SAXSdb — 3tix

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Chromo domain-containing protein 1 × 1 （Q10103） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Chromo domain-containing protein 1 × 1 （Q10103） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAS3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 133–207； UniProt 9–83 作者链 C； PDB构建体 133–207； UniProt 9–83

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q12306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Chromo domain-containing protein 1 × 1 （Q10103） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Chromo domain-containing protein 1 × 1 （Q10103） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMT3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 37–132； UniProt 3–98 作者链 C； PDB构建体 37–132； UniProt 3–98

Chromo domain-containing protein 1

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt Q10103

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 × 1 （O94687,Q12306） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 × 1 （O94687,Q12306） CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHP1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–458； UniProt 504–960 作者链 D； PDB构建体 2–458； UniProt 504–960

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tix
沉积日期 deposition_date	2011-08-22
结构标题 title	Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core
关键词 keywords	;PIN, Rossmann fold, SPOC, alpha-helical hairpin, heterochromatin, silencing, RITS, RNAi, Argonaute, ClrC, RDRC, Nucleus, GENE REGULATION-PROTEIN BINDING complex ;; GENE REGULATION/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tix__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tix__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tix__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.18 Å
Rg（电子密度）	34.35 Å
总 Rg	34.57 Å
原子数	4654
残基数	574
排除体积	83689 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tix__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tix__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
分子量 formula_weight	23333.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9309

MSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTGSLQDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLTFLYDGIEIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGLPSLPFLACISDFPENHGTSRRSATVSLERVHELFTEHWLSNLKNRREKRQELAEEAVYCRSEMLSQRKLLAAVD

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromo domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	52362.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MISESEDLSSASTLSDYFRFVLRVGKSLYYAGELSFDISKLKAETEHQQLLRSLVSCKQVDVLRFVTSQYLEVFGTCLTKVLSGSLCIRSDVDMTHFKNILNRGNGAGIVLGSNYTLLLFTEDNNALMNLYDCQGQSNSPFWMVIFEPLESILVEWSAKNLRPKKPYHKSQSYLSYLLQLGHIDLHKIGAFQATQILIVSKQPSPEAEELEDTFREAAIPTFRGLEIPESLFLSQNVFVFLNVSLEDDFDQLQFLTLAKRKSCKFFLFGLSLPLKSPNDSHVGTDFKKNNEPLDKLTYSQYLRPMFPKGGVVSVTLSALIKTPRLLELISPFLEIKKDSWILILPPSIVDMVKSYFVTNNPDKSLLEIQNLLNTLQRYLTNPALKNVTLYQDWDIVIDDSADVSLASTLQLYQKKNYDKYRRFVLIHELKNELTPVNGLDIVDYDEFKETFMRAIGLK

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3tixA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3tixA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1690 —

结构域编号 domain_id	3tixB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	290 — Ku70; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3tixB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3tixB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11490 —

结构域编号 domain_id	3tixC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3tixC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1690 —

结构域编号 domain_id	3tixD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	290 — Ku70; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3tixD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3tixD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11490 —

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晶胞边长 a length_a	104.880 Å
晶胞边长 b length_b	172.200 Å
晶胞边长 c length_c	198.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	65.063 Å
R 因子 r_factor	0.2123
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2427

Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromo domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tix__assembly_1__model_1

3tix__assembly_1__model_1 | I(q)

3tix__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromo domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tix__assembly_1__model_1

3tix__assembly_1__model_1 | I(q)

3tix__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)