3rk2

Truncated SNARE complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 2

Homo sapiens

UniProt P63027

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 28–60 片段:UNP residues 28-60 Syntaxin-1A × 1 (P32851) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 28–60 片段:UNP residues 28-60 Syntaxin-1A × 1 (P32851) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VAMP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–37; UniProt 28–60 作者链 E; PDB构建体 5–37; UniProt 28–60

Syntaxin-1A

Rattus norvegicus

UniProt P32851

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 191–253 片段:UNP residues 191-253 Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 (P63027) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 191–253 片段:UNP residues 191-253 Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 (P63027) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60880) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、71 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STX1A_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–65; UniProt 191–253 作者链 F; PDB构建体 3–65; UniProt 191–253

Synaptosomal-associated protein 25

Homo sapiens

UniProt P60880

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 7–82 链 D; UniProt 141–203 片段:UNP residues 7-82 片段:UNP residues 141-203 Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 (P63027) Syntaxin-1A × 1 (P32851) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 7–82 链 H; UniProt 141–203 片段:UNP residues 7-82 片段:UNP residues 141-203 Vesicle-associated membrane protein 2 × 1 (P63027) Syntaxin-1A × 1 (P32851) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;294 K;0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K 分辨率 2.20 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNP25_HUMAN
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–80; UniProt 7–82 作者链 G; PDB构建体 5–80; UniProt 7–82 作者链 D; PDB构建体 3–65; UniProt 141–203 作者链 H; PDB构建体 3–65; UniProt 141–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rk2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rk2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rk2
沉积日期 deposition_date2011-04-17
结构标题 titleTruncated SNARE complex
关键词 keywordsSNARE proteins, membrane fusion, MEMBRANE PROTEIN-EXOCYTOSIS complex; MEMBRANE PROTEIN/EXOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.69
零角强度 I(0) i056307300.00
分子量 molecular_weight54218.0 kDa
排除体积 excluded_volume65825 ų
包络体积 envelope_volume92214 ų
水化壳体积 shell_volume25608 ų
包络直径 envelope_diameter147.7
壳层 Rg shell_rg34.39
包络 Rg envelope_rg37.19
形状 Rg shape_rg35.75
总 Rg total_rg35.40
总原子数 total_atoms3764
残基数 n_residues464
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.8
Rg (实空间) rg_real31.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real5.3480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56280000.0000
解质量估计 total_estimate0.6657
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.5
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.566
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2960
最高正则化参数 α highest_alpha2866000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.007; Oscil: 0.959; Stabil: 0.978; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3rk2b1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rk2c1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rk2d1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rk2f1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2f2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rk2g1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2g2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3rk2h1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family familyh.1.15.1 — SNARE fusion complex
结构域编号 domain_idd3rk2h2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3rk2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3rk2C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3rk2D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3rk2F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3rk2G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3rk2H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)