4eoz

Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 166.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 177–319 链 C； UniProt 177–319	片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	Cullin-3 × 2 （Q13618）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 177–319	片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	Cullin-3 × 1 （Q13618）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 177–319	片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	Cullin-3 × 1 （Q13618）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EOZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CR2 Solution structure of N-terminal domain of speckle-type POZ protein 提交 2005-05-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–173（146 aa）片段：math domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.25mM math domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3HQI Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329 链 B 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329	突变：D140G 突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.62 Å R-free 0.275
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–166（139 aa）链 B 28–166（139 aa）	突变：D140G 突变：D140G	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.43 Å R-free 0.206
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329 链 B 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329 链 D 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HU6 Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329 链 B 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329	突变：D140G 突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3IVB Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1 提交 2009-08-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.247
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 提交 2009-09-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.199
4HS2 Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain 提交 2012-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 270–374（105 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 270-374)	突变：L273D, L282D, L285K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.53 Å R-free 0.151
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 169–374（206 aa）片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374	突变：Y353E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 169–374（206 aa）片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374	突变：Y353E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4O1V SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer 提交 2013-12-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：MATH domain (UNP residues 28-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
6F8F Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–166（139 aa）链 B 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–166（139 aa）链 E 28–166（139 aa）	突变：D140N 突变：D140N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 G 28–166（139 aa）	突变：D140N 突变：D140N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4	分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIP X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4. Two ul of the protein at 24 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with 2 ul of the reservoir solution. The reservoir solution was 0.5 ml.	分辨率 1.48 Å R-free 0.205
7LIQ X-ray structure of SPOP MATH domain (S119A) 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the SPOP MATH S119A at 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3,350).	分辨率 1.98 Å R-free 0.225
8DWS Full-length E47K SPOP 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 G 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）	突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
8DWT SPOP W22R Form 2 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）链 E 2–374（373 aa）链 F 2–374（373 aa）链 G 2–374（373 aa）链 H 2–374（373 aa）链 I 2–374（373 aa）链 J 2–374（373 aa）链 K 2–374（373 aa）链 L 2–374（373 aa）	突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8DWU SPOP W22R Form 1 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 C 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）链 I 1–374（374 aa）链 J 1–374（374 aa）	突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8DWV Full-length wild type SPOP 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 E 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 G 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.214
9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
9OUT SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 C 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 G 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）链 I 1–374（374 aa）链 J 1–374（374 aa）链 K 1–374（374 aa）链 L 1–374（374 aa）链 M 1–374（374 aa）链 N 1–374（374 aa）链 P 1–374（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9OUU SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 C 1–373（373 aa）链 D 1–373（373 aa）链 E 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 G 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）链 I 1–373（373 aa）链 J 1–373（373 aa）链 K 1–373（373 aa）链 L 1–373（373 aa）链 M 1–373（373 aa）链 N 1–373（373 aa）链 P 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9OUW SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 D 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）链 I 1–373（373 aa）链 J 1–373（373 aa）链 L 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPOP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–145； UniProt 177–319 作者链 C； PDB构建体 3–145； UniProt 177–319

Cullin-3

Homo sapiens

UniProt Q13618

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 20–381 链 D； UniProt 20–381	片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381 突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Speckle-type POZ protein × 2 （O43791）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 20–381	片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381 突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Speckle-type POZ protein × 1 （O43791）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 20–381	片段：N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381 突变：I342R, L346D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Speckle-type POZ protein × 1 （O43791）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4EOZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MYL Cullin3 - BTB interface: a novel target for stapled peptides 提交 2015-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–68（20 aa）片段：UNP residues 49-68	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Cul349-68EN, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
2MYM Cullin3 - BTB interface: a novel target for stapled peptides 提交 2015-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–68（20 aa）片段：UNP residues 49-68	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Cul349-68LA, trifluoroethanol/water \| trifluoroethanol/water	分辨率未提供
4AP2 Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 2.8A resolution 提交 2012-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–388（388 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-388	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% PEG3350, 0.15M NAI, 8% ETHGLY	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4APF Crystal structure of the human KLHL11-Cul3 complex at 3.1A resolution 提交 2012-04-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–388（366 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 23-388	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.12 M K CITRATE; 17% PEG 3350; 10% ETHYLENE GLYCOL; PH 6.5 BIS TRIS PROPANE	分辨率 3.10 Å R-free 0.222
4HXI Crystal structure of KLHL3/Cul3 complex 提交 2012-11-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–381（362 aa）片段：NTD	突变：K274R, I342R, L346D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M ammonium tartrate, 14% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.51 Å R-free 0.278
5NLB Crystal structure of human CUL3 N-terminal domain bound to KEAP1 BTB and 3-box 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–381（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.2M potassium citrate tribasic	分辨率 3.45 Å R-free 0.288
6I2M Crystal structure of vaccinia virus protein A55 BTB-Back domain in complex with human Cullin-3 N-terminus 提交 2018-11-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–388（366 aa）	突变：I342R and L346D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.29% tacsimate pH 6.5, 9.92% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
8GQ6 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1 dimeric complex 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8H33 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.86 Å
8H34 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 hexameric complex 提交 2022-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.99 Å
8H35 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 octameric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 H 1–768（768 aa）链 I 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）链 T 1–768（768 aa）链 V 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.41 Å
8H36 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8H37 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a tetrameric complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）链 M 1–768（768 aa）链 O 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.52 Å
8H38 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8	分辨率 4.25 Å
8H3A Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.51 Å
8H3F Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN complex 提交 2022-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.73 Å
8H3Q Cryo-EM Structure of the CAND1-Cul3-Rbx1 complex 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
8H3R Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8 dimeric complex 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 F 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.36 Å
8I79 Cryo-EM structure of KCTD7 in complex with Cullin3 提交 2023-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 22–388（367 aa）链 C 22–388（367 aa）链 E 22–388（367 aa）链 H 22–388（367 aa）链 J 22–388（367 aa）	突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8K8T Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex 提交 2023-07-31	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–768（768 aa）链 D 1–768（768 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8K9I Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif 提交 2023-08-01	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–768（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8KHP CULLIN3-KLHL22-RBX1 E3 ligase 提交 2023-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–768（768 aa）链 D 1–768（768 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
8U80 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD) 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U81 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
8U82 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State B From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 2–381（380 aa）链 C2 2–381（380 aa）链 C3 2–381（380 aa）链 C4 2–381（380 aa）链 C5 2–381（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8U83 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State C From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C2 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C3 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C4 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381 链 C5 1–381（381 aa）片段：UNP residues 1-381	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
8U84 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State D From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 C1 1–381（381 aa）链 C2 1–381（381 aa）链 C3 1–381（381 aa）链 C4 1–381（381 aa）链 C5 1–381（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
9EGL Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-3 提交 2024-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–768（768 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9RWZ ZSWIM8-CUL3 complex bound to AGO2-miR-7-CYRANO 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 H 1–390（390 aa）链 I 1–390（390 aa）	突变：I342R, L346D 突变：I342R, L346D	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–364； UniProt 20–381 作者链 D； PDB构建体 3–364； UniProt 20–381

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4eoz
沉积日期 deposition_date	2012-04-16
结构标题 title	Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain
关键词 keywords	E3 Ubiquitin Ligase, Nucleus, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.51 Å
零角强度 I(0) i0	162330000.00
分子量 molecular_weight	98305.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120580 Å³
包络体积 envelope_volume	180530 Å³
水化壳体积 shell_volume	39074 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.40 Å
包络 Rg envelope_rg	44.39 Å
形状 Rg shape_rg	44.34 Å
总 Rg total_rg	44.88 Å
总原子数 total_atoms	6739
残基数 n_residues	797
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.5 Å
Rg (实空间) rg_real	44.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	162200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7499
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.647
峰度 Kurtosis kurtosis	0.198
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5973000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.541; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.512; Smooth: 0.611

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Speckle-type POZ protein
分子量 formula_weight	16167.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6785

GSNMVKVPECRLADELGGLWENSRFTDCCLCVAGQEFQAHKAILAARSPVFSAMFEHEMEESKKNRVEINDVEPEVFKEMMCFIYTGKAPNLDKMADDLLAAADKYALERLKVMCEDALCSNLSVENAAEILILADLHSADQLKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cullin-3
分子量 formula_weight	43461.7 kDa
突变 mutation	I342R, L346D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYRQGLDDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4eozA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	4eozB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4eozB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4eozB03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	4eozC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	4eozD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4eozD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4eozD03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	213.166 Å
晶胞边长 b length_b	76.944 Å
晶胞边长 c length_c	85.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	19.610 Å
R 因子 r_factor	0.2137
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2627

fit	/app/data/saxs_computation/eo/4eoz/4eoz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/4eoz/4eoz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/4eoz/4eoz.dat

Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cullin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)