4pdv

Structure of K+ selective NaK mutant in barium and potassium

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel protein

Bacillus cereus

UniProt Q81HW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–110 片段:UNP residues 20-110 突变:D66Y, N68D K POTASSIUM ION × 12 BA BARIUM ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;65%MPD, 100mM KCl, 100mM MES, 4mM n-Decyl-beta-D-Maltoside 分辨率 1.82 Å R-free 0.232
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–110 片段:UNP residues 20-110 突变:D66Y, N68D K POTASSIUM ION × 12 BA BARIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;293 K;65%MPD, 100mM KCl, 100mM MES, 4mM n-Decyl-beta-D-Maltoside 分辨率 1.82 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q81HW2_BACCR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110 作者链 B; PDB构建体 3–93; UniProt 20–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pdv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pdv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pdv
沉积日期 deposition_date2014-04-22
结构标题 titleStructure of K+ selective NaK mutant in barium and potassium
关键词 keywordsBacillus cereus, Binding Sites, Electrophysiology, Ions, Potassium, Potassium Channels, Sodium, barium, blockage, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.03
零角强度 I(0) i05751590.00
分子量 molecular_weight21995.0 kDa
排除体积 excluded_volume28989 ų
包络体积 envelope_volume39593 ų
水化壳体积 shell_volume13032 ų
包络直径 envelope_diameter113.8
壳层 Rg shell_rg31.17
包络 Rg envelope_rg30.01
形状 Rg shape_rg29.08
总 Rg total_rg29.10
总原子数 total_atoms3097
残基数 n_residues189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.4
Rg (实空间) rg_real29.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54
I(0) (实空间) i0_real5.7520e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5750000.0000
解质量估计 total_estimate0.6832
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.4
偏度 Skewness skewness0.685
峰度 Kurtosis kurtosis-0.212
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha290300.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.295; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.041; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4pdvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4pdvB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)