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3j47

Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 95.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN11

物种未注明

UniProt P43588

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 V； UniProt 230–298 片段：last three C-terminal helices (UNP residues 230-298) 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 1–306（306 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–239（238 aa） 片段：UNP residues 2-239
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–239（238 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–220（220 aa） 片段：UNP residues 1-220
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–229（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–219（218 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 2–219（218 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–222（222 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8
分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6EF3 Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state) 提交 2018-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 r 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；specimens were manually blotted with Whatman #1 filter paper
分辨率 4.17 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 18–306（289 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 V 1–306（306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

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UniProt名称 RPN11_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 V； PDB构建体 1–69； UniProt 230–298

26S proteasome regulatory subunit RPN8

物种未注明

UniProt Q08723

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 188–308 片段：last three C-terminal helices (UNP residues 188-308) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

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其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 E 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–178（177 aa） 片段：UNP residues 2-178
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–178（177 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K
分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–186（186 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–177（177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–177（177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8
分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–304（304 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 U 1–338（338 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN8_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–121； UniProt 188–308

26S proteasome regulatory subunit RPN9

物种未注明

UniProt Q04062

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 O； UniProt 360–387 片段：C-terminal helix (UNP residues 360-387) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MQW Solution structure of a proteasome related subunit N terminal domain 提交 2014-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–160（160 aa） 片段：N terminal domain, UNP RESIDUES 1-160
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）210；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Protein-4, 50 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MR3 A subunit of 26S proteasome lid complex 提交 2014-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-393
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 100 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium phosphate-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Protein-4, 100 mM sodium chloride-5, 50 mM sodium phosphate-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MRI Solution structure of a proteasome related subunit C terminal domain 提交 2014-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 181–356（176 aa） 片段：UNP RESIDUES 181-356
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C, U-100% 15N] Protein-1, 20mM TRIS-2, 50mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 1–393（393 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 6–393（388 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 O 1–393（393 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 32 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN9_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–28； UniProt 360–387

26S proteasome regulatory subunit RPN5

物种未注明

UniProt Q12250

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 409–442 片段：C-terminal helix (UNP residues 409-442) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–445（445 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5ZMR Solution Structure of the N-terminal Domain of the Yeast Rpn5 提交 2018-04-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–136（136 aa） 片段：N terminal domain, residues 1-136
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer, 50 mM Na2SO4；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] 26S proteasome regulatory subunit Rpn5, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 0.1 mg/mL DSS, 1 mM DTT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 2 % v/v trifluoroethanol, 5 % w/v sucrose, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–440（440 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 P 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 29 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN5_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–34； UniProt 409–442

26S proteasome regulatory subunit RPN6

物种未注明

UniProt Q12377

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 Q； UniProt 407–431 片段：C-terminal helix (UNP residues 407-431) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–434（434 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 Q 1–434（434 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN6_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–25； UniProt 407–431

26S proteasome regulatory subunit RPN7

物种未注明

UniProt Q06103

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 R； UniProt 397–422 片段：C-terminal helix (UNP residues 397-422) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–429（429 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 20–424（405 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 R 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN7_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–26； UniProt 397–422

26S proteasome regulatory subunit RPN3

物种未注明

UniProt P40016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 455–478 片段：C-terminal helix (UNP residues 455-478) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 131–523（393 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 18–492（475 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 S 1–523（523 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN3_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–24； UniProt 455–478

26S proteasome regulatory subunit RPN12

物种未注明

UniProt P32496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 256–272 片段：C-terminal helix (UNP residues 256-272) 26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3J47 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 1–274（274 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 7–272（266 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 T 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPN12_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–17； UniProt 256–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3j47

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3j47
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3j47
沉积日期 deposition_date2013-06-27
结构标题 titleFormation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid
关键词 keywordsalpha helix bundle, hybrid method, flexible fitting, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.61 Å
零角强度 I(0) i021210300.00
分子量 molecular_weight35525.0 kDa
排除体积 excluded_volume44769 ų
包络体积 envelope_volume55038 ų
水化壳体积 shell_volume20524 ų
包络直径 envelope_diameter96.9 Å
壳层 Rg shell_rg29.04 Å
包络 Rg envelope_rg25.17 Å
形状 Rg shape_rg24.60 Å
总 Rg total_rg25.20 Å
总原子数 total_atoms2498
残基数 n_residues308
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.8 Å
Rg (实空间) rg_real25.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21210000.0000
解质量估计 total_estimate0.7252
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8 Å
偏度 Skewness skewness0.662
峰度 Kurtosis kurtosis-0.018
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5792000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.402; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.238; Smooth: 0.978
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)