3vu3

Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–753	未记录	Protein hfq × 24 （P0A6X3） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3VU3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CF9 Structure of the mutant VAL169CYS of catalase HPII from Escherichia coli 提交 1999-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–753（727 aa）链 B 27–753（727 aa）链 C 27–753（727 aa）链 D 27–753（727 aa）	突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1GG9 CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ASN VARIANT. 提交 2000-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.188
1GGE CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, NATIVE STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION. 提交 2000-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.202
1GGF CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, VARIANT HIS128ASN, COMPLEX WITH HYDROGEN PEROXIDE. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl. Before data collection the protein crystal was soaked during a few seconds in the solution with 2M hydrogen peroxide., pH 9.0, temperature 297.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.254
1GGH CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.15 Å R-free 0.206
1GGJ CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
1GGK CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201HIS VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.26 Å R-free 0.208
1IPH STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1995-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1P7Y Crystal structure of the D181A variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
1P7Z Crystal structure of the D181S variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
1P80 Crystal structure of the D181Q variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
1P81 Crystal structure of the D181E variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.81 Å R-free 0.216
1QF7 STRUCTURE OF THE MUTANT HIS392GLN OF CATALASE HPII FROM E. COLI 提交 1999-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 2.20 Å R-free 0.210
1QWS Structure of the D181N variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；15% PEG 3350, 1.6M LiCl, 0.1M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 B 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 C 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 D 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 E 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 F 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 G 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 H 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 J 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 K 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 L 75–300（226 aa）片段：proteolytic fragment, residues 75-300 链 M 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 N 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 O 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567 链 P 309–567（259 aa）片段：proteolytic fragment, residues 309-567	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
28WU Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli 提交 2026-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；293 K；0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.75, 0.2M Na-acetate, 20% PEG3350.	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
3P9P Structure of I274V variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
3P9Q Structure of I274C variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.177
3P9R Structure of I274G variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.184
3P9S Structure of I274A variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
3PQ2 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 1-6 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ3 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 7-12 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ4 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 13-18 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ5 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 19-24 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ6 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 25-30 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
3PQ7 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 31-36 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ8 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 37-42 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3TTT Structure of F413Y variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.189
3TTU Structure of F413Y/H128N double variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.193
3TTV Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
3TTW Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.62 Å R-free 0.199
3TTX Structure of the F413K variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.74 Å R-free 0.185
4BFL Structure of natively expressed catalase HPII 提交 2013-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10 % PEG 20000, 20% PEG 500MME, 30 MM SODIUM NITRATE, 30 MM DISODIUM HYDROGENPHOSPHATE, 30 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
4ENP Structure of E530A variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.162
4ENQ Structure of E530D variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
4ENR Structure of E530I variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
4ENS Structure of E530Q variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
4ENT Structure of the S234A variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
4ENU Structure of the S234D variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.170
4ENV Structure of the S234I variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4ENW Structure of the S234N variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5BV2 Crystal structure of E. coli HPII catalase variant 提交 2015-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–753（753 aa）链 Q 1–753（753 aa）链 R 1–753（753 aa）链 S 1–753（753 aa）	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 39 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2% PEG20000, 15% PEG5000 MME, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M manganese acetate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.132
6BY0 Crystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1 提交 2017-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.085 M sodium HEPES pH 7.5, 17% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol, 8.5% v/v isopropanol or 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000, 1.0 M lithium chloride	分辨率 2.93 Å R-free 0.236
6ZTV Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% MPD	分辨率 1.78 Å R-free 0.229
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–753（753 aa）链 F 1–753（753 aa）链 G 1–753（753 aa）链 H 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTX Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.162

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UniProt名称	CATE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753

