4aas

ATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 207.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60 KDA CHAPERONIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P0A6F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–548 链 B; UniProt 1–548 链 C; UniProt 1–548 链 D; UniProt 1–548 链 E; UniProt 1–548 链 F; UniProt 1–548 链 G; UniProt 1–548 链 H; UniProt 1–548 链 I; UniProt 1–548 链 J; UniProt 1–548 链 K; UniProt 1–548 链 L; UniProt 1–548 链 M; UniProt 1–548 链 N; UniProt 1–548 突变:YES PO4 PHOSPHATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:50 MM TRIS-HCL PH 7.4, 50 MM KCL AND 10 MM MGCL2, 200 UM ATP;pH 7.4;50 MM TRIS-HCL PH 7.4, 50 MM KCL AND 10 MM MGCL2, 200 UM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFIED WITH A VITROBOT AT 100 PERCENT HUMIDITY WITH 2-3 SECONDS BLOTTING TIME 分辨率 8.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 81 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH60_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 B; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 C; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 D; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 E; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 F; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 G; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 H; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 I; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 J; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 K; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 L; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 M; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 N; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4aas

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4aas
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4aas
沉积日期 deposition_date2011-12-05
结构标题 titleATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL
关键词 keywordsCHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.34
零角强度 I(0) i08549460000.00
分子量 molecular_weight774460.0 kDa
排除体积 excluded_volume968340 ų
包络体积 envelope_volume1582000 ų
水化壳体积 shell_volume192030 ų
包络直径 envelope_diameter202.7
壳层 Rg shell_rg76.33
包络 Rg envelope_rg62.09
形状 Rg shape_rg66.39
总 Rg total_rg66.29
总原子数 total_atoms54049
残基数 n_residues7323
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax207.5
Rg (实空间) rg_real66.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05
I(0) (实空间) i0_real8.5490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8571000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7947
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary99.2
偏度 Skewness skewness-0.061
峰度 Kurtosis kurtosis-0.467
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha2177000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)