3vu3

Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

物种未注明

UniProt P21179

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 28 Protein hfq × 24 (P0A6X3) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–753; UniProt 1–753

Protein hfq

物种未注明

UniProt P0A6X3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 28 Catalase HPII × 4 (P21179) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HFQ_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 E; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 F; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 G; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 H; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vu3
沉积日期 deposition_date2012-06-15
结构标题 titleCrystal structure of the Hfq and catalase HPII complex
关键词 keywordshydroperoxidase HPII, RNA binding protein, OXIDOREDUCTASE-RNA BINDING PROTEIN complex; OXIDOREDUCTASE/RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vu3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vu3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vu3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)50.77 Å
Rg(电子密度)50.63 Å
总 Rg51.12 Å
原子数35248
残基数4416
排除体积628160 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3vu3__assembly_1__model_1 28-meric (28) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd3vu3a1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd3vu3a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3vu3c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3vu3d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3vu3e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3vu3f_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3vu3g_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq
结构域编号 domain_idd3vu3h_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamilyb.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family familyb.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id3vu3A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id3vu3A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id3vu3A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id3vu3C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id3vu3D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id3vu3E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id3vu3F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id3vu3G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
结构域编号 domain_id3vu3H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
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7. 引用文献 (1)