Protein hfq

物种未注明

UniProt P0A6X3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–102 链 D； UniProt 1–102 链 E； UniProt 1–102 链 F； UniProt 1–102 链 G； UniProt 1–102 链 H； UniProt 1–102	未记录	Catalase HPII × 4 （P21179） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3VU3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HK9 Crystal structure of the Hfq protein from Escherichia coli 提交 2003-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 B 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 C 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 D 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 E 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 F 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 25% PEG 4000, 0.2 M NH4-ACETATE AND 0.2 M NA-ACETATE PH 4.6. CRYSTALLIZATION WERE CARRIED OUT AT 20C.	分辨率 2.15 Å R-free 0.262
2Y90 Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P6 space group) 提交 2011-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL HANGING DROPS AT 20C. THE RESERVOIR CONTAINED 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0.	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 B 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 C 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 D 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 E 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 F 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 H 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 I 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 J 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 K 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 L 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
3GIB Crystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A) 提交 2009-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69) 链 B 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69) 链 C 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69)	未记录	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；298 K；40% MPD, 0.1 M CHES 9.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–102（102 aa）链 H 1–102（102 aa）链 I 1–102（102 aa）链 J 1–102（102 aa）链 K 1–102（102 aa）链 L 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3QO3 Crystal structure of Escherichia coli Hfq, in complex with ATP 提交 2011-02-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 B 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 C 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 D 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 E 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 F 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M Hepes, 10% (W/V) PEG 8000, 8% (V/V) Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 B 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F39W 突变：F39W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.83 Å R-free 0.257
4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 D 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F39W 突变：F39W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.83 Å R-free 0.257
4JRK Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 B 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 C 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F11W 突变：F11W 突变：F11W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.89 Å R-free 0.216
4JUV Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Distal Face 1 Mutant 提交 2013-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）链 B 2–69（68 aa）链 C 2–69（68 aa）链 D 2–69（68 aa）链 E 2–69（68 aa）链 F 2–69（68 aa）	突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.19 Å
4RCB Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 5–71（67 aa）片段：UNP RESIDUES 5-71	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.5M Lithium chloride, 1.6M Ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.63 Å R-free 0.248
4RCC Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 5–71（67 aa）片段：UNP RESIDUES 5-71	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.1M TRIS.HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium sulfate, 15 %(w/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.98 Å R-free 0.213
4V2S Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC 提交 2014-10-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL	分辨率 3.48 Å R-free 0.282
9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 2.90 Å R-free 0.387
9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–102（102 aa）链 H 1–102（102 aa）链 I 1–102（102 aa）链 J 1–102（102 aa）链 K 1–102（102 aa）链 L 1–102（102 aa）	突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 2.90 Å R-free 0.387
9H45 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-10-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；15 %v/v PEGSH 0.15 M NH4 Acet 0.1 M Na3 Cit	分辨率 2.08 Å R-free 0.323

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HFQ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 G； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 H； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vu3
沉积日期 deposition_date	2012-06-15
结构标题 title	Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex
关键词 keywords	hydroperoxidase HPII, RNA binding protein, OXIDOREDUCTASE-RNA BINDING PROTEIN complex; OXIDOREDUCTASE/RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.98 Å
零角强度 I(0) i0	233750000.00
分子量 molecular_weight	124650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157040 Å³
包络体积 envelope_volume	203110 Å³
水化壳体积 shell_volume	51071 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.19 Å
包络 Rg envelope_rg	32.42 Å
形状 Rg shape_rg	31.95 Å
总 Rg total_rg	32.74 Å
总原子数 total_atoms	8812
残基数 n_residues	1104
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	233800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8799
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catalase HPII
分子量 formula_weight	84271.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8841

MSQHNEKNPHQHQSPLHDSSEAKPGMDSLAPEDGSHRPAAEPTPPGAQPTAPGSLKAPDTRNEKLNSLEDVRKGSENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGSRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINAEGKATFVRFHWKPLAGKASLVWDEAQKLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGKMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGIELTDDQLNITPPPDVNGLKKDPSLSLYAIPDGDVKGRVVAILLNDEVRSADLLAILKALKAKGVHAKLLYSRMGEVTADDGTVLPIAATFAGAPSLTVDAVIVPCGNIADIADNGDANYYLMEAYKHLKPIALAGDARKFKATIKIADQGEEGIVEADSADGSFMDELLTLMAAHRVWSRIPKIDKIPA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein hfq
分子量 formula_weight	11179.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H

MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3vu3a1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d3vu3a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3vu3c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

结构域编号 domain_id	d3vu3d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

结构域编号 domain_id	d3vu3e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

结构域编号 domain_id	d3vu3f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

结构域编号 domain_id	d3vu3g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

结构域编号 domain_id	d3vu3h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	3vu3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	3vu3A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	3vu3A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	3vu3C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3vu3D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3vu3E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3vu3F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3vu3G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	3vu3H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.432 Å
晶胞边长 b length_b	159.009 Å
晶胞边长 c length_c	167.181 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1963
R_free r_free	0.2464

fit	/app/data/saxs_computation/vu/3vu3/3vu3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/3vu3/3vu3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/3vu3/3vu3.dat

Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein hfq

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)