SAXSdb — 4q5h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein kinase OspG

Shigella sonnei

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–196	片段：unp residues 26-193	Polyubiquitin × 1 （P0CG63） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q5H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Q5E Shigella Effector Kinase OspG bound to E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–196（171 aa）片段：unp residues 26-193	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.232

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OSPG_SHISS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–174； UniProt 26–196

Polyubiquitin

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P0CG63

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	突变：C17S, C137S	Protein kinase OspG × 1 （Q3YTH2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q5H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3OLM Structure and Function of a Ubiquitin Binding Site within the Catalytic Domain of a HECT Ubiquitin Ligase 提交 2010-08-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；13.5% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
4HCN Crystal structure of Burkholderia pseudomallei effector protein CHBP in complex with ubiquitin 提交 2012-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：unp RESIDUES 1-76	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FMT FORMIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；12.5% PEG3350, 125MM MAGNESIUM FORMATE, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4NNJ Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin 提交 2013-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76 链 D 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76 链 E 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 29 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.201
4Q5E Shigella Effector Kinase OspG bound to E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：C17S, C137S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.232
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）链 L 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAU Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 I 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 I 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）链 L 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric	链 H 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBI4P_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

Homo sapiens

UniProt P68036

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–154	突变：K48R, G76C	Protein kinase OspG × 1 （Q3YTH2） Polyubiquitin × 1 （P0CG63） MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q5H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4Z STRUCTURE OF AN E6AP-UBCH7 COMPLEX: INSIGHTS INTO THE UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–154（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG1500, MAGNESIUM CHLORIDE, MES-NA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1FBV STRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES 提交 2000-07-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–154（154 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；Sodium Citrate, Ammonium Sulfate,, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–154（154 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.298
3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–154（154 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.298
3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–154（154 aa）链 D 1–154（154 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.298
3SY2 Crystal structure of the Salmonella E3 ubiquitin ligase SopA in complex with the human E2 UbcH7 提交 2011-07-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–154（154 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.27 Å R-free 0.275
3SY2 Crystal structure of the Salmonella E3 ubiquitin ligase SopA in complex with the human E2 UbcH7 提交 2011-07-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–154（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.27 Å R-free 0.275
4Q5E Shigella Effector Kinase OspG bound to E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–154（154 aa）	突变：K48R, G76C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.232
5HPT System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7 提交 2016-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–154（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；isopropanol 10%, PEG3350 8%, sodium citrate 0.1 M	分辨率 2.84 Å R-free 0.237
5HPT System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7 提交 2016-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–154（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；isopropanol 10%, PEG3350 8%, sodium citrate 0.1 M	分辨率 2.84 Å R-free 0.237
5TTE Crystal Structure of an RBR E3 ubiquitin ligase in complex with an E2-Ub thioester intermediate mimic 提交 2016-11-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–154（154 aa）片段：unp residues 1-154	突变：C17S, C86K	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.17；291 K；0.1M Sodium Cacodylate pH6.17, 0.35M Sodium Acetate, 10% Glycerol	分辨率 3.50 Å R-free 0.252
5UDH HHARI/ARIH1-UBCH7~Ubiquitin 提交 2016-12-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–154（154 aa）片段：UNP residues 1-154	突变：C86K	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1 ul protein mixture with 10-12 mg/ml protein in 25 mM Tris pH 7.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 ul well solution with 7-10% PEG 5000 MME, 0.1 M HP pH 7.0 and 5% Tascimate pH 7.0. Over 1 ml reservoir.	分辨率 3.24 Å R-free 0.279
5UDH HHARI/ARIH1-UBCH7~Ubiquitin 提交 2016-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–154（154 aa）片段：UNP residues 1-154	突变：C86K	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1 ul protein mixture with 10-12 mg/ml protein in 25 mM Tris pH 7.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 ul well solution with 7-10% PEG 5000 MME, 0.1 M HP pH 7.0 and 5% Tascimate pH 7.0. Over 1 ml reservoir.	分辨率 3.24 Å R-free 0.279
6CP2 SidC in complex with UbcH7~Ub 提交 2018-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–154（154 aa）	突变：C86K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；16% PEG 3000, 0.1 M Tris pH 9.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.288
6DJW Crystal Structure of pParkin (REP and RING2 deleted)-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–154（154 aa）	突变：C86K	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% w/v PEG2000 MME, 0.1 M potasssium chloride	分辨率 3.80 Å R-free 0.297
6DJX Crystal Structure of pParkin-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–154（154 aa）	突变：C86K	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 6% isopropanol, 50 mM magnesium chloride, 5% w/v PEG4000	分辨率 4.80 Å R-free 0.290
6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–154（154 aa）	突变：C17S, C86K, C137S	ZN ZINC ION × 8	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6XXU Solution NMR structure of the native form of UbcH7 (UBE2L3) 提交 2020-01-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–154（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.9 mM [U-99% 15N] UbcH7 E2 Enzyme, 50 mM potassium phosphate, 0.25 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UbcH7 E2 Enzyme, 50 mM potassium phosphate, 0.25 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–154（154 aa）	突变：C17A, C137A	ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7B5N Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-UBE2L3~Ub~ARIH1. 提交 2020-12-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–154（154 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7OIK Mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized 提交 2021-05-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–154（154 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7V8F Crystal structure of UBE2L3 bound to HOIP RING1 domain. 提交 2021-08-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–154（154 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；289 K；2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(w/v) PEG 3,350.	分辨率 1.66 Å R-free 0.198
8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–154（154 aa）	突变：C86K	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2	分辨率 3.08 Å R-free 0.266
8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–154（154 aa）	突变：C86K	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2	分辨率 3.08 Å R-free 0.266
8EB0 RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–154（154 aa）	突变：C86K	ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；2 M ammonium sulfate	分辨率 3.03 Å R-free 0.339
9I1J Cryo-EM structure of mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized, and ATPgS 提交 2025-01-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–154（154 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2L3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–156； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q5h
沉积日期 deposition_date	2014-04-16
结构标题 title	Shigella Effector Kinase OspG bound to AMPPNP and E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate
关键词 keywords	;protein-protein complex, Structural Genomics, Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative, BSGI, kinase fold, inhibition of NF-kB pathway, UNKNOWN FUNCTION, PROTEIN BINDING ;; UNKNOWN FUNCTION, PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.37 Å
零角强度 I(0) i0	36142200.00
分子量 molecular_weight	46228.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57831 Å³
包络体积 envelope_volume	70651 Å³
水化壳体积 shell_volume	24581 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.85 Å
包络 Rg envelope_rg	24.38 Å
形状 Rg shape_rg	24.36 Å
总 Rg total_rg	25.18 Å
总原子数 total_atoms	3253
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9107
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8826000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein kinase OspG
分子量 formula_weight	20116.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3546

