3vz6

Crystal Structure Analysis of the Mini-chaperonines, variant with Gly 184 replaced with Ile and Leu 185 replaced Val and Val 186 replaced with Leu.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60 kDa chaperonin

Escherichia coli

UniProt P0A6F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 191–376 片段:Apical domain, UNP residues 191-376 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.7;288 K;0.1M Tris-HCl,1M NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K 分辨率 1.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 81 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH60_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–199; UniProt 191–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3vz6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3vz6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vz6
沉积日期 deposition_date2012-10-09
结构标题 titleCrystal Structure Analysis of the Mini-chaperonines, variant with Gly 184 replaced with Ile and Leu 185 replaced Val and Val 186 replaced with Leu.
关键词 keywordsChaperonin, HSP60, GroEL, Cell division, ATP-binding, Phosphorylation, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.70
零角强度 I(0) i07800710.00
分子量 molecular_weight20743.0 kDa
排除体积 excluded_volume26202 ų
包络体积 envelope_volume30568 ų
水化壳体积 shell_volume15605 ų
包络直径 envelope_diameter59.0
壳层 Rg shell_rg22.51
包络 Rg envelope_rg17.12
形状 Rg shape_rg16.70
总 Rg total_rg17.72
总原子数 total_atoms1455
残基数 n_residues193
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9
Rg (实空间) rg_real17.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real7.8010e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7801000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.183
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1631000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3vz6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family familyc.8.5.1 — GroEL-like chaperone, apical domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3vz6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)