3jck

Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 188.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN3

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 131–523	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 S 455–478（24 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 455-478)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 18–492（475 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 S 1–523（523 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 46–438； UniProt 131–523

26S proteasome regulatory subunit RPN5

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q12250

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–445	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 P 409–442（34 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 409-442)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
5ZMR Solution Structure of the N-terminal Domain of the Yeast Rpn5 提交 2018-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）片段：N terminal domain, residues 1-136	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer, 50 mM Na2SO4；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] 26S proteasome regulatory subunit Rpn5, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 0.1 mg/mL DSS, 1 mM DTT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 2 % v/v trifluoroethanol, 5 % w/v sucrose, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–440（440 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 P 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

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UniProt名称	RPN5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

26S proteasome regulatory subunit RPN6

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q12377

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–434	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Q 407–431（25 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 407-431)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Q 1–434（434 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

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UniProt名称	RPN6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

26S proteasome regulatory subunit RPN7

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q06103

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–429	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 R 397–422（26 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 397-422)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 20–424（405 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 R 1–429（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429

26S proteasome regulatory subunit RPN8

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q08723

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–338	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 U 188–308（121 aa）片段：last three C-terminal helices (UNP residues 188-308)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–178（177 aa）片段：UNP residues 2-178	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–178（177 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–186（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–338（338 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8	分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–304（304 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 U 1–338（338 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

26S proteasome regulatory subunit RPN9

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q04062

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–393	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MQW Solution structure of a proteasome related subunit N terminal domain 提交 2014-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–160（160 aa）片段：N terminal domain, UNP RESIDUES 1-160	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）210；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Protein-4, 50 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MR3 A subunit of 26S proteasome lid complex 提交 2014-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–393（393 aa）片段：UNP RESIDUES 1-393	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 100 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium phosphate-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Protein-4, 100 mM sodium chloride-5, 50 mM sodium phosphate-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MRI Solution structure of a proteasome related subunit C terminal domain 提交 2014-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–356（176 aa）片段：UNP RESIDUES 181-356	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C, U-100% 15N] Protein-1, 20mM TRIS-2, 50mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 O 360–387（28 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 360-387)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 6–393（388 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 O 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 32 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P43588

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–306	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 V 230–298（69 aa）片段：last three C-terminal helices (UNP residues 230-298)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
4O8X Zinc-bound Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–239（238 aa）片段：UNP residues 2-239	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 31 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；15% PEG8000, 12% ethylene glycol and 100 mM HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.99 Å R-free 0.195
4O8Y Zinc-free Rpn11 in complex with Rpn8 提交 2013-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–239（238 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG8000, 30% ethylene glycol, and 100 mM HEPES (pH7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCL Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ia 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCM Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.262
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OCN Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–220（220 aa）片段：UNP residues 1-220	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS；pH 6；291 K；50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.281
4OWP Crystal structure of rpn11 in a heterodimer complex with rpn8, representing the active portion of the proteasome lid. 提交 2014-02-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–229（228 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 5000, 5% Tacsimate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.242
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–219（218 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–219（218 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5W83 Rpn8/Rpn11 dimer complex 提交 2017-06-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1.5 M ammonium tartrate pH 6.8	分辨率 1.55 Å R-free 0.234
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6EF3 Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state) 提交 2018-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 r 1–306（306 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；specimens were manually blotted with Whatman #1 filter paper	分辨率 4.17 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 18–306（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 V 1–306（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–306； UniProt 1–306

26S proteasome regulatory subunit RPN12

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P32496

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–274	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 T 256–272（17 aa）片段：C-terminal helix (UNP residues 256-272)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.40 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 7–272（266 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 T 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPN12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–89	未记录	26S proteasome regulatory subunit RPN3 × 1 （P40016） 26S proteasome regulatory subunit RPN5 × 1 （Q12250） 26S proteasome regulatory subunit RPN6 × 1 （Q12377） 26S proteasome regulatory subunit RPN7 × 1 （Q06103） 26S proteasome regulatory subunit RPN8 × 1 （Q08723） 26S proteasome regulatory subunit RPN9 × 1 （Q04062） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 × 1 （P43588） 26S proteasome regulatory subunit RPN12 × 1 （P32496） ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3JCK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 C 30–89（60 aa）链 F 30–89（60 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000	分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.	分辨率 4.93 Å R-free 0.370
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate	分辨率 2.30 Å R-free 0.217
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7EWF Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.85 Å R-free 0.257
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.231
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 35 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jck
沉积日期 deposition_date	2015-12-20
结构标题 title	Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex
关键词 keywords	Proteasome, deubiquitinase, Rpn11, protein homeostasis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.99 Å
零角强度 I(0) i0	32656600000.00
分子量 molecular_weight	1594000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2014700 Å³
包络体积 envelope_volume	653090 Å³
水化壳体积 shell_volume	97574 Å³
包络直径 envelope_diameter	203.9 Å
壳层 Rg shell_rg	57.21 Å
包络 Rg envelope_rg	56.31 Å
形状 Rg shape_rg	55.99 Å
总 Rg total_rg	56.00 Å
总原子数 total_atoms	112280
残基数 n_residues	13885
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2660e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1720e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32640000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8648
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	93690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.645

