4cdk

Structure of ZNRF3-RSPO1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	R-SPONDIN-1 × 1 （Q2MKA7） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	R-SPONDIN-1 × 1 （Q2MKA7） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	R-SPONDIN-1 × 1 （Q2MKA7） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	R-SPONDIN-1 × 1 （Q2MKA7） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZNRF3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–155； UniProt 53–205 作者链 B； PDB构建体 3–155； UniProt 53–205 作者链 C； PDB构建体 3–155； UniProt 53–205 作者链 D； PDB构建体 3–155； UniProt 53–205

R-SPONDIN-1

HOMO SAPIENS

UniProt Q2MKA7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7） water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 1 （Q5SSZ7） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–117； UniProt 31–145 作者链 F； PDB构建体 3–117； UniProt 31–145 作者链 G； PDB构建体 3–117； UniProt 31–145 作者链 H； PDB构建体 3–117； UniProt 31–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cdk
沉积日期 deposition_date	2013-11-01
结构标题 title	Structure of ZNRF3-RSPO1
关键词 keywords	LIGASE, WNT SIGNALING, ADULT STEM CELLS, E3 LIGASE, PROTEASE-ASSOCIATED DOMAIN, ZINC RING FINGER, LGR5, R-SPONDIN; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4cdk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4cdk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4cdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.83 Å
Rg（电子密度）	20.96 Å
总 Rg	21.73 Å
原子数	1990
残基数	262
排除体积	35308 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4cdk__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4cdk__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4cdk__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4cdk__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3
分子量 formula_weight	17986.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7982

GSKETAFVEVVLFESSPSGDYTTHTTGLTGRFSRAGAMLSAEGEIVQMHPLGLCNNNDEEDLYEYGWVGVVKLEQPELDPKPCLTVLGKAKRAVQRGATAVIFDVSENPEAIDQLNQGSEDPLKRPVVYVKGADAIKLMNIVNKQKVARARIQHLAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	R-SPONDIN-1
分子量 formula_weight	13706.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GSRISAEGSQACAKGCELCSEVNGCLKCSPKLFILLERNDIRQVGVCLPSCPPGYFDARNPDMNKCIKCKIEHCEACFSHNFCTKCKEGLYLHKGRCYPACPEGSSAANGTMECSSPAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HHUMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4cdke_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

结构域编号 domain_id	d4cdkf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

结构域编号 domain_id	d4cdkg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

结构域编号 domain_id	d4cdkh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4cdkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4cdkB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4cdkC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4cdkD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4cdkE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4cdkF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4cdkG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4cdkH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	51.700 Å
晶胞边长 b length_b	80.160 Å
晶胞边长 c length_c	82.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	66.27 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.66 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	44.706 Å
R 因子 r_factor	0.2192
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2464

Structure of ZNRF3-RSPO1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

R-SPONDIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cdk__assembly_1__model_1

4cdk__assembly_1__model_1 | I(q)

4cdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of ZNRF3-RSPO1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

R-SPONDIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cdk__assembly_1__model_1

4cdk__assembly_1__model_1 | I(q)

4cdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)