4ap2

Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 2.8A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.1 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KELCH-LIKE PROTEIN 11

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–340	片段：BTB AND BACK DOMAIN, RESIDUES 67-340	CULLIN-3 × 1 （Q13618） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：25% PEG3350, 0.15M NAI, 8% ETHGLY	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AP2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3I3N Crystal structure of the BTB-BACK domains of human KLHL11 提交 2009-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 67–340（274 aa）片段：BTB-BACK domains (UNP residues 67-340) 链 B 67–340（274 aa）片段：BTB-BACK domains (UNP residues 67-340)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.25M K thiocyanate, 25w/v PEG 3350, 5v/v ethylene glycol, bis tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
4APF Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 3.1A resolution 提交 2012-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–340（274 aa）片段：BTB DOMAIN, BACK DOMAIN, RESIDUES 67-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.12 M K CITRATE; 17% PEG 3350; 10% ETHYLENE GLYCOL; PH 6.5 BIS TRIS PROPANE	分辨率 3.10 Å R-free 0.222

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLH11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–297； UniProt 67–340

CULLIN-3

HOMO SAPIENS

UniProt Q13618

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–388	片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-388 突变：YES	KELCH-LIKE PROTEIN 11 × 1 （Q9NVR0） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：25% PEG3350, 0.15M NAI, 8% ETHGLY	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4AP2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MYL Cullin3 - BTB interface: a novel target for stapled peptides 提交 2015-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–68（20 aa）片段：UNP residues 49-68	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Cul349-68EN, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
2MYM Cullin3 - BTB interface: a novel target for stapled peptides 提交 2015-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–68（20 aa）片段：UNP residues 49-68	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Cul349-68LA, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
4APF Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 3.1A resolution 提交 2012-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–388（366 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 23-388	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.12 M K CITRATE; 17% PEG 3350; 10% ETHYLENE GLYCOL; PH 6.5 BIS TRIS PROPANE	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–381（362 aa）片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381 链 D 20–381（362 aa）片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381	突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–381（362 aa）片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381	突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–381（362 aa）片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381	突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4HXI Crystal structure of KLHL3/Cul3 complex 提交 2012-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–381（362 aa）片段：NTD	突变：K274R, I342R, L346D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M ammonium tartrate, 14% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.51 Å R-free 0.278
5NLB Crystal structure of human CUL3 N-terminal domain bound to KEAP1 BTB and 3-box 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–381（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.2M potassium citrate tribasic	分辨率 3.45 Å R-free 0.288
6I2M Crystal structure of vaccinia virus protein A55 BTB-Back domain in complex with human Cullin-3 N-terminus 提交 2018-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–388（366 aa）	突变：I342R and L346D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.29% tacsimate pH 6.5, 9.92% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
8GQ6 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1 dimeric complex 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8H33 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.86 Å
8H34 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 hexameric complex 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.99 Å
8H35 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 octameric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）链 T 1–768（768 aa）链 V 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.41 Å
8H36 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8H37 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a tetrameric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.52 Å
8H38 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8	分辨率 4.25 Å
8H3A Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.51 Å
8H3F Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.73 Å
8H3Q Cryo-EM Structure of the CAND1-Cul3-Rbx1 complex 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
8H3R Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8 dimeric complex 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.36 Å
8I79 Cryo-EM structure of KCTD7 in complex with Cullin3 提交 2023-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 22–388（367 aa）链 C 22–388（367 aa）链 E 22–388（367 aa）链 H 22–388（367 aa）链 J 22–388（367 aa）	突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8K8T Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex 提交 2023-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–768（768 aa）链 D 1–768（768 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8K9I Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif 提交 2023-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–768（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8KHP CULLIN3-KLHL22-RBX1 E3 ligase 提交 2023-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 D 1–768（768 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
8U80 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD) 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U81 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
8U82 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State B From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 2–381（380 aa）链 C2 2–381（380 aa）链 C3 2–381（380 aa）链 C4 2–381（380 aa）链 C5 2–381（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8U83 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State C From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C2 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C3 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C4 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C5 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
8U84 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State D From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
9EGL Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-3 提交 2024-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9RWZ ZSWIM8-CUL3 complex bound to AGO2-miR-7-CYRANO 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 H 1–390（390 aa）链 I 1–390（390 aa）	突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å

共 29 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ap2
沉积日期 deposition_date	2012-03-30
结构标题 title	Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 2.8A resolution
关键词 keywords	UBIQUITINATION, E3 LIGASE, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.27 Å
零角强度 I(0) i0	73021100.00
分子量 molecular_weight	67835.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84493 Å³
包络体积 envelope_volume	124750 Å³
水化壳体积 shell_volume	29216 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.82 Å
包络 Rg envelope_rg	37.70 Å
形状 Rg shape_rg	38.34 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	4783
残基数 n_residues	625
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8016
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.602
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4627000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.553; Smooth: 0.692

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KELCH-LIKE PROTEIN 11
分子量 formula_weight	34526.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5001

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMEAEDFECSSHCSELSWRQNEQRRQGLFCDITLCFGGAGGREFRAHRSVLAAATEYFTPLLSGQFSESRSGRVEMRKWSSEPGPEPDTVEAVIEYMYTGRIRVSTGSVHEVLELADRFLLIRLKEFCGEFLKKKLHLSNCVAIHSLAHMYTLSQLALKAADMIRRNFHKVIQDEEFYTLPFHLIRDWLSDLEITVDSEEVLFETVLKWVQRNAEERERYFEELFKLLRLSQMKPTYLTRHVKPERLVANNEVCVKLVADAVERHALRAENIQSGT

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CULLIN-3
分子量 formula_weight	48193.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYRQGLDDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLAENLYFQSHHHHHHDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	207

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4ap2b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.17 — Cullin repeat-like
家族 Family family	a.118.17.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4ap2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	4ap2A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 —

结构域编号 domain_id	4ap2B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4ap2B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4ap2B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.536 Å
晶胞边长 b length_b	40.162 Å
晶胞边长 c length_c	234.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.940 Å
R 因子 r_factor	0.2059
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2356

fit	/app/data/saxs_computation/ap/4ap2/4ap2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ap/4ap2/4ap2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ap/4ap2/4ap2.dat

Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 2.8A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KELCH-LIKE PROTEIN 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CULLIN-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)