SAXSdb — 3ygs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APOPTOTIC PROTEASE ACTIVATING FACTOR 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–95	片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD)	PROCASPASE 9 × 1 （P55211）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3YGS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C15 SOLUTION STRUCTURE OF APAF-1 CARD 提交 1999-07-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–97（97 aa）片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM 15N LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL NMR样品组成 1MM 13C LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL NMR样品组成 1MM NON-LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL NMR样品组成 1MM 13C,15N LABELED, 80%DEUTERATED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL	分辨率未提供
1CWW SOLUTION STRUCTURE OF THE CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD) FROM APAF-1 提交 1999-08-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–97（97 aa）片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；30 K NMR测量条件 pH 6.7；30 K NMR测量条件 pH 6.7；30 K NMR样品组成 UNLABELLED 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL NMR样品组成 U-15N 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL NMR样品组成 U-15N; U-13C 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL	分辨率未提供
1CY5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE APAF-1 CARD 提交 1999-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–97（97 aa）片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 5 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS. PROTEIN SOLUTION: 5-20 MG/ML PROTEIN IN 0.02 MOLAR TRIS (PH 8.0-8.5) , 0.1-0.2 MOLAR SODIUM CHLORIDE. 0.005 MOLAR 2-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR SOLUTION: 8-20% (W/V) PEG 8000, 0.2 MOLAR TRIS (PH 7.5-8.0), 0.05-0.2 MOLAR ZINC ACETATE., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 17K	分辨率 1.30 Å R-free 0.199
1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–591（591 aa）片段：Apaf-1, residues 1-591	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10	分辨率 2.21 Å R-free 0.244
1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–591（591 aa）片段：Apaf-1, residues 1-591	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10	分辨率 2.21 Å R-free 0.244
1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–591（591 aa）片段：Apaf-1, residues 1-591	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10	分辨率 2.21 Å R-free 0.244
1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–591（591 aa）片段：Apaf-1, residues 1-591	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10	分辨率 2.21 Å R-free 0.244
2P1H Rapid Folding and Unfolding of Apaf-1 CARD 提交 2007-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–92（92 aa）片段：CARD domain (Residues 1-92)	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；200 mM Tris-HCl, pH 6.1, 200 mM zinc acetate, 17% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.59 Å R-free 0.297
2YGS CARD DOMAIN FROM APAF-1 提交 1999-05-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–92（92 aa）片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.236
3J2T An improved model of the human apoptosome 提交 2012-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1248（1248 aa）链 B 1–1248（1248 aa）链 C 1–1248（1248 aa）链 D 1–1248（1248 aa）链 E 1–1248（1248 aa）链 F 1–1248（1248 aa）链 G 1–1248（1248 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 low salt HEPES buffer；pH 7.5；20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 9.50 Å
3JBT Atomic structure of the Apaf-1 apoptosome 提交 2015-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1248（1248 aa）链 C 1–1248（1248 aa）链 E 1–1248（1248 aa）链 G 1–1248（1248 aa）链 I 1–1248（1248 aa）链 K 1–1248（1248 aa）链 M 1–1248（1248 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM HEPES (pH 7.5), 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT；pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
4RHW Crystal structure of Apaf-1 CARD and caspase-9 CARD complex 提交 2014-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–97（97 aa）片段：card domain 链 B 1–97（97 aa）片段：card domain 链 C 1–97（97 aa）片段：card domain 链 D 1–97（97 aa）片段：card domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；13% PEG 3000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES (pH5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1248（1248 aa）链 B 1–1248（1248 aa）链 C 1–1248（1248 aa）链 D 1–1248（1248 aa）链 E 1–1248（1248 aa）链 F 1–1248（1248 aa）链 G 1–1248（1248 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer A cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
5WVC Structure of the CARD-CARD disk 提交 2016-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–95（95 aa）片段：UNP RESIDUES 1-95 链 C 1–95（95 aa）片段：UNP RESIDUES 1-95 链 E 1–95（95 aa）片段：UNP RESIDUES 1-95	未记录	IOD IODIDE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M NH4I, 20% PEG 3350	分辨率 2.99 Å R-free 0.228
5WVE Apaf-1-Caspase-9 holoenzyme 提交 2016-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 A 1–1248（1248 aa）链 C 1–1248（1248 aa）链 E 1–1248（1248 aa）链 G 1–1248（1248 aa）链 I 1–1248（1248 aa）链 K 1–1248（1248 aa）链 M 1–1248（1248 aa）链 O 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102 链 P 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102 链 Q 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102 链 R 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102 链 W 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102 链 X 1–102（102 aa）片段：CARD domain, UNP residues 1-102	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–97（97 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.283
8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–97（97 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.283
8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–97（97 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.283
8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–97（97 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.283

