4gu0

Crystal structure of LSD2 with H3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 177.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific histone demethylase 1B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 51–822 链 C； UniProt 51–822	片段：UNP residues 51-822	Histone H3.3 × 1 （P84243） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 51–822 链 D； UniProt 51–822	片段：UNP residues 51-822	Histone H3.3 × 1 （P84243） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GU0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FWE Native structure of LSD2 /AOF1/KDM1b in spacegroup of C2221 at 2.13A 提交 2012-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；289 K；21% PEG3350, 200mM diammonium citrate, pH 7, EVAPORATION, temperature 289K	分辨率 2.13 Å R-free 0.246
4FWE Native structure of LSD2 /AOF1/KDM1b in spacegroup of C2221 at 2.13A 提交 2012-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 6 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FLC CITRATE ANION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；289 K；21% PEG3350, 200mM diammonium citrate, pH 7, EVAPORATION, temperature 289K	分辨率 2.13 Å R-free 0.246
4FWF Complex structure of LSD2/AOF1/KDM1b with H3K4 mimic 提交 2012-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；21% PEG3350, 200mM diammonium citrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
4FWJ Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A 提交 2012-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
4FWJ Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A 提交 2012-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
4FWJ Native structure of LSD2/AOF1/KDM1b in spacegroup of I222 at 2.9A 提交 2012-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822 链 B 30–822（793 aa）片段：UNP residues 30-822	未记录	ZN ZINC ION × 6 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 K POTASSIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
4GU1 Crystal structure of LSD2 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate, 7% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.228
4GU1 Crystal structure of LSD2 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate, 7% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.228
4GU1 Crystal structure of LSD2 提交 2012-08-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822 链 B 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate, 7% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.228
4GUR Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.204
4GUS Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P3221 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 IOD IODIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M Ammonium Iodide, 0.1M MES, 10% PEG3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.23 Å R-free 0.237
4GUT Crystal structure of LSD2-NPAC 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
4GUU Crystal structure of LSD2-NPAC with tranylcypromine 提交 2012-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FA9 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(3R,3aS,7aR)-10,11-dimethyl-1,4,6-trioxo-3-phenyl-2,3,5,6,7,7a-hexahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
4HSU Crystal structure of LSD2-NPAC with H3(1-26)in space group P21 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 51–822（772 aa）片段：UNP residues 51-822	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.232
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 K 51–822（772 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.36 Å
6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 K 51–822（772 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
7XE1 Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-PCPA 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DIJ 3-(4-bromophenyl)propanal × 1 FLC CITRATE ANION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；320mM Ammonium citrate, 22% PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.192
7XE1 Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-PCPA 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DIJ 3-(4-bromophenyl)propanal × 1 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；320mM Ammonium citrate, 22% PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.192
7XE2 Crystal structure of LSD2 in complex with trans-4-Br-PCPA 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 DIJ 3-(4-bromophenyl)propanal × 2 FLC CITRATE ANION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；300mM Ammonium citrate, 24% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.194
7XE2 Crystal structure of LSD2 in complex with trans-4-Br-PCPA 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 DIJ 3-(4-bromophenyl)propanal × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；300mM Ammonium citrate, 24% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.194
7XE3 Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-2,5-F2-PCPA (S1024) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8A2 3-[4-bromanyl-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]propanal × 1 FLC CITRATE ANION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；330mM Ammonium citrate, 26% PEG 3350	分辨率 2.82 Å R-free 0.222
7XE3 Crystal structure of LSD2 in complex with cis-4-Br-2,5-F2-PCPA (S1024) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–822（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8A2 3-[4-bromanyl-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]propanal × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；330mM Ammonium citrate, 26% PEG 3350	分辨率 2.82 Å R-free 0.222

共 14 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–776； UniProt 51–822 作者链 B； PDB构建体 5–776； UniProt 51–822 作者链 C； PDB构建体 5–776； UniProt 51–822 作者链 D； PDB构建体 5–776； UniProt 51–822

