3t4d

Crystal Structure of NaK2K Channel Y55F Mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–110 突变:Y55F, D66Y, N68D K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;293 K;65% MPD, 100mM Glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.225
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–110 突变:Y55F, D66Y, N68D K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.5;293 K;65% MPD, 100mM Glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110 作者链 B; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3t4d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3t4d
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3t4d
沉积日期 deposition_date2011-07-25
结构标题 titleCrystal Structure of NaK2K Channel Y55F Mutant
关键词 keywordsMembrane Protein, Ion Channel; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.68
零角强度 I(0) i05298590.00
分子量 molecular_weight21174.0 kDa
排除体积 excluded_volume28162 ų
包络体积 envelope_volume37454 ų
水化壳体积 shell_volume13563 ų
包络直径 envelope_diameter110.2
壳层 Rg shell_rg28.99
包络 Rg envelope_rg28.71
形状 Rg shape_rg27.64
总 Rg total_rg28.02
总原子数 total_atoms1492
残基数 n_residues189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.8
Rg (实空间) rg_real28.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55
I(0) (实空间) i0_real5.2990e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5298000.0000
解质量估计 total_estimate0.6730
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.2
偏度 Skewness skewness0.726
峰度 Kurtosis kurtosis-0.121
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha289700.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.256; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.038; Smooth: 0.940

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3t4dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id3t4dB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)