SNAEPILGKLIGQGSTAEIFEDVNDSSALYKKYDLIGNQYNEILEMAWQESELFNAFYGDEASVVIQYGGDVYLRMLRVPGTPLSDIDTADIPDNIESLYLQLICKLNELSIIHYDLNTGNMLYDKESESLFPIDFRNIYAEYYAATKKDKEIIDRRLQMRTNDFYSLLNRKYL

来源 Source

来源生物 organism	Shigella sonnei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300269
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin
分子量 formula_weight	8642.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
突变 mutation	C17S, C137S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGRQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
分子量 formula_weight	18052.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
突变 mutation	K48R, G76C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GHMAASRRLMKELEEIRKSGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFSKNAEEFTKKYGEKRPVD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	230

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4q5hb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4q5hc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4q5hc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4q5hA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4q5hA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4q5hC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.416 Å
晶胞边长 b length_b	84.658 Å
晶胞边长 c length_c	85.873 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.999 Å
最低分辨率 resolution_low	44.939 Å
R 因子 r_factor	0.1922
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2278

fit	/app/data/saxs_computation/q5/4q5h/4q5h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q5/4q5h/4q5h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q5/4q5h/4q5h.dat

Shigella Effector Kinase OspG bound to AMPPNP and E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein kinase OspG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)