8zem

Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zem
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1
关键词 keywords	NLRP3, Inhibitor, NP3-1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.10 Å
零角强度 I(0) i0	49628000.00
分子量 molecular_weight	56521.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71589 Å³
包络体积 envelope_volume	85665 Å³
水化壳体积 shell_volume	30021 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.95 Å
包络 Rg envelope_rg	23.34 Å
形状 Rg shape_rg	23.09 Å
总 Rg total_rg	24.07 Å
总原子数 total_atoms	3970
残基数 n_residues	473
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8949
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
分子量 formula_weight	64243.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3970

SGKMKKDYRKKYRKYVRSRFQCIEDRNARLGESVSLNKRYTRLRLIKEHRSQQEREQELLAIGKTKTCESPVSPIKMELLFDPDDEHSEPVHTVVFQGAAGIGKTILARKMMLDWASGTLYQDRFDYLFYIHCREVSLVTQRSLGDLIMSCCPDPNPPIHKIVRKPSRILFLMDGFDELQGAFDEHIGPLCTDWQKAERGDILLSSLIRKKLLPEASLLITTRPVALEKLQHLLDHPRHVEILGFSEAKRKEYFFKYFSDEAQARAAFSLIQENEVLFTMCFIPLVCWIVCTGLKQQMESGKSLAQTSKTTTAVYVFFLSSLLQPRGGSQEHGLCAHLWGLCSLAADGIWNQKILFEESDLRNHGLQKADVSAFLRMNLFQKEVDCEKFYSFIHMTFQEFFAAMYYLLEEEKEGRTNVPGSRLKLPSRDVTVLLENYGKFEKGYLIFVVRFLFGLVNQERTSYLEKKLSCKISQQIRLELLKWIEVKAKAKKLQIQPSQLELFYCLYEMQEEDFVQRAMDYFPKIEINLSTRMDHMVSSFCIENCHRVESL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[5-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl-urea
分子量 formula_weight	525.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.246 Å
晶胞边长 b length_b	97.246 Å
晶胞边长 c length_c	256.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.320 Å
最低分辨率 resolution_low	84.220 Å
R 因子 r_factor	0.3069
R_work r_work	0.3047
R_free r_free	0.3468

fit	/app/data/saxs_computation/ze/8zem/8zem.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/8zem/8zem.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/8zem/8zem.dat

Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction