3ql9

Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulator ATRX

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 167–289	片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289 突变：K251R, F284Y	peptide of Histone H3.3 × 1 （P84243） ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 0.93 Å R-free 0.131

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QL9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JM1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2006-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–296（138 aa）片段：ADD domain, residues 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.35 mM [U-13C; U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2LBM Solution structure of the ADD domain of ATRX complexed with histone tail H3 1-15 K9me3 提交 2011-04-08	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 159–296（138 aa）片段：UNP residues 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient NMR样品组成 200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-1, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-2, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-3, 200 mM sodium chloride-4, 150 uM zinc sulfate-5, 1 mM [U-99% 2H] DTT-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-7, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-8, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-9, 200 mM sodium chloride-10, 150 uM zinc sulfate-11, 1 mM [U-99% 2H] DTT-12, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LD1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2011-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–296（138 aa）片段：ADD DOMAIN, RESIDUES 159-296	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 167–289（123 aa）片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.158
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 167–289（123 aa）片段：UNP residues 167-289	突变：K251R, F284Y	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5GRQ Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide 提交 2016-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1256–1285（30 aa）片段：DID domain, UNP residues 1256-1285 链 D 1256–1285（30 aa）片段：DID domain, UNP residues 1256-1285	未记录	ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100mM MES 6.0, 100mM zinc acetate, 13% ethanol	分辨率 1.58 Å R-free 0.179
5Y18 Crystal structure of DAXX helical bundle domain in complex with ATRX 提交 2017-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1268–1289（22 aa）片段：UNP residues 1268-1289	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M sodium citrate, pH6.5, 0.2M ammonium acetate, 30% PEG4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 B 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 C 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 E 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 F 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 H 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 链 I 1265–1288（24 aa）片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.	分辨率 3.10 Å R-free 0.297
6G0O Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated ATRX peptide (K1030ac/K1033ac) 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1027–1037（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20.0 % PEG 6K 10.0 % EtGly 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M LiCl	分辨率 1.40 Å R-free 0.166

共 11 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	ATRX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–129； UniProt 167–289

peptide of Histone H3.3

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–16	片段：K9 trimethylated H3 N-terminal fragment, UNP residues 2-16 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Transcriptional regulator ATRX × 1 （P46100） ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 0.93 Å R-free 0.131

