4pdm

Crystal Structure of K+ selective NaK mutant in rubidium

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–110 片段:UNP residues 20-110 突变:D66Y,N68D RB RUBIDIUM ION × 12 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;65%MPD, 100mM KCl, 100mM MES, 4mM n-Decyl-beta-D-Maltoside 分辨率 1.58 Å R-free 0.234
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–110 片段:UNP residues 20-110 突变:D66Y,N68D RB RUBIDIUM ION × 12 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;65%MPD, 100mM KCl, 100mM MES, 4mM n-Decyl-beta-D-Maltoside 分辨率 1.58 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110 作者链 B; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pdm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pdm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pdm
沉积日期 deposition_date2014-04-19
结构标题 titleCrystal Structure of K+ selective NaK mutant in rubidium
关键词 keywords;Bacillus cereus, Binding Sites, Electrophysiology, Ions, Potassium, Potassium Channels, Sodium, rubidium, blockage, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.01
零角强度 I(0) i05523850.00
分子量 molecular_weight21743.0 kDa
排除体积 excluded_volume28735 ų
包络体积 envelope_volume38570 ų
水化壳体积 shell_volume12772 ų
包络直径 envelope_diameter113.4
壳层 Rg shell_rg30.94
包络 Rg envelope_rg29.87
形状 Rg shape_rg29.03
总 Rg total_rg29.22
总原子数 total_atoms1515
残基数 n_residues189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.9
Rg (实空间) rg_real25.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real5.2480e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5523000.0000
解质量估计 total_estimate0.6258
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.7
偏度 Skewness skewness0.377
峰度 Kurtosis kurtosis-0.830
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4190
最高正则化参数 α highest_alpha190600.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.005; Oscil: 0.940; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.445; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4pdmA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4pdmB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)