487d

SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 308.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 6–229	未记录	50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD2 RIBOSOMAL PROTEIN L1 MUTANT WITH SERINE 179 REPLACED BY CYSTEINE 提交 1997-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–228（228 aa）	突变：S179C	SO4 SULFATE ION × 3 HG MERCURY (II) ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 DROPS CONTAINING: APPR. 15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 N 1–229（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 E 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 G 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
2HW8 Structure of ribosomal protein L1-mRNA complex at 2.1 resolution. 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG1000, sodium cacodylate,0.5% glycerol, 0.2 mM HgCl2 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
2OUM The first domain of L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–68（67 aa）链 A 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM acetate Na, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–68（67 aa）链 A 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–68（67 aa）链 B 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–68（67 aa）链 C 160–229（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–68（67 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229 链 A 160–229（70 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 2–68（67 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229 链 C 160–229（70 aa）片段：FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
3TG8 Mutant ribosomal protein L1 lacking ala158 from thermus thermophilus 提交 2011-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：lacking A158	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；30 mM Tris-HCl, 75 mM NaCl with of 15% PEG 4K, 50 mM Tris-HCl, 0.2 M KBr (# 10 of Clear Strategy Screen I (MDL)) and 14% 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.25 M MgCl2 in a 4:1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.226
3U4M Crystal structure of ribosomal protein tthl1 in complex with 80nt 23s rna from thermus thermophilus 提交 2011-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：V218R	SO4 SULFATE ION × 2 MLI MALONATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
3U56 Crystal structure of mutant ribosomal protein T217V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2011-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：V218R	MG MAGNESIUM ION × 11 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；295 K；50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
3UMY Crystal structure of mutant ribosomal protein T217A TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2011-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–229（228 aa）	突变：T217A	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
4F9T Ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus with substitution Thr217Ala 提交 2012-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：T217A	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；295 K；15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE,INITIALLY AT PH 10 5% (V/V)METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.46 Å R-free 0.202
4QG3 Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–229（228 aa）	突变：G219V	SO4 SULFATE ION × 5 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 URE UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；1.8 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris,pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–229（216 aa）	突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 14–229（216 aa）	突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–229（216 aa）链 B 14–229（216 aa）	突变：G219V 突变：G219V	CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4QVI Crystal structure of mutant ribosomal protein M218L TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：M218L	SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.05M MES , 0.01M Magnesium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
4REO Mutant ribosomal protein l1 from thermus thermophilus with threonine 217 replaced by valine 提交 2014-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–229（229 aa）	突变：T217V	SO4 SULFATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 GLY GLYCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；295 K；15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.209
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BC 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å
4V4P Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. 提交 2005-01-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 AC 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.50 Å R-free 0.356
4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.00 Å R-free 0.323
4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.50 Å R-free 0.326
4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 BC 0–228（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.51 Å R-free 0.345
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
4WZO Complex of 70S ribosome with tRNA-fMet and mRNA 提交 2014-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：56-MERIC	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 576 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 628 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 510 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
5EL5 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-MERIC	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 660 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.254
5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 593 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.10 Å R-free 0.249
5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 480 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.10 Å R-free 0.249
5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 687 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 574 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
5IB7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet, near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site and antibiotic paromomycin 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 695 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.99 Å R-free 0.241
5IB8 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 723 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 3.13 Å R-free 0.244
5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 736 SPE THERMINE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.96 Å R-free 0.243
5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：55-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 608 SPE THERMINE × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc	分辨率 2.96 Å R-free 0.243
5IMQ Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution 提交 2016-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 Z 1–229（229 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer G 5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5IMR Structure of ribosome bound to cofactor at 5.7 angstrom resolution 提交 2016-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 Z 1–229（229 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer G 5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
5J8B Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF-4/LepA) in complex with GDPCP bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome 提交 2016-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric	链 C 2–229（228 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 919 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.60 Å R-free 0.261
5NPM CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT RIBOSOMAL PROTEIN TTHL1 LACKING 8 N-TERMINAL RESIDUES IN COMPLEX WITH 80NT 23S RNA FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 2017-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 10–229（220 aa）	未记录	MLI MALONATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.4 M sodium malonate	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5ZLU Ribosome Structure bound to ABC-F protein. 提交 2018-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 Y 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 954 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme	分辨率 3.16 Å
6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 810 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme	分辨率 3.16 Å
6QNQ 70S ribosome initiation complex (IC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 169 MG MAGNESIUM ION × 543 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20K, PEG-550mme	分辨率 3.50 Å R-free 0.251
6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 71 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 211 MG MAGNESIUM ION × 585 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme	分辨率 3.10 Å R-free 0.253
6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 79 1–229（229 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 155 MG MAGNESIUM ION × 409 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme	分辨率 3.10 Å R-free 0.253

