3kjq

Caspase 8 with covalent inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 211–374 链 B； UniProt 385–479	未记录	B94 (3S)-3-({[(5S,8R)-2-(3-carboxypropyl)-8-(2-{[(4-chlorophenyl)acetyl]amino}ethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；277 K；2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well solution (1.0-1.1 M Citrate, 50 mM HEPES or PIPES pH 6.5, 25 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KJQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 222–374（153 aa）链 B 390–478（89 aa）链 C 222–374（153 aa）链 D 390–478（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 222–374（153 aa）链 F 390–478（89 aa）链 G 222–374（153 aa）链 H 390–478（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1F9E CASPASE-8 SPECIFICITY PROBED AT SUBSITE S4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8-Z-DEVD-CHO 提交 2000-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 222–374（153 aa）链 J 390–478（89 aa）链 K 222–374（153 aa）链 L 390–478（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1-propanol, sodium citrate, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 222–479（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 222–479（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 222–374（153 aa）链 B 390–477（88 aa）链 C 222–374（153 aa）链 D 390–477（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 222–374（153 aa）链 F 390–477（88 aa）链 G 222–374（153 aa）链 H 390–477（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QDU CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK 提交 1999-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 222–374（153 aa）链 J 390–477（88 aa）链 K 222–374（153 aa）链 L 390–477（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；300mM ammonium phosphate, 27% (w/v) isopropanol, 100mM sodium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1QTN CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TETRAPEPTIDE INHIBITOR ACE-IETD-ALDEHYDE 提交 1999-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 223–374（152 aa）片段：P18 FRAGMENT 链 B 390–479（90 aa）片段：P11 FRAGMENT	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；282 K；3 MICROLITERS PROTEIN (8.4 MG/ ML IN 20 MM TRISHCL, 100MM DTT AT PH 8.0) MIXED WITH 3 MICROLITERS WELL BUFFER (1.4 SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES, AT PH 8.0) AT 4 DEG. C, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K	分辨率 1.20 Å R-free 0.188
2C2Z Crystal structure of caspase-8 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitor 提交 2005-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 218–374（157 aa）片段：ALPHA SUB-UNIT, RESIDUES 218-374 链 B 376–479（104 aa）片段：BETA-SUBUNIT, RESIDUES 376-479	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.4M SODIUM CITRATE, 100MM HEPES PH 8.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.187
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 222–479（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 222–479（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2K7Z Solution Structure of the Catalytic Domain of Procaspase-8 提交 2008-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 217–479（263 aa）片段：UNP residues 213-479	突变：C360A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] procaspase8, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2Y1L Caspase-8 in Complex with DARPin-8.4 提交 2010-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 A 217–374（158 aa）片段：P18 SUBUNIT, RESIDUES 218-374 链 B 376–479（104 aa）片段：P10 SUBUNIT, RESIDUES 376-479 链 C 217–374（158 aa）片段：P18 SUBUNIT, RESIDUES 218-374 链 D 376–479（104 aa）片段：P10 SUBUNIT, RESIDUES 376-479	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；100 MM CITRIC ACID PH 4.9 (RT), 200 MM LI2SO4, 22.5% PEG 4K.	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3H11 Zymogen caspase-8:c-FLIPL protease domain complex 提交 2009-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 217–479（263 aa）	突变：D359A, D369A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3KJN Caspase 8 bound to a covalent inhibitor 提交 2009-11-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 211–374（164 aa）片段：residues 211-374 链 B 385–479（95 aa）片段：residues 385-479	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 B93 (3S)-3-({[(5S)-2-{2-[(1H-benzimidazol-5-ylcarbonyl)amino]ethyl}-7-(cyclohexylmethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well solution (1.0-1.1 M Citrate, 50 mM HEPES or PIPES pH 6.5, 25 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4JJ7 Caspase-3 specific unnatural amino acid-based peptides 提交 2013-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–479（263 aa）	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1 M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.18 Å R-free 0.157
4PRZ Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–479（263 aa）片段：UNP RESIDUES 217-479	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.12 Å R-free 0.218
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–479（263 aa）片段：UNP RESIDUES 217-479	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 217–479（263 aa）片段：UNP RESIDUES 217-479	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 217–479（263 aa）片段：UNP RESIDUES 217-479	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4PS1 Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides 提交 2014-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 217–479（263 aa）片段：UNP RESIDUES 217-479	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.73 Å R-free 0.185
4ZBW Crystal structure of death effector domain of Caspase8 in Homo Sapiens 提交 2015-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 61–247（187 aa）链 B 61–247（187 aa）	突变：F122A, I128D 突变：F122A, I128D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.2M sodium chloride, 25% PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
5H31 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–188（188 aa）片段：UNP residues 1-188 链 B 1–188（188 aa）片段：UNP residues 1-188	突变：F122A 突变：F122A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris, 21% PEG3350, 10 mM Sarcosine,	分辨率 3.17 Å R-free 0.268
5H31 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）片段：UNP residues 1-188 链 D 1–188（188 aa）片段：UNP residues 1-188	突变：F122A 突变：F122A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris, 21% PEG3350, 10 mM Sarcosine,	分辨率 3.17 Å R-free 0.268
5H33 Structural basis for dimerization of the death effector domains of Caspase-8 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–188（188 aa）链 B 1–188（188 aa）	突变：F122A 突变：F122A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；50mM sodium chloride, 100mM Tris pH 8.5, 22.5% PEG3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.313
5JQE Crystal structure of caspase8 tDED 提交 2016-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–186（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；0.1M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG 1500	分辨率 3.16 Å R-free 0.274
5L08 Cryo-EM structure of Casp-8 tDED filament 提交 2016-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 60–243（184 aa）链 B 60–243（184 aa）链 C 60–243（184 aa）链 D 60–243（184 aa）链 E 60–243（184 aa）链 F 60–243（184 aa）链 G 60–243（184 aa）链 H 60–243（184 aa）链 I 60–243（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6AGW Pro-domain of Caspase-8 提交 2018-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–180（180 aa）片段：UNP residues 1-180	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；(NH4)2SO4, Cacodylate, NaCl	分辨率 2.09 Å R-free 0.269
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538 链 B 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538	突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S	63R N-{(3R)-1-[4-(morpholin-4-yl)benzene-1-carbonyl]piperidin-3-yl}-N-phenylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate	分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538 链 D 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538	突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate	分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6PX9 Crystal structure of procaspase-8 in complex with covalent small molecule inhibitor 63-R 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538 链 F 276–538（263 aa）片段：UNP residues 276-538	突变：D374A, D384A, C409S, C433S 突变：D374A, D384A, C409S, C433S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 1.0 M sodium citrate	分辨率 2.88 Å R-free 0.366
6X8H Caspase-8 in complex with AOMK inhibitor, Ac-DW3-KE, forms tetrahedral adduct 提交 2020-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 276–443（168 aa）片段：p18 (UNP residues 276-443) 链 B 444–538（95 aa）片段：p10 (UNP residues 444-538)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；295 K；1:1 protein : 0.10 M HEPES, 1.0 M sodium citrate	分辨率 1.48 Å R-free 0.167
7LVM CASP8 isoform B DED domain 提交 2021-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；100mM Hepes pH 7.5, 20% Ethylene Glycol, 18% PEG 3350, 200mM Sodium Chloride	分辨率 1.47 Å R-free 0.233
8YBX Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G/L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8YD7 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–185（185 aa）链 B 1–185（185 aa）链 C 1–185（185 aa）链 D 1–185（185 aa）链 E 1–185（185 aa）	突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G,L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, TBG, PEG8000, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.32 Å R-free 0.231
8YD8 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–185（185 aa）链 B 1–185（185 aa）链 C 1–185（185 aa）链 D 1–185（185 aa）链 E 1–185（185 aa）	突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, PEG 8000, TBG, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.11 Å R-free 0.241
8YM4 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–185（185 aa）链 B 1–185（185 aa）链 C 1–185（185 aa）链 D 1–185（185 aa）	突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP	分辨率 2.34 Å R-free 0.253
8YM5 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–185（185 aa）链 B 1–185（185 aa）链 C 1–185（185 aa）链 D 1–185（185 aa）	突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F122G, L123G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP	分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8YM6 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–185（185 aa）链 B 1–185（185 aa）链 C 1–185（185 aa）链 D 1–185（185 aa）	突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G 突变：F122G, L123G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M Lithium chloride, 20 % PEG 400, 0.1 M TBG pH 9.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.264
8YNI Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
8YNK Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
8YNL Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8YNM Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
8YNN Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–479（479 aa）链 B 1–479（479 aa）链 C 1–479（479 aa）	突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A 突变：F122G, L123G, C360A, D374A, D384A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å