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN3
分子量 formula_weight	49573.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	112285

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXTAEINCFMHLLVQLFLWDSKELEQLVEFNRKVVIPNLLCYYNLRSLNLINAKLWFYIYLSHETLARSSEEINSDNQNIILRSTMMKFLKIASLKHDNETKAMLINLILRDFLNNGEVDSASDFISKLEYPHTDVSSSLEARYFFYLSKINAIQLDYSTANEYIIAAIRKAPHNSKSLGFLQQSNKLHCCIQLLMGDIPELSFFHQSNMQKSLLPYYHLTKAVKLGDLKKFTSTITKYKQLLLKDDTYQLCVRLRSNVIKTGIRIISLTYKKISLRDICLKLNLDSEQTVEYMVSRAIRDGVIEAKINHEDGFIETTELLNIYDSEDPQQVFDERIKFANQLHDEYLVSMRYPEDKKTQQNEKSENGENDDDTLDGDLMDDMSDISDLDDLGFL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN5
分子量 formula_weight	51840.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSRDAPIKADKDYSQILKEEFPKIDSLAQNDCNSALDQLLVLEKKTRQASDLASSKEVLAKIVDLLASRNKWDDLNEQLTLLSKKHGQLKLSIQYMIQKVMEYLKSSKSLDLNTRISVIETIRVVTENKIFVEVERARVTKDLVEIKKEEGKIDEAADILCELQVETYGSMEMSEKIQFILEQMELSILKGDYSQATVLSRKILKKTFKNPKYESLKLEYYNLLVKISLHKREYLEVAQYLQEIYQTDAIKSDEAKWKPVLSHIVYFLVLSPYGNLQNDLIHKIQNDNNLKKLESQESLVKLFTTNELMRWPIVQKTYEPVLNEDDLAFGGEANKHHWEDLQKRVIEHNLRVISEYYSRITLLRLNELLDLTESQTETYISDLVNQGIIYAKVNRPAKIVNFEKPKNSSQLLNEWSHNVDELLEHIETIGHLITKEEIMHGLQAK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN6
分子量 formula_weight	49839.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSLPGSKLEEARRLVNEKQYNEAEQVYLSLLDKDSSQSSAAAGASVDDKRRNEQETSILELGQLYVTMGAKDKLREFIPHSTEYMMQFAKSKTVKVLKTLIEKFEQVPDSLDDQIFVCEKSIEFAKREKRVFLKHSLSIKLATLHYQKKQYKDSLALINDLLREFKKLDDKPSLVDVHLLESKVYHKLRNLAKSKASLTAARTAANSIYCPTQTVAELDLMSGILHCEDKDYKTAFSYFFESFESYHNLTTHNSYEKACQVLKYMLLSKIMLNLIDDVKNILNAKYTKETYQSRGIDAMKAVAEAYNNRSLLDFNTALKQYEKELMGDELTRSHFNALYDTLLESNLCKIIEPFECVEISHISKIIGLDTQQVEGKLSQMILDKIFYGVLDQGNGWLYVYETPNQDATYDSALELVGQLNKVVDQLFEKASVLY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN7
分子量 formula_weight	49016.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVDVEEKSQEVEYVDPTVNRVPNYEVSEKAFLLTQSKVSIEQRKEAAEFVLAKIKEEEMAPYYKYLCEEYLVNNGQSDLEHDEKSDSLNEWIKFDQELYNELCKKNESKIKELNEKIQKLEEDDEGELEQAQAWINLGEYYAQIGDKDNAEKTLGKSLSKAISTGAKIDVMLTIARLGFFYNDQLYVKEKLEAVNSMIEKGGDWERRNRYKTYYGIHCLAVRNFKEAAKLLVDSLATFTSIELTSYESIATYASVTGLFTLERTDLKSKVIDSPELLSLISTTAALQSISSLTISLYASDYASYFPYLLETYANVLIPCKYLNRHADFFVREMRRKVYAQLLESYKTLSLKSMASAFGVSVAFLDNDLGKFIPNKQLNCVIDRVNGIVETNRPDNKNAQYHLLVKQGDGLLTKLQKYGAAVRLTGSDRV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN8