Histone H3.3

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–27	片段：UNP residues 2-27 突变：K4M	Lysine-specific histone demethylase 1B × 2 （Q8NB78） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2–27	片段：UNP residues 2-27 突变：K4M	Lysine-specific histone demethylase 1B × 2 （Q8NB78） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4GU0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L43 Structural basis for histone code recognition by BRPF2-PHD1 finger 提交 2010-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–13（12 aa）	突变：C29S, C36S	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.6mM ZINC ION-2, 20mM Bis-Tris-3, 150mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-5, 1.6mM ZINC ION-6, 20mM Bis-Tris-7, 150mM sodium chloride-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–14（13 aa）片段：residues in UNP 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–12（11 aa）片段：residues in UNP 2-12	未记录	ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.41 Å R-free 0.196
3AV2 The human nucleosome structure containing the histone variant H3.3 提交 2011-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.272
3JVK Crystal structure of bromodomain 1 of mouse Brd4 in complex with histone H3-K(ac)14 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 13–20（8 aa）片段：UNP residues 13-20	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 10-times excess of histone peptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.259
3MUK Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with propionylated histone H3-K(prop)23 提交 2010-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–29（8 aa）片段：histone H3 peptide, UNP residues 22-29	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.219
3MUL Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with butyrylated histone H3-K(buty)14 提交 2010-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–20（8 aa）片段：histone H3 peptide, UNP residues 13-20	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
3QL9 Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：K9 trimethylated H3 N-terminal fragment, UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 0.93 Å R-free 0.131
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–16（15 aa）片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.241
3WTP Crystal Structure of the heterotypic nucleosome containing human CENP-A and H3.3 提交 2014-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.67 Å R-free 0.270
4GNE Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-7 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–8（7 aa）片段：UNP RESIDUES 2-8	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris-HCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
4GNF Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.55 Å R-free 0.205
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）片段：UNP RESIDUES 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4GUR Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21 提交 2012-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：UNP residues 2-22	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.204
4GUS Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P3221 提交 2012-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：UNP residues 2-22	突变：K4M	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 IOD IODIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M Ammonium Iodide, 0.1M MES, 10% PEG3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.23 Å R-free 0.237
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–18（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–18（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4H9N Complex structure 1 of DAXX/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4H9O Complex structure 2 of DAXX/H3.3(sub5,G90M)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90M, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）	突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F 突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
4HGA Structure of the variant histone H3.3-H4 heterodimer in complex with its chaperone DAXX 提交 2012-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	PC4 TETRACHLOROPLATINATE(II) × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；298 K；0.1M HEPES-Na, pH 7.6, 23% (v/v) PEG 3350, 0.25M Ammonium acetate, 1% Tacsimate pH 7.0, 6% ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4N4I Crystal structure of the Bromo-PWWP of the mouse zinc finger MYND-type containing 11 isoform alpha in complex with histone H3.3K36me3 提交 2013-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–43（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 0.2M Li2SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
4QQ4 CW-type zinc finger of MORC3 in complex with the amino terminus of histone H3 提交 2014-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–16（15 aa）片段：unp residues 2-16 链 D 2–16（15 aa）片段：unp residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M ammonium chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.223
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–12（11 aa）片段：UNP residues 2-12	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–12（11 aa）片段：UNP residues 2-12	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 2–13（12 aa）链 G 2–13（12 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–16（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5B32 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.259
5B33 The crystal structure of the H2AZ nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.92 Å R-free 0.252
5BNV Crystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136 链 D 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.220
5BNX Crystal structure of Human MCM2 HBD and ASF1b chaperoning a histone H3.3-H4 dimer 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）片段：UNP residues 58-136	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5	分辨率 2.31 Å R-free 0.213
5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.257
5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.257
5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31 链 G 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31 链 I 14–31（18 aa）片段：UNP residues 14-31	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
5JA4 Crystal structure of human TONSL and MCM2 HBDs binding to a histone H3-H4 tetramer 提交 2016-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.1M MES pH 5.6, 7% isopropanol	分辨率 2.42 Å R-free 0.246
5JJY Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36M peptide 提交 2016-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–43（14 aa）片段：H3 peptide, UNP residues 30-43	突变：K36M	ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.213
5JLB Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36I peptide 提交 2016-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–43（14 aa）片段：H3 peptide, UNP residues 30-43	突变：K36I	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
5KDM Crystal structure of EBV tegument protein BNRF1 in complex with histone chaperone DAXX and histones H3.3-H4 提交 2016-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1M MES pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
5X7X The crystal structure of the nucleosome containing H3.3 at 2.18 angstrom resolution 提交 2017-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.18 Å R-free 0.256
6A5L RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA 提交 2018-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
6A5O RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-6) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.90 Å
6A5P RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6A5R RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
6A5T RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
6A5U RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA, tilt conformation 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 4–18（15 aa）	突变：K9R	ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.	分辨率 2.33 Å R-free 0.280
6INQ RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA (+1 position) 提交 2018-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.90 Å
6IR9 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J4W RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.90 Å
6J4X RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1A) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6J4Y RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1B) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6J4Z RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6J50 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (tilted conformation) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6J51 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome, weak Elf1 (+1 position) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FLC CITRATE ANION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6R0C Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6RNY PFV intasome - nucleosome strand transfer complex 提交 2019-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 min incubation 3.5s blot	分辨率 3.90 Å
6U04 Crystal structure of human BRPF1 PZP bound to histone H3 tail 提交 2019-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–13（12 aa）	未记录	PR PRASEODYMIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 40% (v/v) PEG400, and 0.01M Praseodymium(III) acetate hydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.208
7A08 CryoEM Structure of cGAS Nucleosome complex 提交 2020-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 d 2–136（135 aa）链 h 2–136（135 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 58–136（79 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
7CWH Structural basis of RACK7 PHD to read a pediatric glioblastoma-associated histone mutation H3.3G34R 提交 2020-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–42（11 aa）	突变：G34R	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DDT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] G34R, 1.2 mM RACK7 PHD, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 14–23（10 aa）链 F 14–23（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MLI MALONATE ION × 2 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 14–23（10 aa）链 H 14–23（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MLI MALONATE ION × 8 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
7V1L Structure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 117–136（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4M Na-K phosphate, pH 8.2	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.83 Å R-free 0.240
7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.83 Å R-free 0.240
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 58–136（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
7W5M Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 117–136（20 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 300, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate citrate, pH 4.2, 10% Glycerol	分辨率 2.15 Å R-free 0.227
7WBV RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-4) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7WBW RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3.5) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
7WBX RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3) of the nucleosome 提交 2021-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7XSE RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC42) 提交 2022-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7XSX RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49) 提交 2022-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XSZ RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115) 提交 2022-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7XT7 RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49B) 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7XTD RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58oct) 提交 2022-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7XTI RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex) 提交 2022-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8JH2 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
8JH3 RNA polymerase II elongation complex containing 40 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8JH4 RNA polymerase II elongation complex containing 60 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9B3P The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second	分辨率 3.00 Å
9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 E 2–136（135 aa）链 K 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9II7 RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9J0N Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9J0O Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9J0P Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9L1X hDEK-nucleosome complex (conformation 1) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9L22 hDEK-nucleosome complex (conformation 2) 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–27（26 aa）链 D 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0	分辨率 2.69 Å R-free 0.230
9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–27（26 aa）链 H 2–27（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0	分辨率 2.69 Å R-free 0.230
9WMS Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9WMT Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9WMU Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	突变：K36M 突变：K36M	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.28 Å
9WMV Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.66 Å
9WMW Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer) 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 a 1–136（136 aa）链 e 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 94 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–26； UniProt 2–27 作者链 F； PDB构建体 1–26； UniProt 2–27

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gu0
沉积日期 deposition_date	2012-08-29
结构标题 title	Crystal structure of LSD2 with H3
关键词 keywords	histone demethylase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.21 Å
零角强度 I(0) i0	1698790000.00
分子量 molecular_weight	343530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	429570 Å³
包络体积 envelope_volume	577700 Å³
水化壳体积 shell_volume	95981 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.0 Å
壳层 Rg shell_rg	54.01 Å
包络 Rg envelope_rg	49.69 Å
形状 Rg shape_rg	50.15 Å
总 Rg total_rg	50.56 Å
总原子数 total_atoms	24100
残基数 n_residues	3019
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1698000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8292
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	0.156
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	176500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.661

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific histone demethylase 1B
分子量 formula_weight	87051.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24156

PLGSRKCEKAGCTATCPVCFASASERCAKNGYTSRWYHLSCGEHFCNECFDHYYRSHKDGYDKYTTWKKIWTSNGKTEPSPKAFMADQQLPYWVQCTKPECRKWRQLTKEIQLTPQIAKTYRCGMKPNTAIKPETSDHCSLPEDLRVLEVSNHWWYSMLILPPLLKDSVAAPLLSAYYPDCVGMSPSCTSTNRAAATGNASPGKLEHSKAALSVHVPGMNRYFQPFYQPNECGKALCVRPDVMELDELYEFPEYSRDPTMYLALRNLILALWYTNCKEALTPQKCIPHIIVRGLVRIRCVQEVERILYFMTRKGLINTGVLSVGADQYLLPKDYHNKSVIIIGAGPAGLAAARQLHNFGIKVTVLEAKDRIGGRVWDDKSFKGVTVGRGAQIVNGCINNPVALMCEQLGISMHKFGERCDLIQEGGRITDPTIDKRMDFHFNALLDVVSEWRKDKTQLQDVPLGEKIEEIYKAFIKESGIQFSELEGQVLQFHLSNLEYACGSNLHQVSARSWDHNEFFAQFAGDHTLLTPGYSVIIEKLAEGLDIQLKSPVQCIDYSGDEVQVTTTDGTGYSAQKVLVTVPLALLQKGAIQFNPPLSEKKMKAINSLGAGIIEKIALQFPYRFWDSKVQGADFFGHVPPSASKRGLFAVFYDMDPQKKHSVLMSVIAGEAVASVRTLDDKQVLQQCMATLRELFKEQEVPDPTKYFVTRWSTDPWIQMAYSFVKTGGSGEAYDIIAEDIQGTVFFAGEATNRHFPQTVTGAYLSGVREASKIAAF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.3
分子量 formula_weight	2793.3 kDa
突变 mutation	K4M
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAAR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	101.843 Å
晶胞边长 b length_b	108.926 Å
晶胞边长 c length_c	120.825 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	117.95 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.103 Å
最低分辨率 resolution_low	45.059 Å
R 因子 r_factor	0.2048
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2211

fit	/app/data/saxs_computation/gu/4gu0/4gu0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/4gu0/4gu0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/4gu0/4gu0.dat

Crystal structure of LSD2 with H3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific histone demethylase 1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)