SAXSdb — 487d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL1_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–224； UniProt 6–229

50S ribosomal protein L2

物种未注明

UniProt P04257

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL2_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–135； UniProt 61–195

50S ribosomal protein L6

物种未注明

UniProt P02391

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL6_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–164； UniProt 8–171

50S ribosomal protein L9

物种未注明

UniProt P02417

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL9_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

50S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P29395

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_THEMA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–133； UniProt 8–140

50S ribosomal protein L14

物种未注明

UniProt P04450

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL14_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

50S ribosomal protein L25

物种未注明

UniProt C3T3H7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C3T3H7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	487d
沉积日期 deposition_date	2000-02-23
结构标题 title	SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	;RIBOSOME, LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT, RIBOSOMAL PROTEIN, PROTEIN BIOSYNTHESIS, EM-RECONSTRUCTION, ATOMIC STRUCTURE, 3D ARRANGEMENT, FITTING ;; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

487d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

487d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

487d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	95.46 Å
Rg（电子密度）	95.86 Å
总 Rg	95.85 Å
原子数	8778
残基数	1018
排除体积	140930 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`487d__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L1
分子量 formula_weight	24331.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	8778

KRYRALLEKVDPNKIYTIDEAAHLVKELATAKFDETVEVHAKLGIDPRRSDQNVRGTVSLPHGLGKQVRVLAIAKGEKIKEAEEAGADYVGGEEIIQKILDGWMDFDAVVATPDVMGAVGSKLGRILGPRGLLPNPKAGTVGFNIGEIIREIKAGRIEFRNDKTGAIHAPVGKACFPPEKLADNIRAFIRALEAHKPEGAKGTFLRSVYVTTTMGPSVRINPHS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L2
分子量 formula_weight	14759.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QYRIIDFKRDKDGIPGRVATIEYDPNRSANIALINYADGEKRYIIAPKNLKVGMEIMSGPDADIKIGNALPLENIPVGTLVHNIELKPGRGGQLVRAAGTSAQVLGKEGKYVIVRLASGEVRMILGKCRATVGEV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L6
分子量 formula_weight	17811.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

PIEIPAGVTVTVNGNTVTVKGPKGELTRTFHPDMTITVEGNVITVTRPSDEKHHRALHGTTRSLLANMVEGVSKGYEKALELVGVGYRASKQGKKLVLSVGYSHPVEIEPEEGLEIEVPSQTKIIVKGADKQRVGELAANIRAVRPPEPYKGKGIRYEGELVRL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L9
分子量 formula_weight	16341.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MKVIFLKDVKGKGKKGEIKNVADGYANNFLFKQGLAIEATPANLKALEAQKQKEQRQAAEELANAKKLKEQLEKLTVTIPAKAGEGGRLFGSITSKQIAESLQAQHGLKLDKRKIELADAIRALGYTNVPVKLHPEVTATLKVHVTEQK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14294.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L14
分子量 formula_weight	13369.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIQQESRLKVADNSGAREVLVIKVLGGSGRRYANIGDVVVATVKDATPGGVVKKGQVVKAVVVRTKRGVRRPDGSYIRFDENACVIIRDDKSPRGTRIFGPVARELRDKDFMKIISLAPEVI

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L25
分子量 formula_weight	10713.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNMQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRHPYKPKLQHIDFVRA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d487dh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487di_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

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7. 引用文献 (9)

;The 3D arrangement of the 23 S and 5 S rRNA in the Escherichia coli 50 S ribosomal subunit based on a cryo-electron microscopic reconstruction at 7.5 A resolution. ;

J.Mol.Biol. (2000)

PMID: 10756104 · DOI: 10.1006/jmbi.2000.3635 PRIMARY

A Detailed View of a Ribosomal Active Site: The Structure of the Gtpase Center at 2.6 Angstroms Resolution.

Cell(Cambridge,Mass.) (1999)

DOI: 10.1016/S0092-8674(00)80759-X

The NMR Structure of the 5S Rrna E-Domain-Protein C25 Complex Shows Pre-Formed and Induced Recognition.

Embo J. (1999)

DOI: 10.1093/emboj/18.22.6508

;The Three-Dimensional Structure of the RNA-Binding Domain of Ribosomal Protein L2; a Protein at the Peptidyl Transferase Center of the Ribosome. ;

Embo J. (1999)

DOI: 10.1093/emboj/18.6.1459

The Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution

Structure (1999)

DOI: 10.1016/S0969-2126(00)88348-3

Ribosomal Protein L9: A Structure Determination by the Combined Use of X-Ray Crystallography and NMR Spectroscopy.

J.Mol.Biol. (1996)

DOI: 10.1006/jmbi.1996.0696

Crystal Structure of the RNA Binding Ribosomal Protein L1 from Thermus Thermophilus.

Embo J. (1996)

The Crystal Structure of Ribosomal Protein L14 Reveals an Important Organizational Component of the Translational Apparatus.

Structure (1996)

DOI: 10.1016/S0969-2126(96)00115-3

Ribosomal Protein L6: Structural Evidence of Gene Duplication from a Primitive RNA Binding Proetin.

Embo J. (1993)

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16000

SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

487d__assembly_1__model_1

487d__assembly_1__model_1 | I(q)

487d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer