4ekk

Akt1 with AMP-PNP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAC-alpha serine/threonine-protein kinase

Homo sapiens

UniProt P31749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 144–480 片段:UNP residues 144-480 突变:S473D 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Glycogen synthase kinase-3 beta × 1 (P49841) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;293 K;20% PEG4K, 100mM Tris-pH7.5, Under Oil, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 144–480 片段:UNP residues 144-480 突变:S473D 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Glycogen synthase kinase-3 beta × 1 (P49841) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;293 K;20% PEG4K, 100mM Tris-pH7.5, Under Oil, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AKT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–341; UniProt 144–480 作者链 B; PDB构建体 5–341; UniProt 144–480

Glycogen synthase kinase-3 beta

物种未注明

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 3–12 片段:UNP residues 3-12 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase × 1 (P31749) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;293 K;20% PEG4K, 100mM Tris-pH7.5, Under Oil, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 3–12 片段:UNP residues 3-12 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase × 1 (P31749) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;293 K;20% PEG4K, 100mM Tris-pH7.5, Under Oil, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSK3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–10; UniProt 3–12 作者链 D; PDB构建体 1–10; UniProt 3–12

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ekk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ekk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ekk
沉积日期 deposition_date2012-04-09
结构标题 titleAkt1 with AMP-PNP
关键词 keywordsPhosphotransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.71
零角强度 I(0) i098052600.00
分子量 molecular_weight77754.0 kDa
排除体积 excluded_volume97083 ų
包络体积 envelope_volume122980 ų
水化壳体积 shell_volume34150 ų
包络直径 envelope_diameter98.8
壳层 Rg shell_rg37.30
包络 Rg envelope_rg29.45
形状 Rg shape_rg29.71
总 Rg total_rg30.44
总原子数 total_atoms5456
残基数 n_residues656
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.3
Rg (实空间) rg_real30.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real9.8050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal98050000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.3
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.699
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha43040000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.906

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4ekkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4ekkA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4ekkB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4ekkB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)