共 39 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL1_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–224； UniProt 6–229

50S ribosomal protein L2

物种未注明

UniProt P04257

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 61–195	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C04 IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI 提交 1999-07-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 60–196（137 aa）片段：CENTRAL RNA-BINDING DOMAINS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å
1RL2 RIBOSOMAL PROTEIN L2 RNA-BINDING DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–196（137 aa）	突变：METHIONINES ARE SUBSTITUED BY SELONOMETHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEK20000 IN 0.1M MES PH6, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1RL2 RIBOSOMAL PROTEIN L2 RNA-BINDING DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–196（137 aa）	突变：METHIONINES ARE SUBSTITUED BY SELONOMETHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEK20000 IN 0.1M MES PH6, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BD 60–196（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL2_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–135； UniProt 61–195

50S ribosomal protein L6

物种未注明

UniProt P02391

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 8–171	未记录	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C04 IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI 提交 1999-07-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–177（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 J 1–171（171 aa）	突变：B. STEAROTHERMOPHILUS SEQUENCE AND MODEL	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1RL6 RIBOSOMAL PROTEIN L6 提交 1999-01-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.302
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BH 1–177（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL6_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–164； UniProt 8–171

50S ribosomal protein L9

物种未注明

UniProt P02417

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–149	未记录	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQU SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L9 提交 1999-08-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–56（56 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 AMBIENT	分辨率未提供
1DIV RIBOSOMAL PROTEIN L9 提交 1996-07-02	聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 6 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M 突变：K12M	ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 20 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M 突变：K12M	ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 20 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2HVF Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9), G34dA 提交 2006-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：G34(DAL) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 IMD IMIDAZOLE × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 300 mM Zn Acetate, 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.208
2HVF Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9), G34dA 提交 2006-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：G34(DAL) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 8 IMD IMIDAZOLE × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 300 mM Zn Acetate, 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.208
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BK 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL9_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

50S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P29395

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 8–140	未记录	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6	分辨率 18.00 Å
1JQS Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1JQT Fitting of L11 protein in the low resolution cryo-EM map of E.coli 70S ribosome 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 10 MMC METHYL MERCURY ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–140（140 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 9 MMC METHYL MERCURY ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MVR Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome 提交 2002-09-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 L 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 polymix buffer；pH 7.5；polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 12.80 Å
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 2–141（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1	分辨率未提供
1PN7 Coordinates of S12, L11 proteins and P-tRNA, from the 70S X-ray structure aligned to the 70S Cryo-EM map of E.coli ribosome 提交 2003-06-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1PN8 Coordinates of S12, L11 proteins and E-site tRNA from 70S crystal structure separately fitted into the Cryo-EM map of E.coli 70S.EF-G.GDPNP complex. The atomic coordinates originally from the E-site tRNA were fitted in the position of the hybrid P/E-site tRNA. 提交 2003-06-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1R2W Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of the 70S ribosome 提交 2003-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
1R2X Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of EF-Tu ternary complex (GDP.Kirromycin) bound 70S ribosome 提交 2003-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70SEF-GGDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–71（65 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE	分辨率 11.20 Å
2JQ7 Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA 提交 2007-05-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1 NMR样品组成 0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2K3F Ribosomal protein L11 from Thermotoga maritima 提交 2008-05-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 15N] L11, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BL 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_THEMA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–133； UniProt 8–140

50S ribosomal protein L14

物种未注明

UniProt P04450

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–122	未记录	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L25 × 1 （C3T3H7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C04 IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI 提交 1999-07-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å
1WHI RIBOSOMAL PROTEIN L14 提交 1996-01-10	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.255
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BN 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL14_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

50S ribosomal protein L25

物种未注明

UniProt C3T3H7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–94	未记录	50S ribosomal protein L1 × 1 （P27150） 50S ribosomal protein L2 × 1 （P04257） 50S ribosomal protein L6 × 1 （P02391） 50S ribosomal protein L9 × 1 （P02417） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P29395） 50S ribosomal protein L14 × 1 （P04450）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 487D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V85 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome. 提交 2011-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric	链 BZ 1–94（94 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 493 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0, 25-35 mM KCL, 6.1% PEG 20000, 1% glycerol, 50mM sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	C3T3H7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	487d
沉积日期 deposition_date	2000-02-23
结构标题 title	SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	;RIBOSOME, LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT, RIBOSOMAL PROTEIN, PROTEIN BIOSYNTHESIS, EM-RECONSTRUCTION, ATOMIC STRUCTURE, 3D ARRANGEMENT, FITTING ;; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	95.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	95.86 Å
零角强度 I(0) i0	164285000.00
分子量 molecular_weight	111430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140930 Å³
包络体积 envelope_volume	432190 Å³
水化壳体积 shell_volume	38906 Å³
包络直径 envelope_diameter	246.6 Å
壳层 Rg shell_rg	101.50 Å
包络 Rg envelope_rg	82.21 Å
形状 Rg shape_rg	95.89 Å
总 Rg total_rg	95.85 Å
总原子数 total_atoms	8778
残基数 n_residues	1018
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	308.0 Å
Rg (实空间) rg_real	95.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	4.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	91.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	162000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6040
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	173.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.071
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.380
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L1
分子量 formula_weight	24331.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	8778

