3kj6

Crystal structure of a Methylated beta2 Adrenergic Receptor-Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–365 突变:N187E Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:bicelles, vapor diffusion;pH 7;298 K;AmSO4, pH 7, bicelles, vapor diffusion, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 143 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–366; UniProt 2–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kj6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kj6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kj6
沉积日期 deposition_date2009-11-02
结构标题 titleCrystal structure of a Methylated beta2 Adrenergic Receptor-Fab complex
关键词 keywords;transmembrane helices, Cell membrane, Disulfide bond, G-protein coupled receptor, Glycoprotein, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Phosphoprotein, Polymorphism, Receptor, Transducer, Transmembrane, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.55
零角强度 I(0) i077504700.00
分子量 molecular_weight70647.0 kDa
排除体积 excluded_volume88686 ų
包络体积 envelope_volume121770 ų
水化壳体积 shell_volume32493 ų
包络直径 envelope_diameter119.8
壳层 Rg shell_rg37.08
包络 Rg envelope_rg34.37
形状 Rg shape_rg34.52
总 Rg total_rg34.86
总原子数 total_atoms4974
残基数 n_residues653
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.8
Rg (实空间) rg_real34.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.57
I(0) (实空间) i0_real7.7500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal77490000.0000
解质量估计 total_estimate0.5912
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.3
偏度 Skewness skewness0.588
峰度 Kurtosis kurtosis-0.309
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10740000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.701; Smooth: 0.824

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3kj6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id3kj6H01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3kj6H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3kj6L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3kj6L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)