SAXSdb — 3o0e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Porin OmpF

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Colicin-E9 × 3 （P09883） octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Colicin-E9 × 3 （P09883） octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A418U3R0_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349 作者链 B； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349 作者链 C； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349 作者链 D； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349 作者链 E； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349 作者链 F； PDB构建体 1–340； UniProt 10–349

Colicin-E9

物种未注明

UniProt P09883

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Porin OmpF × 3 （A0A418U3R0） octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Porin OmpF × 3 （A0A418U3R0） octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18 作者链 M； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18 作者链 N； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18 作者链 O； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18 作者链 P； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18 作者链 Q； PDB构建体 1–17； UniProt 2–18

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3o0e
沉积日期 deposition_date	2010-07-19
结构标题 title	Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1
关键词 keywords	porin, membrane protein, complex, colicin; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3o0e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3o0e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3o0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.90 Å
Rg（电子密度）	30.36 Å
总 Rg	31.12 Å
原子数	15827
残基数	1060
排除体积	142880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3o0e__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3o0e__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Porin OmpF
分子量 formula_weight	37114.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	31735

AEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNGENSYGGNGDMTYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTGNKTRLAFAGLKYADVGSFDYGRNYGVVYDALGYTDMLPEFGGDTAYSDDFFVGRVGGVATYRNSNFFGLVDGLNFAVQYLGKNERDTARRSNGDGVGGSISYEYEGFGIVGAYGAADRTNLQEAQPLGNGKKAEQWATGLKYDANNIYLAANYGETRNATPITNKFTNTSGFANKTQDVLLVAQYQFDFGLRPSIAYTKSKAKDVEGIGDVDLVNYFEVGATYYFNKNMSTYVDYIINQIDSDNKLGVGSDDTVAVGIVYQF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E9
分子量 formula_weight	1557.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O,P,Q

SGGDGRGHNTGAHSTSG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3o0eA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	3o0eB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	3o0eC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	3o0eD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	3o0eE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	3o0eF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

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晶胞边长 a length_a	101.491 Å
晶胞边长 b length_b	101.618 Å
晶胞边长 c length_c	162.142 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2669
R_work r_work	0.2651
R_free r_free	0.3025

Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Porin OmpF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3o0e__assembly_1__model_1

3o0e__assembly_1__model_1 | I(q)

3o0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Porin OmpF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Colicin-E9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3o0e__assembly_1__model_1

3o0e__assembly_1__model_1 | I(q)

3o0e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)