4gnf

Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase NSD3

Homo sapiens

UniProt Q9BZ95

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1310–1413 片段:UNP RESIDUES 1310-1413 Histone H3.3 × 1 (P84243) ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;283 K;0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.55 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSD3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–107; UniProt 1310–1413

Histone H3.3

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–16 片段:UNP RESIDUES 2-16 Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 × 1 (Q9BZ95) ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;283 K;0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.55 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H33_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–15; UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gnf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gnf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gnf
沉积日期 deposition_date2012-08-17
结构标题 titleCrystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15
关键词 keywordszinc finger, transcription, histone, nuclear protein, TRANSFERASE-NUCLEAR PROTEIN complex; TRANSFERASE/NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.01
零角强度 I(0) i03565880.00
分子量 molecular_weight12030.0 kDa
排除体积 excluded_volume14425 ų
包络体积 envelope_volume16901 ų
水化壳体积 shell_volume10516 ų
包络直径 envelope_diameter48.1
壳层 Rg shell_rg19.14
包络 Rg envelope_rg14.39
形状 Rg shape_rg14.01
总 Rg total_rg15.01
总原子数 total_atoms819
残基数 n_residues105
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.6
Rg (实空间) rg_real14.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real3.5660e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3566000.0000
解质量估计 total_estimate0.8896
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.3
偏度 Skewness skewness0.186
峰度 Kurtosis kurtosis-0.412
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha421700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4gnfA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)