SAXSdb — 3qf2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–112	片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–112	片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QF2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NAQ 3D NMR solution structure of NLRP3 PYD 提交 2016-01-07	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–93（91 aa）片段：Pyrin domain residues 3-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0051；压力 ambient NMR样品组成 100-200 uM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM [U-2H] TCEP, 100 uM sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6NPY Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–1036（1034 aa）	突变：D133I, R135C, K136A, K140A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7ALV Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with a potent inhibitor 提交 2020-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）片段：NACHT domain	未记录	RM5 1-[4-chloranyl-2,6-di(propan-2-yl)phenyl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4M SodiumCitrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.265
7PZC Cryo-EM structure of the NLRP3 decamer bound to the inhibitor CRID3 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–1036（1036 aa）链 B 1–1036（1036 aa）链 C 1–1036（1036 aa）链 D 1–1036（1036 aa）链 E 1–1036（1036 aa）链 F 1–1036（1036 aa）链 G 1–1036（1036 aa）链 H 1–1036（1036 aa）链 I 1–1036（1036 aa）链 J 1–1036（1036 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 8GI 1-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7PZD Cryo-EM structure of the NLRP3 PYD filament 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 3–110（108 aa）链 H 3–110（108 aa）链 I 3–110（108 aa）链 J 3–110（108 aa）链 K 3–110（108 aa）链 L 3–110（108 aa）链 M 3–110（108 aa）链 N 3–110（108 aa）链 O 3–110（108 aa）链 P 3–110（108 aa）链 Q 3–110（108 aa）链 R 3–110（108 aa）链 S 3–110（108 aa）链 T 3–110（108 aa）链 U 3–110（108 aa）链 V 3–110（108 aa）链 W 3–110（108 aa）链 X 3–110（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7VTP Cryo-EM structure of PYD-deleted human NLRP3 hexamer 提交 2021-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–1036（907 aa）链 B 130–1036（907 aa）链 C 130–1036（907 aa）链 D 130–1036（907 aa）链 E 130–1036（907 aa）链 F 130–1036（907 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.2 M NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1.0 mM ADP, 0.05 mM MCC950 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
7ZGU Human NLRP3-deltaPYD hexamer 提交 2022-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 126–1036（911 aa）链 B 126–1036（911 aa）链 C 126–1036（911 aa）链 D 126–1036（911 aa）链 E 126–1036（911 aa）链 F 126–1036（911 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8EJ4 Cryo-EM structure of the active NLRP3 inflammasome disk 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 133–1034（902 aa）链 B 133–1034（902 aa）链 C 133–1034（902 aa）链 D 133–1034（902 aa）链 E 133–1034（902 aa）链 F 133–1034（902 aa）链 G 133–1034（902 aa）链 H 133–1034（902 aa）链 I 133–1034（902 aa）链 J 133–1034（902 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8ERT NLRP3 PYD filament 提交 2022-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 1–95（95 aa）链 B 1–95（95 aa）链 C 1–95（95 aa）链 D 1–95（95 aa）链 E 1–95（95 aa）链 F 1–95（95 aa）链 G 1–95（95 aa）链 I 1–95（95 aa）链 J 1–95（95 aa）链 K 1–95（95 aa）链 L 1–95（95 aa）链 M 1–95（95 aa）链 N 1–95（95 aa）链 O 1–95（95 aa）链 Q 1–95（95 aa）链 R 1–95（95 aa）链 S 1–95（95 aa）链 U 1–95（95 aa）链 V 1–95（95 aa）链 W 1–95（95 aa）链 X 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8ETR CryoEM Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with G2394 提交 2022-10-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–676（543 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WTN (6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-b][1,3]oxazine-3-sulfonamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.15M NaCl, 20mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM TCEP, 2.5mM ATP, 2mM MgCl2. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8RI2 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-562 提交 2023-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1H02 2-[4-chloranyl-9-oxidanylidene-12-(2-oxidanylpropan-2-yl)-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl]-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]ethanamide × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml protein copurified with 1 uM inhibitor	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
8SWF Cryo-EM structure of NLRP3 open octamer 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 130–1036（907 aa）链 B 130–1036（907 aa）链 C 130–1036（907 aa）链 D 130–1036（907 aa）链 E 130–1036（907 aa）链 F 130–1036（907 aa）链 G 130–1036（907 aa）链 H 130–1036（907 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8SWK Cryo-EM structure of NLRP3 closed hexamer 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–1036（904 aa）链 B 133–1036（904 aa）链 C 133–1036（904 aa）链 D 133–1036（904 aa）链 E 133–1036（904 aa）链 F 133–1036（904 aa）	未记录	7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.32 Å
8SXN Structure of NLRP3 and NEK7 complex 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–1036（904 aa）链 D 133–1036（904 aa）	未记录	7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.04 Å
8WSM NLRP3 NACHT domain in complex with compound 32 提交 2023-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 XE3 2-[[2-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-~{N}-(1,4-oxazepan-4-ylsulfonyl)-1,3-oxazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris pH 7.5, 1.2 M sodium citrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
8ZEM Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1 提交 2024-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1D79 1-[5-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；23~25 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 ;100 mM MES pH 6.3~6.7 ;200 mM Ammonium sulfate	分辨率 3.32 Å R-free 0.347
9DH3 Cryo-EM structure of NLRP3 complex with Compound C 提交 2024-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 136–1036（901 aa）链 B 136–1036（901 aa）链 C 136–1036（901 aa）链 D 136–1036（901 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 A1A4L 2-[(4S)-5-ethyl-8-oxothieno[2',3':4,5]pyrrolo[1,2-d][1,2,4]triazin-7(8H)-yl]-N-(pyrimidin-4-yl)acetamide × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
9GU4 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-253 提交 2024-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1IPJ 2-[6-[[(3R)-1-ethylpiperidin-3-yl]amino]pyridazin-3-yl]-3-methyl-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
9HG4 NACHT domain of NLRP3 in complex with DFV890 提交 2024-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1IUG 1-[azanyl-oxidanylidene-[2-(2-oxidanylpropan-2-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-$l^{6}-sulfanylidene]-3-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；protein: 0.2 ul NLRP3 (131-679) at 7 mg/ml in 50mM HEPES pH 7.8, 500mM NaCl, 10% glycerol, 1mM MgCl2, 1mM TCEP, 100uM ADP, and 0.8 mM DFV890 (in DMSO) wel: 0.2 ul 1.99M NH4 3 citrate	分辨率 2.77 Å R-free 0.264
9MGY Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 1 提交 2024-12-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLR (2M)-2-(6-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}pyridazin-3-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9MIE Human NLRP3 complex with compound 2 in the closed hexamer 提交 2024-12-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLP (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyridazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9MIG Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 3 提交 2024-12-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–1036（1036 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLQ (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-5,6,7,8-tetrahydrophthalazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9SFG Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-742 提交 2025-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–679（549 aa）	未记录	A1JNK 5-methyl-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]-6-(2-methyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl)pyridazin-3-amine × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex	分辨率 3.20 Å R-free 0.279

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NALP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 3–112 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 3–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qf2
沉积日期 deposition_date	2011-01-21
结构标题 title	Crystal structure of NALP3 PYD
关键词 keywords	Six helix bundle, Apoptosis; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.45 Å
零角强度 I(0) i0	9560830.00
分子量 molecular_weight	22853.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28575 Å³
包络体积 envelope_volume	34760 Å³
水化壳体积 shell_volume	15220 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.38 Å
包络 Rg envelope_rg	20.79 Å
形状 Rg shape_rg	20.45 Å
总 Rg total_rg	21.22 Å
总原子数 total_atoms	1606
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5610e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9561000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8112
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.483
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3838000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.710; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3qf2a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3qf2b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3qf2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3qf2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.032 Å
晶胞边长 b length_b	60.040 Å
晶胞边长 c length_c	51.529 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.610 Å
R 因子 r_factor	0.1859
R_work r_work	0.1833
R_free r_free	0.2350

描述 description	NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
分子量 formula_weight	12704.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1853

Crystal structure of NALP3 PYD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

fit	/app/data/saxs_computation/qf/3qf2/3qf2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/3qf2/3qf2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/3qf2/3qf2.dat