3j47

Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN11

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–69； UniProt 230–298

26S proteasome regulatory subunit RPN8

物种未注明

UniProt Q08723

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–121； UniProt 188–308

26S proteasome regulatory subunit RPN9

物种未注明

UniProt Q04062

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–28； UniProt 360–387

26S proteasome regulatory subunit RPN5

物种未注明

UniProt Q12250

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–34； UniProt 409–442

26S proteasome regulatory subunit RPN6

物种未注明

UniProt Q12377

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–25； UniProt 407–431

26S proteasome regulatory subunit RPN7

物种未注明

UniProt Q06103

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–26； UniProt 397–422

26S proteasome regulatory subunit RPN3

物种未注明

UniProt P40016

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–24； UniProt 455–478

26S proteasome regulatory subunit RPN12

物种未注明

UniProt P32496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	26S proteasome regulatory subunit RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPN12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–17； UniProt 256–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j47
沉积日期 deposition_date	2013-06-27
结构标题 title	Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid
关键词 keywords	alpha helix bundle, hybrid method, flexible fitting, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j47__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j47__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.66 Å
Rg（电子密度）	24.61 Å
总 Rg	25.20 Å
原子数	2498
残基数	308
排除体积	44769 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j47__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN11
分子量 formula_weight	8013.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	2498

YEEKEESNLAATKSMVKIAEQYSKRIEEEKELTEEELKTRYVGRQDPKKHLSETADETLENNIVSVLTA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN8
分子量 formula_weight	13965.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

IRLTNQLKSLKGLQSKLKDVVEYLDKVINKELPINHTILGKLQDVFNLLPNLGTPDDDEIDVENHDRINISNNLQKALTVKTNDELMVIYISNLVRSIIAFDDLIENKIQNKKIQEQRVKD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN9
分子量 formula_weight	3353.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

GDQITKMKDRLVEWNDQVEKLGKKMEAR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN5
分子量 formula_weight	3984.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

SQLLNEWSHNVDELLEHIETIGHLITKEEIMHGL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN6
分子量 formula_weight	2741.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

ATYDSALELVGQLNKVVDQLFEKAS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN7
分子量 formula_weight	2890.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

NAQYHLLVKQGDGLLTKLQKYGAAVR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN3
分子量 formula_weight	2924.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

EDPQQVFDERIKFANQLHDEYLVS

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN12
分子量 formula_weight	1955.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

KTNIIEKAMDYAISIEN

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2464694

Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome regulatory subunit RPN12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j47__assembly_1__model_1

3j47__assembly_1__model_1 | I(q)

3j47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer