4gng

Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase NSD3

Homo sapiens

UniProt Q9BZ95

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1310–1413 片段:UNP RESIDUES 1310-1413 Histone H3.3 × 1 (P84243) ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;283 K;0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.73 Å R-free 0.214
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1310–1413 片段:UNP RESIDUES 1310-1413 Histone H3.3 × 1 (P84243) ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;283 K;0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.73 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSD3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–107; UniProt 1310–1413 作者链 D; PDB构建体 4–107; UniProt 1310–1413

Histone H3.3

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–16 片段:UNP RESIDUES 2-16 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 × 1 (Q9BZ95) ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;283 K;0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.73 Å R-free 0.214
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–16 片段:UNP RESIDUES 2-16 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 × 1 (Q9BZ95) ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;283 K;0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K 分辨率 1.73 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H33_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–15; UniProt 2–16 作者链 F; PDB构建体 1–15; UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gng

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gng
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gng
沉积日期 deposition_date2012-08-17
结构标题 titleCrystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide
关键词 keywordszinc finger, transcription, histone, lysine methyaltion, nuclear protein, TRANSFERASE-NUCLEAR PROTEIN complex; TRANSFERASE/NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.47
零角强度 I(0) i013088400.00
分子量 molecular_weight24714.0 kDa
排除体积 excluded_volume29726 ų
包络体积 envelope_volume40580 ų
水化壳体积 shell_volume15462 ų
包络直径 envelope_diameter89.3
壳层 Rg shell_rg28.85
包络 Rg envelope_rg24.43
形状 Rg shape_rg24.50
总 Rg total_rg24.95
总原子数 total_atoms1682
残基数 n_residues210
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.1
Rg (实空间) rg_real24.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78
I(0) (实空间) i0_real1.3090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13090000.0000
解质量估计 total_estimate0.7706
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.3
偏度 Skewness skewness0.437
峰度 Kurtosis kurtosis-0.675
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha740400.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.584; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.329; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4gngA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id4gngD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)