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3QL9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L43 Structural basis for histone code recognition by BRPF2-PHD1 finger 提交 2010-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–13（12 aa）	突变：C29S, C36S	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.6mM ZINC ION-2, 20mM Bis-Tris-3, 150mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-5, 1.6mM ZINC ION-6, 20mM Bis-Tris-7, 150mM sodium chloride-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–12（11 aa）片段：residues in UNP 2-12	未记录	ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.41 Å R-free 0.196
3AV2 The human nucleosome structure containing the histone variant H3.3 提交 2011-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.272
3JVK Crystal structure of bromodomain 1 of mouse Brd4 in complex with histone H3-K(ac)14 提交 2009-09-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–20（8 aa）片段：UNP residues 13-20	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 10-times excess of histone peptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.259
3MUK Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with propionylated histone H3-K(prop)23 提交 2010-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–29（8 aa）片段：histone H3 peptide, UNP residues 22-29	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.219
3MUL Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with butyrylated histone H3-K(buty)14 提交 2010-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–20（8 aa）片段：histone H3 peptide, UNP residues 13-20	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3WTP Crystal Structure of the heterotypic nucleosome containing human CENP-A and H3.3 提交 2014-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.67 Å R-free 0.270
4GNE Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-7 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–8（7 aa）片段：UNP RESIDUES 2-8	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris-HCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
4GNF Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.55 Å R-free 0.205
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4GU0 Crystal structure of LSD2 with H3 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–27（26 aa）片段：UNP residues 2-27	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221
4GU0 Crystal structure of LSD2 with H3 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–27（26 aa）片段：UNP residues 2-27	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221
4GUR Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：UNP residues 2-22	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.204
4GUS Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P3221 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：UNP residues 2-22	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 IOD IODIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M Ammonium Iodide, 0.1M MES, 10% PEG3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.23 Å R-free 0.237
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–18（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–18（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4H9N Complex structure 1 of DAXX/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4H9O Complex structure 2 of DAXX/H3.3(sub5,G90M)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90M, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F 突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4HGA Structure of the variant histone H3.3-H4 heterodimer in complex with its chaperone DAXX 提交 2012-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	PC4 TETRACHLOROPLATINATE(II) × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；298 K；0.1M HEPES-Na, pH 7.6, 23% (v/v) PEG 3350, 0.25M Ammonium acetate, 1% Tacsimate pH 7.0, 6% ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4N4I Crystal structure of the Bromo-PWWP of the mouse zinc finger MYND-type containing 11 isoform alpha in complex with histone H3.3K36me3 提交 2013-10-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–43（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 0.2M Li2SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
4QQ4 CW-type zinc finger of MORC3 in complex with the amino terminus of histone H3 提交 2014-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–16（15 aa）片段：unp residues 2-16 链 D 2–16（15 aa）片段：unp residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M ammonium chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.223
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–12（11 aa）片段：UNP residues 2-12	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–12（11 aa）片段：UNP residues 2-12	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 2–13（12 aa）链 G 2–13（12 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5B32 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.259
5B33 The crystal structure of the H2AZ nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.92 Å R-free 0.252
5BNV Crystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136 链 D 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.220
5BNX Crystal structure of Human MCM2 HBD and ASF1b chaperoning a histone H3.3-H4 dimer 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5	分辨率 2.31 Å R-free 0.213
5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.257
5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.257
5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31 链 G 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31 链 I 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
5JA4 Crystal structure of human TONSL and MCM2 HBDs binding to a histone H3-H4 tetramer 提交 2016-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.1M MES pH 5.6, 7% isopropanol	分辨率 2.42 Å R-free 0.246
5JJY Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36M peptide 提交 2016-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–43（14 aa）片段：H3 peptide, UNP residues 30-43	突变：K36M	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.213
5JLB Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36I peptide 提交 2016-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–43（14 aa）片段：H3 peptide, UNP residues 30-43	突变：K36I	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
5KDM Crystal structure of EBV tegument protein BNRF1 in complex with histone chaperone DAXX and histones H3.3-H4 提交 2016-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1M MES pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
5X7X The crystal structure of the nucleosome containing H3.3 at 2.18 angstrom resolution 提交 2017-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.18 Å R-free 0.256
6A5L RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA 提交 2018-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
6A5O RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-6) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.90 Å
6A5P RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6A5R RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
6A5T RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
6A5U RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA, tilt conformation 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6INQ RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA (+1 position) 提交 2018-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.90 Å
6IR9 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J4W RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.90 Å
6J4X RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1A) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6J4Y RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1B) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6J4Z RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6J50 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (tilted conformation) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6J51 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome, weak Elf1 (+1 position) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FLC CITRATE ANION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6R0C Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6RNY PFV intasome - nucleosome strand transfer complex 提交 2019-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 min incubation 3.5s blot	分辨率 3.90 Å
6U04 Crystal structure of human BRPF1 PZP bound to histone H3 tail 提交 2019-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–13（12 aa）	未记录	PR PRASEODYMIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 40% (v/v) PEG400, and 0.01M Praseodymium(III) acetate hydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.208
7A08 CryoEM Structure of cGAS Nucleosome complex 提交 2020-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 d 2–136（135 aa）链 h 2–136（135 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 58–136（79 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
7CWH Structural basis of RACK7 PHD to read a pediatric glioblastoma-associated histone mutation H3.3G34R 提交 2020-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–42（11 aa）	突变：G34R	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DDT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] G34R, 1.2 mM RACK7 PHD, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 14–23（10 aa）链 F 14–23（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MLI MALONATE ION × 2 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 14–23（10 aa）链 H 14–23（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MLI MALONATE ION × 8 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
7V1L Structure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 117–136（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4M Na-K phosphate, pH 8.2	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.83 Å R-free 0.240
7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.83 Å R-free 0.240
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7W5M Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 117–136（20 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 300, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate citrate, pH 4.2, 10% Glycerol	分辨率 2.15 Å R-free 0.227
7WBV RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-4) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7WBW RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3.5) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
7WBX RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7XSE RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC42) 提交 2022-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7XSX RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49) 提交 2022-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XSZ RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115) 提交 2022-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7XT7 RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49B) 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7XTD RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58oct) 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7XTI RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex) 提交 2022-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8JH2 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
8JH3 RNA polymerase II elongation complex containing 40 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8JH4 RNA polymerase II elongation complex containing 60 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9B3P The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second	分辨率 3.00 Å
9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 E 2–136（135 aa）链 K 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9II7 RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9J0N Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9J0O Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9J0P Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9L1X hDEK-nucleosome complex (conformation 1) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9L22 hDEK-nucleosome complex (conformation 2) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–27（26 aa）链 D 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0	分辨率 2.69 Å R-free 0.230
9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–27（26 aa）链 H 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0	分辨率 2.69 Å R-free 0.230
9WMS Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9WMT Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9WMU Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.28 Å
9WMV Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.66 Å
9WMW Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 94 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ql9
沉积日期 deposition_date	2011-02-02
结构标题 title	Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide
关键词 keywords	;zinc finger, transcription, histone, lysine trimethylation, nuclear protein, HISTONE-BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION-STRUCTURAL PROTEIN complex ;; TRANSCRIPTION/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.97 Å
零角强度 I(0) i0	5693860.00
分子量 molecular_weight	15822.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19145 Å³
包络体积 envelope_volume	21490 Å³
水化壳体积 shell_volume	12390 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.54 Å
包络 Rg envelope_rg	15.54 Å
形状 Rg shape_rg	15.03 Å
总 Rg total_rg	15.78 Å
总原子数 total_atoms	1086
残基数 n_residues	134
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5694000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8456
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.188
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional regulator ATRX
分子量 formula_weight	14793.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
突变 mutation	K251R, F284Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1331

GPLGSMGIVSCTACGQQVNHFQKDSIYRHPSLQVLICKNCFKYYMSDDISRDSDGMDEQCRWCAEGGNLICCDFCHNAFCKKCILRNLGRRELSTIMDENNQWYCYICHPEPLLDLVTACNSVYENLEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	peptide of Histone H3.3
分子量 formula_weight	1607.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ARTKQTARKSTGGKA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.719 Å
晶胞边长 b length_b	39.452 Å
晶胞边长 c length_c	41.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.930 Å
最低分辨率 resolution_low	21.950 Å
R 因子 r_factor	0.1227
R_work r_work	0.1223
R_free r_free	0.1311

fit	/app/data/saxs_computation/ql/3ql9/3ql9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ql/3ql9/3ql9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ql/3ql9/3ql9.dat

Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulator ATRX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

peptide of Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)