4hop

Crystal structure of the computationally designed NNOS-Syntrophin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-syntrophin

Mus musculus

UniProt Q61234

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 77–162 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162) 突变:H142F Nitric oxide synthase, brain × 1 (P29476) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 77–162 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162) 突变:H142F Nitric oxide synthase, brain × 1 (P29476) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 77–162 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162) 突变:H142F Nitric oxide synthase, brain × 1 (P29476) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNTA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–88; UniProt 77–162 作者链 C; PDB构建体 3–88; UniProt 77–162 作者链 E; PDB构建体 3–88; UniProt 77–162

Nitric oxide synthase, brain

Rattus norvegicus

UniProt P29476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 4–126 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 4-126) 突变:T109M Alpha-1-syntrophin × 1 (Q61234) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 4–126 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 4-126) 突变:T109M Alpha-1-syntrophin × 1 (Q61234) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 4–126 片段:PDZ DOMAIN (RESIDUES 4-126) 突变:T109M Alpha-1-syntrophin × 1 (Q61234) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;293 K;0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.29 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、349 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOS1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–123; UniProt 4–126 作者链 D; PDB构建体 1–123; UniProt 4–126 作者链 F; PDB构建体 1–123; UniProt 4–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4hop

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4hop
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4hop
沉积日期 deposition_date2012-10-22
结构标题 titleCrystal structure of the computationally designed NNOS-Syntrophin complex
关键词 keywordsPDZ, Protein Binding, Dimerization, Mutation, Membrane, MEMBRANE PROTEIN-OXIDOREDUCTASE complex; MEMBRANE PROTEIN/OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.59
零角强度 I(0) i066548500.00
分子量 molecular_weight66772.0 kDa
排除体积 excluded_volume84904 ų
包络体积 envelope_volume116490 ų
水化壳体积 shell_volume31184 ų
包络直径 envelope_diameter120.6
壳层 Rg shell_rg37.43
包络 Rg envelope_rg33.03
形状 Rg shape_rg33.58
总 Rg total_rg33.94
总原子数 total_atoms4702
残基数 n_residues625
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.3
Rg (实空间) rg_real33.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real6.6550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66540000.0000
解质量估计 total_estimate0.8693
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.6
偏度 Skewness skewness0.418
峰度 Kurtosis kurtosis-0.461
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7863000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.863

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4hopA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4hopB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4hopC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4hopD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4hopE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id4hopF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)