共 13 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

PROCASPASE 9

Homo sapiens

UniProt P55211

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–96	片段：PRODOMAIN	APOPTOTIC PROTEASE ACTIVATING FACTOR 1 × 1 （O14727）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3YGS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NW9 STRUCTURE OF CASPASE-9 IN AN INHIBITORY COMPLEX WITH XIAP-BIR3 提交 2003-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 140–416（277 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
2AR9 Crystal structure of a dimeric caspase-9 提交 2005-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–416（277 aa）片段：residues 140-416 链 B 140–416（277 aa）片段：residues 140-416	突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	MLT D-MALATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2AR9 Crystal structure of a dimeric caspase-9 提交 2005-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 140–416（277 aa）片段：residues 140-416 链 D 140–416（277 aa）片段：residues 140-416	突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
4RHW Crystal structure of Apaf-1 CARD and caspase-9 CARD complex 提交 2014-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–100（100 aa）片段：card domain 链 F 1–100（100 aa）片段：card domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；13% PEG 3000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES (pH5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 O 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 P 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 Q 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 R 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer A cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9R44 Crystal structure of human caspase-9 CARD 提交 2025-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–99（99 aa）链 E 1–99（99 aa）链 H 1–99（99 aa）链 L 1–99（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.5 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, and pH 7.5 Protein concentration: 15 mg/ml Buffer in: 20 mM Hepes, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, and pH 7.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.265

共 7 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 2–97； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ygs
沉积日期 deposition_date	1999-05-08
结构标题 title	APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9
关键词 keywords	APOPTOSIS, CASPASE ACTIVATION, CASPASE RECRUITMENT, RECOGNITION COMPLEX; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.77 Å
零角强度 I(0) i0	9543450.00
分子量 molecular_weight	22202.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27515 Å³
包络体积 envelope_volume	31433 Å³
水化壳体积 shell_volume	15357 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.00 Å
包络 Rg envelope_rg	17.98 Å
形状 Rg shape_rg	17.77 Å
总 Rg total_rg	18.55 Å
总原子数 total_atoms	1553
残基数 n_residues	192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5430e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9543000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8749
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2326000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	APOPTOTIC PROTEASE ACTIVATING FACTOR 1
分子量 formula_weight	10925.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	1726

MDAKARNCLLQHREALEKDIKTSYIMDHMISDGFLTISEEEKVRNEPTQQQRAAMLIKMILKKDNDSYVSFYNALLHEGYKDLAALLHDGIPVVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROCASPASE 9
分子量 formula_weight	11312.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

SMDEADRRLLRRCRLRLVEELQVDQLWDVLLSRELFRPHMIEDIQRAGSGSRRDQARQLIIDLETRGSQALPLFISCLEDTGQDMLASFLRTNRQAG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	173

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3ygsc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.3 — Caspase recruitment domain, CARD

结构域编号 domain_id	d3ygsp1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.3 — Caspase recruitment domain, CARD

结构域编号 domain_id	d3ygsp2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3ygsC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ygsP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.500 Å
晶胞边长 b length_b	92.500 Å
晶胞边长 c length_c	136.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2990

fit	/app/data/saxs_computation/yg/3ygs/3ygs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yg/3ygs/3ygs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yg/3ygs/3ygs.dat

APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APOPTOTIC PROTEASE ACTIVATING FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROCASPASE 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)