共 33 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 211–374 作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 385–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kjq
沉积日期 deposition_date	2009-11-03
结构标题 title	Caspase 8 with covalent inhibitor
关键词 keywords	;caspase 8, Apoptosis, kinetics, Peptidomimetic Inhibitor, urazole, Disease mutation, Phosphoprotein, Protease, Thiol protease, Zymogen, Allosteric, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.84 Å
零角强度 I(0) i0	14435200.00
分子量 molecular_weight	28136.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35033 Å³
包络体积 envelope_volume	40728 Å³
水化壳体积 shell_volume	18782 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.61 Å
包络 Rg envelope_rg	18.52 Å
形状 Rg shape_rg	17.84 Å
总 Rg total_rg	18.87 Å
总原子数 total_atoms	1972
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3035000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-8
分子量 formula_weight	18640.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.61
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2134

SPREQDSESQTLDKVYQMKSKPRGYCLIINNHNFAKAREKVPKLHSIRDRNGTHLDAGALTTTFEELHFEIKPHDDCTVEQIYEILKIYQLMDHSNMDCFICCILSHGDKGIIYGTDGQEAPIYELTSQFTGLKCPSLAGKPKVFFIQACQGDNYQKGIPVETD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Caspase-8
分子量 formula_weight	10901.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.61
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LSSPQTRYIPDEADFLLGMATVNNCVSYRNPAEGTWYIQSLCQSLRERCPRGDDILTILTEVNYEVSNKDDKKNMGKQMPQPTFTLRKKLVFPSD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3S)-3-({[(5S,8R)-2-(3-carboxypropyl)-8-(2-{[(4-chlorophenyl)acetyl]amino}ethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid ;
分子量 formula_weight	592.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kjqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3kjqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	63.974 Å
晶胞边长 b length_b	63.974 Å
晶胞边长 c length_c	130.847 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.1846
R_work r_work	0.1821
R_free r_free	0.2072

fit	/app/data/saxs_computation/kj/3kjq/3kjq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kj/3kjq/3kjq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kj/3kjq/3kjq.dat

Caspase 8 with covalent inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)