3j1o

Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0D3YMY9_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32569

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED17_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–420； UniProt 197–616 作者链 I； PDB构建体 466–484； UniProt 669–687

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38304

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MED8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32570

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MED22_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32585

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED18_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 L； PDB构建体 109–275； UniProt 141–307

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P34162

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （P38782）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MED20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38782

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （A0A0D3YMY9） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P32569） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （P38304） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （P32570） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （P32585） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 × 1 （P34162）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–25； UniProt 166–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j1o
沉积日期 deposition_date	2012-03-29
结构标题 title	Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module
关键词 keywords	RNA polymerase II, mediator head module, preinitiation complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j1o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j1o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j1o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.60 Å
Rg（电子密度）	48.10 Å
总 Rg	47.96 Å
原子数	5560
残基数	1120
排除体积	89544 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j1o__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
分子量 formula_weight	15100.1 kDa
突变 mutation	T16G, M17S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	5560

MQVLNTKSETKQENEGSQPPYIQERLKSLNDIETQLCSMLQEASQVTFIFGELKRGNESVKPQFENHVKQFYERLDKSTTQLRKEIQLLDENVGTRLLPINVNKKALGQDTEKMEEQLDLLSAILDPSKSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
分子量 formula_weight	54893.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QEQFVKRRRDMLEHINLAMNESSLALEFVSLLLSSVKESTGMSSMSPFLRKVVKPSSLNSDKIPYVAPTKKEYIELDILNKGWKLQSLNESKDLLRASFNKLSSILQNEHDYWNKIMQSISNKDVIFKIRDRTSGQKLLAIKYGYEDSGSTYKHDRGIANIRNNIESQNLDLIPHSSSVFKGTDFVHSVKKFLRVRIFTKIESEDDYILSGESVMDRDSESEEAETKDIRKQIQLLKKIIFEKELMYQIKKECALLISYGVSIENENKVIIELPNEKFEIELLSLDDDSIVNHEQDLPKINDKRANLMLVMLRLLLVVIFKKTLRSRISSPHGLINLNVDDDILIIRPILGKVRFANYKLLLKKIIKDYVLDIVPGSSITETEVEREQPQENKNIDDENITKLNKEIRAFDKLLNIPRREXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEVEDFLHFIVAEYIQQKKV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
分子量 formula_weight	25297.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MSQSTASLVPEGNQGSLQEDVSFDFNGVPGQALDAVRMRLAQLTHSLRRIRDEMSKAELPQWYTLQSQLNVTLSQLVSVTSTLQHFQETLDSTVVYPLPKFPTTSHESLVTTLLRKKNIPEVDEWMKYVRETSGVTTALLKDEEIEKLLQQDREITNWARTTFRNEYGKHDFKNEESLSEEHASLLVRDSKPSKPFNVDDVLKFTFTGEKPIITGSTSTSSSN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
分子量 formula_weight	13875.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSNQALYEKLEQTRTILSVKLAELINMTTIADRNDDDEGSFAQENSELAVATTSVMMVNNQTMQLIKNVQDLLILTRSIKEKWLLNQIPVTEHSKVTRFDEKQIEELLDNCIETFVAEKTT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
分子量 formula_weight	30659.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MVQQLSLFGSIGDDGYDLLISTLTTISGNPPLLYNSLCTVWKPNPSYDVENVNSRNQLVEPNRIKLSKEVPFSYLIDETMMDKPLNFRILKSFTNDKIPLNYAMTRNINSDDIIDVDMDASPAPSNESCSPWSLQISDIPAAGNNRSVSMQTIAETIILSSAGKNSSVSSLMNGLGYVFEFQYLTIGVKFFMKHGLILELQKIWQIEEAGNSQITSGGFLLKAYINVSRGTDIDRINYTETALMNLKKELQGYIELSVPDRQSMDSRVAHGNILI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
分子量 formula_weight	22918.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MGKSAVIFVERATPATLTELKDALSNSILSVRDPWSIDFRTYRCSIKNLPADVSKLMYSITFHHHGRQTVLIKDNSAMVTTAAAADIPPALVFNGSSTGVPESIDTILSSKLSNIWMQRQLIKGDAGETLILDGLTVRLVNLFSSTGFKGLLIELQADEAGEFETKIAGIEGHLAEIRAKEYKTSSDSLGPDTSNEICDLAYQYVRALEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
分子量 formula_weight	2949.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

IFKIVQSRLMSTSYHLNSTLESLYD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	51000

Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j1o__assembly_1__model_1

3j1o__assembly_1__model_1 | I(q)

3j1o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source