分子量 formula_weight	38365.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSLQHEKVTIAPLVLLSALDHYERTQTKENKRCVGVILGDANSSTIRVTNSFALPFEEDEKNSDVWFLDHNYIENMNEMCKKINAKEKLIGWYHSGPKLRASDLKINELFKKYTQNNPLLLIVDVKQQGVGLPTDAYVAIEQVKDDGTSTEKTFLHLPCTIEAEEAEEIGVEHLLRDVRDQAAGGLSIRLTNQLKSLKGLQSKLKDVVEYLDKVINKELPINHTILGKLQDVFNLLPNLGTPDDDEIDVENHDRINISNNLQKALTVKTNDELMVIYISNLVRSIIAFDDLIENKIQNKKIQEQRVKDKQSKVSDDSESESGDKEATAPLIQRKNKKN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN9
分子量 formula_weight	45839.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MFNNHEIDTILSTLRMEADPSLHPLFEQFEKFYEEKLWFQLSESLTKFFDDAKSTPLRLRLYDNFVSKFYDKINQLSVVKYLLASLKDSKDFDESLKYLDDLKAQFQELDSKKQRNNGSKDHGDGILLIDSEIARTYLLKNDLVKARDLLDDLEKTLDKKDSIPLRITNSFYSTNSQYFKFKNDFNSFYYTSLLYLSTLEPSTSITLAERQQLAYDLSISALLGDKIYNFGELLHHPIMETIVNDSNYDWLFQLLNALTVGDFDKFDSLIKVQISKIPILAQHESFLRQKICLMTLIETVFVKNIRMLSFEDISKATHLPKDNVEHLVMRAISLGLLKGSIDQVNELVTISWVQPRIISGDQITKMKDRLVEWNDQVEKLGKKMEARGQSIWV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11
分子量 formula_weight	34442.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MERLQRLMMNSKVGSADTGRDDTKETVYISSIALLKMLKHGRAGVPMEVMGLMLGEFVDDYTVNVVDVFAMPQSGTGVSVEAVDDVFQAKMMDMLKQTGRDQMVVGWYHSHPGFGCWLSSVDVNTQKSFEQLNSRAVAVVVDPIQSVKGKVVIDAFRLIDTGALINNLEPRQTTSNTGLLNKANIQALIHGLNRHYYSLNIDYHKTAKETKMLMNLHKEQWQSGLKMYDYEEKEESNLAATKSMVKIAEQYSKRIEEEKELTEEELKTRYVGRQDPKKHLSETADETLENNIVSVLTAGVNSVAIK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	26S proteasome regulatory subunit RPN12
分子量 formula_weight	31952.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPSLAELTKSLSIAFENGDYAACEKLLPPIKIELIKNNLLIPDLSIQNDIYLNDLMITKRILEVGALASIQTFNFDSFENYFNQLKPYYFSNNHKLSESDKKSKLISLYLLNLLSQNNTTKFHSELQYLDKHIKNLEDDSLLSYPIKLDRWLMEGSYQKAWDLLQSGSQNISEFDSFTDILKSAIRDEIAKNTELSYDFLPLSNIKALLFFNNEKETEKFALERNWPIVNSKVYFNNQSKEKADYEDEMMHEEDQKTNIIEKAMDYAISIENIV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	10397.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSTDVAAAQAQSKIDLTKKKNEEINKKSLEEDDEFEDFPIDTWANGETIKSNAVTQTNIWEENWDDVEVDDDFTNELKAELDRYKRENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3jckC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 —

结构域编号 domain_id	3jckE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	109396

fit	/app/data/saxs_computation/jc/3jck/3jck.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/3jck/3jck.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jc/3jck/3jck.dat

Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

26S proteasome regulatory subunit RPN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome regulatory subunit RPN12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)