KRYRALLEKVDPNKIYTIDEAAHLVKELATAKFDETVEVHAKLGIDPRRSDQNVRGTVSLPHGLGKQVRVLAIAKGEKIKEAEEAGADYVGGEEIIQKILDGWMDFDAVVATPDVMGAVGSKLGRILGPRGLLPNPKAGTVGFNIGEIIREIKAGRIEFRNDKTGAIHAPVGKACFPPEKLADNIRAFIRALEAHKPEGAKGTFLRSVYVTTTMGPSVRINPHS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L2
分子量 formula_weight	14759.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QYRIIDFKRDKDGIPGRVATIEYDPNRSANIALINYADGEKRYIIAPKNLKVGMEIMSGPDADIKIGNALPLENIPVGTLVHNIELKPGRGGQLVRAAGTSAQVLGKEGKYVIVRLASGEVRMILGKCRATVGEV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L6
分子量 formula_weight	17811.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

PIEIPAGVTVTVNGNTVTVKGPKGELTRTFHPDMTITVEGNVITVTRPSDEKHHRALHGTTRSLLANMVEGVSKGYEKALELVGVGYRASKQGKKLVLSVGYSHPVEIEPEEGLEIEVPSQTKIIVKGADKQRVGELAANIRAVRPPEPYKGKGIRYEGELVRL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L9
分子量 formula_weight	16341.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MKVIFLKDVKGKGKKGEIKNVADGYANNFLFKQGLAIEATPANLKALEAQKQKEQRQAAEELANAKKLKEQLEKLTVTIPAKAGEGGRLFGSITSKQIAESLQAQHGLKLDKRKIELADAIRALGYTNVPVKLHPEVTATLKVHVTEQK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14294.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L14
分子量 formula_weight	13369.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIQQESRLKVADNSGAREVLVIKVLGGSGRRYANIGDVVVATVKDATPGGVVKKGQVVKAVVVRTKRGVRRPDGSYIRFDENACVIIRDDKSPRGTRIFGPVARELRDKDFMKIISLAPEVI

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L25
分子量 formula_weight	10713.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNMQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRHPYKPKLQHIDFVRA

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d487dh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487di_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d487dn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

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8. 引用文献 (9)

;The 3D arrangement of the 23 S and 5 S rRNA in the Escherichia coli 50 S ribosomal subunit based on a cryo-electron microscopic reconstruction at 7.5 A resolution. ;

J.Mol.Biol. (2000)

PMID: 10756104 · DOI: 10.1006/jmbi.2000.3635 PRIMARY

A Detailed View of a Ribosomal Active Site: The Structure of the Gtpase Center at 2.6 Angstroms Resolution.

Cell(Cambridge,Mass.) (1999)

DOI: 10.1016/S0092-8674(00)80759-X

The NMR Structure of the 5S Rrna E-Domain-Protein C25 Complex Shows Pre-Formed and Induced Recognition.

Embo J. (1999)

DOI: 10.1093/emboj/18.22.6508

;The Three-Dimensional Structure of the RNA-Binding Domain of Ribosomal Protein L2; a Protein at the Peptidyl Transferase Center of the Ribosome. ;

Embo J. (1999)

DOI: 10.1093/emboj/18.6.1459

The Escherichia coli large ribosomal subunit at 7.5 A resolution

Structure (1999)

DOI: 10.1016/S0969-2126(00)88348-3

Ribosomal Protein L9: A Structure Determination by the Combined Use of X-Ray Crystallography and NMR Spectroscopy.

J.Mol.Biol. (1996)

DOI: 10.1006/jmbi.1996.0696

Crystal Structure of the RNA Binding Ribosomal Protein L1 from Thermus Thermophilus.

Embo J. (1996)

The Crystal Structure of Ribosomal Protein L14 Reveals an Important Organizational Component of the Translational Apparatus.

Structure (1996)

DOI: 10.1016/S0969-2126(96)00115-3

Ribosomal Protein L6: Structural Evidence of Gene Duplication from a Primitive RNA Binding Proetin.

Embo J. (1993)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16000

fit	/app/data/saxs_computation/87/487d/487d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/87/487d/487d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/87/487d/487d.dat

SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

8. 引用文献 (9)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)