEFVSLLLSSVKESTGMSSMSPFLRKVVKPSSLNSDKIPYVAPTKKEYIELDILNKGWKLQSLNESKDLLRASFNKLSSILQNEHDYWNKIMQSISNKDVIFKIRDRTSGQKLLAIKYGYEDSGSTYKHDRGIANIRNNIESQNLDLIPHSSSVFKGTDFVHSVKKFLRVRIFTKIESEDDYILSGESVMDRDSESEEAETKDIRKQIQLLKKIIFEKELMYQIKKECALLISYGVSIENENKVIIELPNEKFEIELLSLDDDSIVNHEQDLPKINDKRANLMLVMLRLLLVVIFKKTLRSRISSPHGLINLNVDDDILIIRPILGKVRFANYKLLLKKIIKDYVLDIVPGSSITETEVEREQPQENKNIDDENITKLNKEIRAFDKLLNIPRREXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEVEDFLHFIVAEYIQQKKV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
分子量 formula_weight	25297.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MSQSTASLVPEGNQGSLQEDVSFDFNGVPGQALDAVRMRLAQLTHSLRRIRDEMSKAELPQWYTLQSQLNVTLSQLVSVTSTLQHFQETLDSTVVYPLPKFPTTSHESLVTTLLRKKNIPEVDEWMKYVRETSGVTTALLKDEEIEKLLQQDREITNWARTTFRNEYGKHDFKNEESLSEEHASLLVRDSKPSKPFNVDDVLKFTFTGEKPIITGSTSTSSSN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
分子量 formula_weight	13875.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSNQALYEKLEQTRTILSVKLAELINMTTIADRNDDDEGSFAQENSELAVATTSVMMVNNQTMQLIKNVQDLLILTRSIKEKWLLNQIPVTEHSKVTRFDEKQIEELLDNCIETFVAEKTT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
分子量 formula_weight	30659.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MVQQLSLFGSIGDDGYDLLISTLTTISGNPPLLYNSLCTVWKPNPSYDVENVNSRNQLVEPNRIKLSKEVPFSYLIDETMMDKPLNFRILKSFTNDKIPLNYAMTRNINSDDIIDVDMDASPAPSNESCSPWSLQISDIPAAGNNRSVSMQTIAETIILSSAGKNSSVSSLMNGLGYVFEFQYLTIGVKFFMKHGLILELQKIWQIEEAGNSQITSGGFLLKAYINVSRGTDIDRINYTETALMNLKKELQGYIELSVPDRQSMDSRVAHGNILI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
分子量 formula_weight	22918.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MGKSAVIFVERATPATLTELKDALSNSILSVRDPWSIDFRTYRCSIKNLPADVSKLMYSITFHHHGRQTVLIKDNSAMVTTAAAADIPPALVFNGSSTGVPESIDTILSSKLSNIWMQRQLIKGDAGETLILDGLTVRLVNLFSSTGFKGLLIELQADEAGEFETKIAGIEGHLAEIRAKEYKTSSDSLGPDTSNEICDLAYQYVRALEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
分子量 formula_weight	2949.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

IFKIVQSRLMSTSYHLNSTLESLYD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	51000

fit	/app/data/saxs_computation/j1/3j1o/3j1o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/3j1o/3j1o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/3j1o/3j1o.dat

Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)