3s9n

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, room temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 164.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transferrin receptor protein 1

Homo sapiens

UniProt P02786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 120–760 片段:UNP residues 120-760 Serotransferrin × 2 (P02787) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 3.25 Å R-free 0.289
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 120–760 片段:UNP residues 120-760 Serotransferrin × 2 (P02787) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 3.25 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–654; UniProt 120–760 作者链 B; PDB构建体 14–654; UniProt 120–760

Serotransferrin

Homo sapiens

UniProt P02787

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 20–698 片段:UNP residues 20-698 突变:N427D, Y531F Transferrin receptor protein 1 × 2 (P02786) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 3.25 Å R-free 0.289
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 20–698 片段:UNP residues 20-698 突变:N427D, Y531F Transferrin receptor protein 1 × 2 (P02786) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;5% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 10% 1,2-propanediol, pH Hepes 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 3.25 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、93 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRFE_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 15–693; UniProt 20–698 作者链 D; PDB构建体 15–693; UniProt 20–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3s9n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3s9n
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3s9n
沉积日期 deposition_date2011-06-01
结构标题 titleComplex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the N-Lobe, room temperature
关键词 keywordsTransferrin receptor complex, transferrin superfamily, carboxypeptidase like, Transport Protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.74
零角强度 I(0) i0819877000.00
分子量 molecular_weight231350.0 kDa
排除体积 excluded_volume286210 ų
包络体积 envelope_volume426570 ų
水化壳体积 shell_volume74031 ų
包络直径 envelope_diameter168.3
壳层 Rg shell_rg51.79
包络 Rg envelope_rg47.88
形状 Rg shape_rg48.74
总 Rg total_rg48.83
总原子数 total_atoms16304
残基数 n_residues2245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax164.8
Rg (实空间) rg_real49.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.48
I(0) (实空间) i0_real8.1990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal819700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8767
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.5
偏度 Skewness skewness0.352
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha78250000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.758

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3s9nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3s9nA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id3s9nA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id3s9nB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3s9nB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id3s9nB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain
结构域编号 domain_id3s9nC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3s9nC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3s9nC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3s9nD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3s9nD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3s9nD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)